Opinião

A importância da Estatística na Bioinformática

Lisete Sousa
DEIO-FCUL

A Estatística atua em diversas áreas do conhecimento, sendo a Bioinformática uma das áreas de aplicação mais recentes.

Na realidade, o papel da Estatística na Bioinformática vai além de uma mera intervenção. Trata-se de um pilar indissociável da Bioinformática! A Estatística tem vindo a conquistar o seu espaço nesta nova área, tornando-se uma componente essencial de mérito reconhecido. Mas o que é a Bioinformática e como tem a Estatística vindo a ocupar paulatinamente uma posição de destaque?

Os crescentes avanços em Bioinformática são consequência da obtenção massiva de dados biomédicos e biológicos. Essa explosão de dados deu-se sobretudo a partir dos anos 90, nomeadamente, com os avanços na tecnologia de sequenciação de ADN e de proteínas. O acesso a grandes quantidades de dados, impulsionou o desenvolvimento de novos programas e metodologias que permitem recolhê-los, organizá-los e analisá-los, de forma a extrair toda a informação possível. Estas ferramentas, cujo perfil abrange várias áreas do conhecimento, entre as quais, a Biologia, a Estatística, a Informática, a Bioquímica e a Matemática, formam a base da disciplina de Bioinformática. Assim, pode-se dizer que a Bioinformática resulta da interdisciplinaridade entre várias ciências.

Um estatístico que se dedica a estudos na área da Bioinformática tem que ter a capacidade de utilizar as mais diversas metodologias estatísticas, para além de adquirir conhecimentos biológicos e computacionais. Muitas vezes, são metodologias recentes ou até mesmo metodologias que não utiliza frequentemente e que, por isso, implicam um estudo aprofundado. Por vezes, os dados têm uma natureza tão complexa que nem sequer há métodos estatísticos adequados para proceder à sua análise. Cria-se aqui uma janela de oportunidade para avanços na investigação e na produção científica na área da Estatística. O contributo da Estatística tem sido relevante em problemas tão distintos como, a identificação de genes com expressão diferencial sob duas (ou mais) condições experimentais diferentes, a identificação de grupos de proteínas que se relacionam (clusters), a classificação de indivíduos em vários tipos de determinado cancro, etc..

Um pouco por todo o mundo há cada vez mais estatísticos a trabalharem exclusivamente em Bioinformática. Um dos pioneiros foi Terry Speed, presidente da Divisão de Bioinformática, do Walter and Eliza Hall Institute of Medical Research, em Melbourne - Austrália, que viu o seu vasto trabalho na área da Bioinformática reconhecido este ano com a atribuição do prémio australiano “Prime Minister's Prizes for Science”. Entre outros, o seu contributo em vários julgamentos (como o de O. J. Simpson, por exemplo), enquanto estatístico especialista na análise de dados forenses, faz dele um dos estatísticos mais conceituados na área da Bioinformática. Tal como Terry Speed, também Simon Tavaré é um estatístico com provas dadas no mundo da Bioinformática. Professor na Universidade do Sul da Califórnia e na Universidade de Cambridge, para além de dirigir o Cancer Research UK Cambridge Institute, Simon Tavaré tem liderado vários grupos, projetos e doutoramentos em Estatística/Bioinformática. Uma carreira mais recente, mas igualmente reconhecida, tem Sandrine Dudoit, professora na Universidade da Califórnia. Aluna de doutoramento de Terry Speed em 1999, continua desde então a fazer investigação na área da Bioinformática. Autora de vários livros e publicações em revistas científicas da especialidade, é um nome que dispensa apresentação no meio da bioinformática.

