Opinião

A importância da Estatística na Bioinformática

Lisete Sousa
DEIO-FCUL

A Estatística atua em diversas áreas do conhecimento, sendo a Bioinformática uma das áreas de aplicação mais recentes.

Na realidade, o papel da Estatística na Bioinformática vai além de uma mera intervenção. Trata-se de um pilar indissociável da Bioinformática! A Estatística tem vindo a conquistar o seu espaço nesta nova área, tornando-se uma componente essencial de mérito reconhecido. Mas o que é a Bioinformática e como tem a Estatística vindo a ocupar paulatinamente uma posição de destaque?

Os crescentes avanços em Bioinformática são consequência da obtenção massiva de dados biomédicos e biológicos. Essa explosão de dados deu-se sobretudo a partir dos anos 90, nomeadamente, com os avanços na tecnologia de sequenciação de ADN e de proteínas. O acesso a grandes quantidades de dados, impulsionou o desenvolvimento de novos programas e metodologias que permitem recolhê-los, organizá-los e analisá-los, de forma a extrair toda a informação possível. Estas ferramentas, cujo perfil abrange várias áreas do conhecimento, entre as quais, a Biologia, a Estatística, a Informática, a Bioquímica e a Matemática, formam a base da disciplina de Bioinformática. Assim, pode-se dizer que a Bioinformática resulta da interdisciplinaridade entre várias ciências.

Um estatístico que se dedica a estudos na área da Bioinformática tem que ter a capacidade de utilizar as mais diversas metodologias estatísticas, para além de adquirir conhecimentos biológicos e computacionais. Muitas vezes, são metodologias recentes ou até mesmo metodologias que não utiliza frequentemente e que, por isso, implicam um estudo aprofundado. Por vezes, os dados têm uma natureza tão complexa que nem sequer há métodos estatísticos adequados para proceder à sua análise. Cria-se aqui uma janela de oportunidade para avanços na investigação e na produção científica na área da Estatística. O contributo da Estatística tem sido relevante em problemas tão distintos como, a identificação de genes com expressão diferencial sob duas (ou mais) condições experimentais diferentes, a identificação de grupos de proteínas que se relacionam (clusters), a classificação de indivíduos em vários tipos de determinado cancro, etc..

Um pouco por todo o mundo há cada vez mais estatísticos a trabalharem exclusivamente em Bioinformática. Um dos pioneiros foi Terry Speed, presidente da Divisão de Bioinformática, do Walter and Eliza Hall Institute of Medical Research, em Melbourne - Austrália, que viu o seu vasto trabalho na área da Bioinformática reconhecido este ano com a atribuição do prémio australiano “Prime Minister's Prizes for Science”. Entre outros, o seu contributo em vários julgamentos (como o de O. J. Simpson, por exemplo), enquanto estatístico especialista na análise de dados forenses, faz dele um dos estatísticos mais conceituados na área da Bioinformática. Tal como Terry Speed, também Simon Tavaré é um estatístico com provas dadas no mundo da Bioinformática. Professor na Universidade do Sul da Califórnia e na Universidade de Cambridge, para além de dirigir o Cancer Research UK Cambridge Institute, Simon Tavaré tem liderado vários grupos, projetos e doutoramentos em Estatística/Bioinformática. Uma carreira mais recente, mas igualmente reconhecida, tem Sandrine Dudoit, professora na Universidade da Califórnia. Aluna de doutoramento de Terry Speed em 1999, continua desde então a fazer investigação na área da Bioinformática. Autora de vários livros e publicações em revistas científicas da especialidade, é um nome que dispensa apresentação no meio da bioinformática.

Fonte: http://www.valiantsolutions.com

A comunidade estatística portuguesa teve o privilégio de ouvir Terry Speed e Simon Tavaré no “WSGP2005 – Workshop on Statistics in Genomics and Proteomics”, o primeiro workshop internacional do género realizado em Portugal, organizado pelo Centro de Estatística e Aplicações da Universidade de Lisboa, sob a responsabilidade de Antónia Turkman (DEIO-FCUL). Simon Tavaré esteve ainda presente no Follow-up Meeting do WSGP2005, no ano de 2007, em Coimbra. Estes eventos foram antecedidos por um ciclo de seminários sobre Estatística em Genética, organizado por Luísa Loura (DEIO-FCUL), os quais foram apresentados nas Universidades de Aveiro, Évora e Lisboa, em 2002. Desde então, vários encontros internacionais têm acontecido um pouco por todo o país.

