Opinião

A importância da Estatística na Bioinformática

Lisete Sousa
DEIO-FCUL

A Estatística atua em diversas áreas do conhecimento, sendo a Bioinformática uma das áreas de aplicação mais recentes.

Na realidade, o papel da Estatística na Bioinformática vai além de uma mera intervenção. Trata-se de um pilar indissociável da Bioinformática! A Estatística tem vindo a conquistar o seu espaço nesta nova área, tornando-se uma componente essencial de mérito reconhecido. Mas o que é a Bioinformática e como tem a Estatística vindo a ocupar paulatinamente uma posição de destaque?

Os crescentes avanços em Bioinformática são consequência da obtenção massiva de dados biomédicos e biológicos. Essa explosão de dados deu-se sobretudo a partir dos anos 90, nomeadamente, com os avanços na tecnologia de sequenciação de ADN e de proteínas. O acesso a grandes quantidades de dados, impulsionou o desenvolvimento de novos programas e metodologias que permitem recolhê-los, organizá-los e analisá-los, de forma a extrair toda a informação possível. Estas ferramentas, cujo perfil abrange várias áreas do conhecimento, entre as quais, a Biologia, a Estatística, a Informática, a Bioquímica e a Matemática, formam a base da disciplina de Bioinformática. Assim, pode-se dizer que a Bioinformática resulta da interdisciplinaridade entre várias ciências.

Um estatístico que se dedica a estudos na área da Bioinformática tem que ter a capacidade de utilizar as mais diversas metodologias estatísticas, para além de adquirir conhecimentos biológicos e computacionais. Muitas vezes, são metodologias recentes ou até mesmo metodologias que não utiliza frequentemente e que, por isso, implicam um estudo aprofundado. Por vezes, os dados têm uma natureza tão complexa que nem sequer há métodos estatísticos adequados para proceder à sua análise. Cria-se aqui uma janela de oportunidade para avanços na investigação e na produção científica na área da Estatística. O contributo da Estatística tem sido relevante em problemas tão distintos como, a identificação de genes com expressão diferencial sob duas (ou mais) condições experimentais diferentes, a identificação de grupos de proteínas que se relacionam (clusters), a classificação de indivíduos em vários tipos de determinado cancro, etc..

Um pouco por todo o mundo há cada vez mais estatísticos a trabalharem exclusivamente em Bioinformática. Um dos pioneiros foi Terry Speed, presidente da Divisão de Bioinformática, do Walter and Eliza Hall Institute of Medical Research, em Melbourne - Austrália, que viu o seu vasto trabalho na área da Bioinformática reconhecido este ano com a atribuição do prémio australiano “Prime Minister's Prizes for Science”. Entre outros, o seu contributo em vários julgamentos (como o de O. J. Simpson, por exemplo), enquanto estatístico especialista na análise de dados forenses, faz dele um dos estatísticos mais conceituados na área da Bioinformática. Tal como Terry Speed, também Simon Tavaré é um estatístico com provas dadas no mundo da Bioinformática. Professor na Universidade do Sul da Califórnia e na Universidade de Cambridge, para além de dirigir o Cancer Research UK Cambridge Institute, Simon Tavaré tem liderado vários grupos, projetos e doutoramentos em Estatística/Bioinformática. Uma carreira mais recente, mas igualmente reconhecida, tem Sandrine Dudoit, professora na Universidade da Califórnia. Aluna de doutoramento de Terry Speed em 1999, continua desde então a fazer investigação na área da Bioinformática. Autora de vários livros e publicações em revistas científicas da especialidade, é um nome que dispensa apresentação no meio da bioinformática.

Fonte: http://www.valiantsolutions.com

A comunidade estatística portuguesa teve o privilégio de ouvir Terry Speed e Simon Tavaré no “WSGP2005 – Workshop on Statistics in Genomics and Proteomics”, o primeiro workshop internacional do género realizado em Portugal, organizado pelo Centro de Estatística e Aplicações da Universidade de Lisboa, sob a responsabilidade de Antónia Turkman (DEIO-FCUL). Simon Tavaré esteve ainda presente no Follow-up Meeting do WSGP2005, no ano de 2007, em Coimbra. Estes eventos foram antecedidos por um ciclo de seminários sobre Estatística em Genética, organizado por Luísa Loura (DEIO-FCUL), os quais foram apresentados nas Universidades de Aveiro, Évora e Lisboa, em 2002. Desde então, vários encontros internacionais têm acontecido um pouco por todo o país.