Fonte: http://www.valiantsolutions.com

A comunidade estatística portuguesa teve o privilégio de ouvir Terry Speed e Simon Tavaré no “WSGP2005 – Workshop on Statistics in Genomics and Proteomics”, o primeiro workshop internacional do género realizado em Portugal, organizado pelo Centro de Estatística e Aplicações da Universidade de Lisboa, sob a responsabilidade de Antónia Turkman (DEIO-FCUL). Simon Tavaré esteve ainda presente no Follow-up Meeting do WSGP2005, no ano de 2007, em Coimbra. Estes eventos foram antecedidos por um ciclo de seminários sobre Estatística em Genética, organizado por Luísa Loura (DEIO-FCUL), os quais foram apresentados nas Universidades de Aveiro, Évora e Lisboa, em 2002. Desde então, vários encontros internacionais têm acontecido um pouco por todo o país.

Por outro lado, o século XXI tem-se pautado pelo aumento crescente de publicações científicas em Estatística/Bioinformática. Neste contexto, a FCUL oferece um mestrado em Bioinformática e Biologia Computacional com uma forte componente em Estatística. Além disso, o DEIO-FCUL possui na sua oferta educativa um mestrado em Bioestatística, que apesar de servir alunos com vários perfis, serve também aqueles que pretendem obter formação pós-graduada em Estatística para aplicar na análise de dados em Bioinformática.

Relativamente aos métodos desenvolvidos nesta área do conhecimento, estes podem ser tornados acessíveis, por exemplo, através do Bioconductor, um software livre para Bioinformática desenhado para o ambiente R e que fornece ferramentas para tratamento e análise de dados genómicos de elevada dimensão.

Os microarrays impulsionaram fortemente a geração de dados de elevadas dimensões e proporcionaram o desenvolvimento de muitos métodos estatísticos e algoritmos computacionais. Com a constante evolução tecnológica, os estatísticos deparam-se agora com um novo desafio: os dados de NGS (Next Generation Sequencing). Os dados produzidos por esta técnica revolucionária colocam à disposição dos estatísticos um vasto leque de perguntas e problemas extremamente complexos. Esta realidade, abre caminho para o desenvolvimento de novas metodologias e, assim, os estatísticos poderão ter um contributo substancial em avanços científicos e tecnológicos importantes para a sociedade, uma vez que grande parte destes estudos são na área da saúde. Num futuro próximo, estes e outros desafios serão cada vez mais demonstrativos da importância do papel desempenhado pela Estatística no campo multidisciplinar que é a Bioinformática.

Lisete Sousa, professora auxiliar do DEIO-FCUL e investigadora do CEAUL

Galopim de Carvalho, um dos geólogos mais famosos de Portugal, natural de Évora, com quase 85 anos, regressa à Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa no próximo dia 27 de junho.

2016 está a ser um ano em cheio para alguns estudantes empreendedores e é essa a essência de que é feita a Júnior Empresa Ciências, que está agora a dar os primeiros passos.

Crónica de Fernando Barriga e Sofia Martins, investigadores do IDL Ciências, em missão oceanográfica no Atlântico - TAG hydrothermal field.

Em Londres, junto a St. Pancras´s International, está próximo de nascer um polo que agrupa a Google (e a DeepMind), o Francis Crick Institute, o Alan Turing Institute e a British Library (…) O arquiteto visa promover interações com serendipidade entre investigadores de terrenos divergentes.

Crónica de Fernando Barriga e Sofia Martins, investigadores do IDL Ciências, em missão oceanográfica no Atlântico - TAG hydrothermal field.

Inês Andrade

O que fazem e o que pensam alguns membros da comunidade de Ciências? O sexto Dictum et factum é com Inês Andrade, assistente técnico do Departamento de Biologia Animal de Ciências.

Um estudo publicado na revista internacional de conservação Oryx indica que a legislação e a proteção nas praias são insuficientes para travar a captura e o consumo ilegal de tartarugas marinhas em Cabo Verde.

Crónica de Fernando Barriga e Sofia Martins, investigadores do IDL- Ciências, em missão oceanográfica no Atlântico - TAG hydrothermal field.

A missão oceanográfica M127 iniciada a 25 de maio, em Bridgetown, Barbados, acontece a bordo do navio oceanográfico alemão RV METEOR e deverá terminar a 28 de junho de 2016, em Ponta Delgada.