Por outro lado, o século XXI tem-se pautado pelo aumento crescente de publicações científicas em Estatística/Bioinformática. Neste contexto, a FCUL oferece um mestrado em Bioinformática e Biologia Computacional com uma forte componente em Estatística. Além disso, o DEIO-FCUL possui na sua oferta educativa um mestrado em Bioestatística, que apesar de servir alunos com vários perfis, serve também aqueles que pretendem obter formação pós-graduada em Estatística para aplicar na análise de dados em Bioinformática.

Relativamente aos métodos desenvolvidos nesta área do conhecimento, estes podem ser tornados acessíveis, por exemplo, através do Bioconductor, um software livre para Bioinformática desenhado para o ambiente R e que fornece ferramentas para tratamento e análise de dados genómicos de elevada dimensão.

Os microarrays impulsionaram fortemente a geração de dados de elevadas dimensões e proporcionaram o desenvolvimento de muitos métodos estatísticos e algoritmos computacionais. Com a constante evolução tecnológica, os estatísticos deparam-se agora com um novo desafio: os dados de NGS (Next Generation Sequencing). Os dados produzidos por esta técnica revolucionária colocam à disposição dos estatísticos um vasto leque de perguntas e problemas extremamente complexos. Esta realidade, abre caminho para o desenvolvimento de novas metodologias e, assim, os estatísticos poderão ter um contributo substancial em avanços científicos e tecnológicos importantes para a sociedade, uma vez que grande parte destes estudos são na área da saúde. Num futuro próximo, estes e outros desafios serão cada vez mais demonstrativos da importância do papel desempenhado pela Estatística no campo multidisciplinar que é a Bioinformática.

Lisete Sousa, professora auxiliar do DEIO-FCUL e investigadora do CEAUL
<i>Deep Learning</i>

A rubrica No Campus com Helder Coelho está de volta: “O que o homem tem necessidade, quando enfrenta o complexo, é de ‘agentes’ com um pouco de mais inteligência (estendida, aumentada) e de ajuda (cooperação, colaboração)”.

Paulo Motrena

O que fazem e o que pensam alguns membros da comunidade de Ciências? O Dictum et factum de outubro é com Paulo Motrena, técnico superior do Gabinete de Organização Pedagógica da Direção Académica de Ciências ULisboa.

Sala de aulas com crianças

Cerca de 90 alunos do Colégio S. João de Brito visitaram o DQB e DG Ciências ULisboa. O projeto educativo desta escola contempla a dinamização de atividades relacionadas com as ciências experimentais, destinadas a enriquecer as aulas de Estudo do Meio.

Campus de Ciências ULisboa

José Francisco Rodrigues, professor do DM e investigador do CMAFcIO de Ciências ULisboa, escreve sobre a interação profícua entre a Matemática e a Biologia, no Ano da Biologia Matemática, que celebra o extraordinário progresso das aplicações matemáticas na Biologia.

“Reportagem Especial - Adaptação às Alterações Climáticas em Portugal”

"Reportagem Especial - Adaptação às Alterações Climáticas em Portugal" está nomeada para o prémio internacional Best Climate Solutions 2018. É o único projeto ibérico a concurso.

Sara Magalhães

Nesta fotolegenda destacamos uma passagem da entrevista com Sara Magalhães, professora do Departamento de Biologia Animal, investigadora do cE3c, e que pode ser ouvida no canal YouTube e na área multimédia do site da Faculdade.

“Tomar consciência do tipo de relação que se tem connosco pode ser muito importante, na medida em que nos ajuda a perceber de que forma andamos ou não a cuidar de nós próprios”, escreve Andreia Santos, psicóloga do Gapsi, na sua rubrica habitual.

Átrio do C3

Este ano registaram-se mais de 6000 candidaturas aos cursos de Ciências ULisboa no âmbito do Concurso Nacional de Acesso. Em ambas as fases as vagas foram totalmente preenchidas. Durante a 1.ª fase de inscrições, matricularam-se 833 estudantes. A 2.ª fase de matrículas termina a 1 de outubro.

 Noite Europeia dos Investigadores

A Noite Europeia dos Investigadores foi lançada em 2005. “Ciência na cidade” é o tema desta edição que se realiza a 28 de setembro e conta com 22 iniciativas com o carimbo de Ciências ULisboa.