Por outro lado, o século XXI tem-se pautado pelo aumento crescente de publicações científicas em Estatística/Bioinformática. Neste contexto, a FCUL oferece um mestrado em Bioinformática e Biologia Computacional com uma forte componente em Estatística. Além disso, o DEIO-FCUL possui na sua oferta educativa um mestrado em Bioestatística, que apesar de servir alunos com vários perfis, serve também aqueles que pretendem obter formação pós-graduada em Estatística para aplicar na análise de dados em Bioinformática.

Relativamente aos métodos desenvolvidos nesta área do conhecimento, estes podem ser tornados acessíveis, por exemplo, através do Bioconductor, um software livre para Bioinformática desenhado para o ambiente R e que fornece ferramentas para tratamento e análise de dados genómicos de elevada dimensão.

Os microarrays impulsionaram fortemente a geração de dados de elevadas dimensões e proporcionaram o desenvolvimento de muitos métodos estatísticos e algoritmos computacionais. Com a constante evolução tecnológica, os estatísticos deparam-se agora com um novo desafio: os dados de NGS (Next Generation Sequencing). Os dados produzidos por esta técnica revolucionária colocam à disposição dos estatísticos um vasto leque de perguntas e problemas extremamente complexos. Esta realidade, abre caminho para o desenvolvimento de novas metodologias e, assim, os estatísticos poderão ter um contributo substancial em avanços científicos e tecnológicos importantes para a sociedade, uma vez que grande parte destes estudos são na área da saúde. Num futuro próximo, estes e outros desafios serão cada vez mais demonstrativos da importância do papel desempenhado pela Estatística no campo multidisciplinar que é a Bioinformática.

Lisete Sousa, professora auxiliar do DEIO-FCUL e investigadora do CEAUL

Inseridos no Programa de Atividades Conjuntas, do Programa Operacional Competitividade e Internacionalização , o IBEB e o BioISI de Ciências – em conjunto com outros grupos nacionais -, vão explorar o conhecimento acerca do cérebro.

O grupo de investigadores da Masaryk University, na República Checa; da Mykolas Romeris University, na Lituânia; das universidades Politécnica de Madrid e de Oviedo, em Espanha; do Centro de Estudos Geográficos do Instituto de Geografia e Ordenamento do Território e do Instituto Dom Luiz analisaram a evolução da temperatura nas dez estações da Península Antártica desde o início da década de 1950 até 2015.

Através de trabalho de campo detalhado na ilha de Santa Maria, nos Açores, investigadores descobriram elementos importantes para a compreensão da origem e evolução de ilhas vulcânicas.

O projeto RESISTIR iniciou-se em abril deste ano e visa criar até abril de 2019 um sistema de informação - inovador, modular, inteligente e adaptável - para apoiar a tomada de decisão clínica no domínio da vigilância epidemiológica, resistência aos antimicrobianos, controlo de infeção e gestão hospitalar.

O ClimAdaPT.Local coordenado pelo grupo CCIAM do cE3c chegou ao fim.

Ciências é oficialmente membro associado do Laboratório de Instrumentação e Física Experimental de Partículas. Para além disso, em 2017 a sede vai ficar mais próxima dos cientistas desta instituição.

No ensino universitário normal o aproveitamento/rendimento escolar é também motivo de preocupação em muitos países europeus, embora existam países onde esse rendimento se aproxima dos 100%. Em termos económicos, facilmente se percebe que quanto maior for a taxa de aprovação dos alunos, menor a desistência e a reprovação, mais justificadas estão as verbas públicas  (provenientes dos impostos) que o Estado investiu no sector da educação.

“Os valores associados ao desporto são complementares aos que são necessários para o sucesso académico”, diz Matilde Fidalgo, aluna de Ciências e jogadora de futebol da seleção feminina portuguesa.

Antes de se aposentar em 2014 a Ana Monteiro trabalhou na Biblioteca da FCUL durante alguns anos. Ontem, dia 15 de dezembro, faleceu.

Teve lugar a 27 de outubro no Salão Nobre da Reitoria da Universidade de Lisboa (ULisboa) o lançamento oficial do Colégio de Química, o primeiro colégio da ULisboa aprovado na área das Ciências Exatas.