José Guerreiro, professor da Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa e coordenador da MARE STARTUP e Sónia Ribeiro, professora da Universidade Católica Portuguesa, apresentam o programa de apoio ao empreendedorismo na área do mar durante a Oceans Business Week.

InovCarbon, Janus e o BreatheBio são os vencedores da segunda edição da Call for Projects do ScienceIN2Business.

Nos últimos anos a saída de quadros superiores seniores e de cientistas de Portugal acompanhou uma grande vaga de emigração, sobretudo para a Europa.

O tema deste ano é “A ciência não é só dos cientistas”.

Se a última Noite de Ciências foi dedicada ao Trânsito de Mercúrio e ao sistema solar, em maio é a vez do bosão de Higgs ganhar destaque.

Alunos da Faculdade agitam no ar fitas de fim de curso

A Alameda da Universidade de Lisboa voltou a encher-se de finalistas de Ciências e de tantas outras faculdades e universidades. Este ano a cerimónia ocorreu no dia 21 de maio de 2016. Para alguns este é um acontecimento especial - é que "há momentos que marcam a vida", por isso mesmo merecem ser recordados.

“A poor international standard for trap selectivity threatens carnivore conservation” - um estudo publicado online a 2 de maio de 2016 na revista “Biodiversity and Conservation” - revela falhas graves nas normas que regulam a legalidade de armadilhas para captura de carnívoros.

A 2.º edição da Escola de Verão de Energia da Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa acontece entre 27 de junho e 1 de julho de 2016. As candidaturas já abriram e terminam a 31 de maio.

Recentemente, a Google anunciou o SmartReply para diminuirmos a carga que muitos de nós têm com o serviço de correio (emails), as dezenas de mensagens que se vão acumulando enquanto as horas passam. Quem está interessado nesta facilidade? É segura, não invasiva, e quem ganha no fim?

Estão prestes a ser divulgados pela Reitoria da Universidade de Lisboa os resultados do inquérito à empregabilidade dos estudantes da Universidade. Estes indicadores passarão a ter cada vez mais importância, seja ao nível da Universidade como das políticas públicas. O tema da empregabilidade passa pois a ser crítico, e a Jobshop anual um instrumento prioritário para a acção de Ciências.

O que fazem e o que pensam alguns membros da comunidade de Ciências? O quinto Dictum et factum é com Andreia Rezende, técnica superior do Gabinete Jurídico de Ciências.

Trinta e três pessoas submeteram até ao final do passado mês de março mais de 200 fotografias no âmbito do Concurso de Fotografia de Ciências 2016. Durante o Dia de Ciências – a 19 de abril de 2016 – foram atribuídos os prémios e as menções honrosas às melhores imagens do concurso.

Um grupo de investigadores do Centro de Química e Bioquímica de Ciências, da Osaka Prefecture University (OPU), no Japão, do Rutherford Appleton Laboratory, no Reino Unido e de duas instituições francesas - o Institut de Chimie de Clermont-Ferrande e o CNRS - sintetizou um novo nanomaterial considerado como catalisador verde de nova geração. 

O Dia de Ciências 2016 foi celebrado no dia do aniversário da Faculdade – 19 de abril – e juntou, como em anos anteriores, alunos, professores, investigadores, outros funcionários desta faculdade, seus familiares e amigos.

António Branco, professor do Departamento de Informática de Ciências, participa na cerimónia “CPLP 20 anos - A Diversidade Cultural que Nos Une”, cujo objetivo é comemorar o Dia da Língua Portuguesa e da Cultura da CPLP, celebrado a 5 de maio de 2016, no Palácio Conde de Penafiel, em Lisboa.

Diz-se que nem sempre pensamos por linhas direitas, quase sempre seguimos por curvas, em ziguezagues, corrigindo o que estava confuso, unindo e simplificando, recorrendo a imagens e metáforas, para ajudar os outros a capturarem a essência das coisas.

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