O aumento da temperatura da água leva anfíbios omnívoros a adotar uma dieta mais herbívora. De acordo com o comunicado de imprensa emitido pelo cE3c – Centro de Ecologia, Evolução e Alterações Climáticas, “esta é a primeira vez que é estudada em vertebrados a assimilação de dietas mais ou menos ricas em proteínas em função da temperatura”.

O que fazem e o que pensam alguns membros da comunidade de Ciências? O último Dictum et factum de 2016 é com Paulo Silva, técnico superior do Departamento de Física de Ciências.

O QTLeap—Quality Translation by Deep Language Engineering Approaches chega ao fim, mas a investigação em tradução automática continua. Leia a curta entrevista com António Branco, professor do Departamento de Informática de Ciências e coordenador deste projeto, iniciado em novembro de 2013.

“A Onda da Nazaré: um estímulo para a aprendizagem” é financiado pelo Mecanismo Financeiro do Espaço Económico Europeu (EEA Grants) e explica de forma simples e recorrendo a curtas animações os processos associados à existência da maior onda surfada em todo o mundo. 

O curso de Química Tecnológica celebra em 2017 os 35 anos da saída dos seus primeiros licenciados pelo que as próximas “Jornadas QT” realçarão esta efeméride.

Nos últimos anos da troika (2011-2015), a importância da Filosofia foi bastante apreciada, em particular a nível internacional. Este período não foi bom para Portugal, sobretudo porque os jovens licenciados foram colocados de lado e sem trabalho, os sem emprego (ou bolsa), os precários (com vencimento à hora de ocupação, os temporários, sem férias, direitos de saúde...), e os que estavam a mais (e, forçados a emigrar) juntaram a sua indignação e protestaram. Nem sempre com resultados bem visíveis e de pressão real sobre o poder.

A União Europeia das Geociências atribui anualmente um prémio que reconhece atividade científica de exceção a nível mundial, realizada por cientistas desta área na fase inicial da carreira. Este galardão foi atribuído pela primeira vez a um investigador a trabalhar em Portugal. João Duarte é investigador do Instituto Dom Luiz e do Departamento de Geologia da Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa e recebeu este prémio pelo seu trabalho na área da Geologia Marinha e Tectónica, bem como pela sua atividade na área da divulgação científica. 

Nos próximos cinco anos, Sara Magalhães vai explorar um sistema biológico composto por duas espécies de ácaro-aranha, Tetranychus urticae Tetranychus ludeni, que competem por um alimento - a planta do tomate, no âmbito do projeto “COMPCON - Competição sob construção do nicho”, com início previsto para maio de 2017 e desenvolvido em colaboração com investigadores da Universidade de Montpellier, em França.

Aplicações médicas e industriais a partir de organismos que produzem bioadesivos... Sim, é possível. No âmbito de uma Ação COST, a Rede Europeia de Especialistas em Bioadesão, trabalha para criar novos produtos.

O tempo tem demonstrado ser possível avançar na criação de mais e melhores condições de equidade para os alunos com Necessidades Educativas Especiais. Mas este é um desafio permanente para as instituições de ensino, como também o é para cada um de nós e a cada momento, num permanente processo de implicação pessoal em prol de algo que tanto prezamos: a igualdade de oportunidades.

Num desporto o treino é comum e faz parte de um plano para conseguir os melhores resultados, estimulando as capacidades físicas a superarem os desempenhos. Mas, também se podem treinar as mentes para fazer ciência.

O dia-a-dia de Luis Filipe Lages Martins divide-se entre a atividade de investigação em Metrologia com aplicação na Engenharia Civil e a gestão laboratorial da Unidade de Metrologia Aplicada do LNEC – Laboratório Nacional de Engenharia Civil. O primeiro estudante a obter o grau de doutor em Engenharia Física pela Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa nasceu em Lisboa e aos 34 anos acaba de ser distinguido com o Prémio Inovação em Metrologia.

Luís Filipe Lages Martins, bolseiro de pós-doutoramento do LNEC – Laboratório Nacional de Engenharia Civil, é o vencedor da 1.ª edição do Prémio Inovação em Metrologia da Sociedade Portuguesa de Metrologia (SPMet).

Em parceria com a Universidade de Lisboa e outras instituições que lecionam o curso de Química, a Sociedade Portuguesa de Química atribui prémios de mérito aos alunos com melhores resultados alcançados nesta área científica.

O que fazem e o que pensam alguns membros da comunidade de Ciências? O 11.º Dictum et factum é com Aurora Sardinha, assistente técnica do Tec Labs – Centro de Inovação de Ciências.

Pages