Ana Simões

É a primeira vez que uma cientista portuguesa preside à European Society for the History of Science. Ana Simões, professora do DHFC e cocoordenadora do CIUHCT, tomou posse como presidente desta sociedade científica, a 16 de setembro, durante o “8th ESHS Meeting”, ocorrido em Londres. O mandato de dois anos termina em 2020.

Golfinhos

Uma equipa multidisciplinar, que inclui membros do CEAUL, vai monitorizar comunidades de baleias e golfinhos ao longo da costa portuguesa. O objetivo é criar um atlas dos cetáceos em Portugal e protegê-los.

Sequência de vértebras caudais do exemplar de dinossáurio terópode

Elisabete Malafaia, doutorada em Ciências ULisboa, deixa alguns conselhos a quem quer seguir uma carreira em Paleontologia.A primeira autora do artigo do Journal of Paleontology é investigadora do IDL e da UNED e na prestigiada revista internacional apresenta os resultados do estudo feito ao conjunto de fósseis do dinossáurio carnívoro, descoberto em Torres Vedras e que indica a presença de carcarodontossáurios no Jurássico Superior de Portugal há 145 milhões de anos.

O SMART FARM CoLAB ficará localizado nas antigas instalações do Instituto da Vinha e do Vinho, em Torres Vedras

Ciências ULisboa participa através do cE3c, do BioISI e do IDL no recém-criado SMART FARM CoLAB.

Inscrições Ciências 2018

O primeiro período de matrículas para os alunos do 1.º ano, 1.ª vez em Ciências ULisboa termina a 14 de setembro. Pela primeira vez o processo é feito online.

Teresa Rodrigues

O que fazem e o que pensam alguns membros da comunidade de Ciências? O Dictum et factum de setembro é com Teresa Rodrigues, técnica superior da Biblioteca de Ciências ULisboa.

Tejo

Vanessa F. Fonseca, investigadora do Centro de Ciências do Mar e do Ambiente (MARE-ULisboa), doutorada em Biologia Marinha e Aquacultura por Ciências ULisboa, coordena o projeto Biopharma, que deverá terminar em 2019.

Jardim do Campo Grande

Os jardins do Campo Grande surgem entre os preferidos de Lisboa, de acordo com os resultados de um inquérito online desenvolvido pelo Centro de Ecologia, Evolução e Alterações Ambientais (cE3c) em colaboração com a Câmara Municipal de Lisboa.

Alunos no átrio do C1

Ciências ULisboa preenche a totalidade das vagas na 1.ª fase do Concurso Nacional de Acesso ao ensino superior. Este ano houve mais de cinco mil candidaturas aos cursos da Faculdade.

Solidariedade

Colegas e amigos homenageiam José Rufino, falecido em julho passado, com uma missa em ação de graças e uma recolha de fundos para a Ciências Solidária, que será entregue a esta associação em nome do professor do Departamento de Informática de Ciências ULisboa.

O presidente da Câmara Municipal de Lisboa, Fernando Medina, ficou a conhecer os carros solares de Ciências ULisboa

Sara Freitas, doutorada em Sistemas Sustentáveis de Energia por Ciências ULisboa, foi um dos membros da organização do Festival Solar de Lisboa 2018. O acontecimento contribuiu para a atribuição à cidade de Lisboa do prémio Capital Verde Europeia 2020.

Figura feminina

Andreia Santos, psicóloga do Gapsi, deixa uma questão para cada um pensar sobre si próprio: “Qual é a minha atitude perante aquilo que geralmente não pode ser mudado?”.

Mais de um milhão de euros para quatro projetos da ULisboa, ao abrigo do 1.º Concurso da FCT e da Aga Khan Development Network. Ciências ULisboa é a instituição proponente de um desses quatro projetos, participando noutro. Ao todo foram selecionados 16 projetos.

Samuel Barata

Samuel Barata estuda na Faculdade no mestrado de Química e é atleta com algumas medalhas alcançadas. Conheça mais pormenores do percurso do estudante, entrevistado por Ciências ULisboa.

Euryphara ribauti

Se ainda não conhece o projeto das cigarras marroquinas, entre no Instagram e acompanhe as aventuras de Gonçalo Costa, distinguido este ano com uma bolsa de início de carreira pela National Geographic Society.

campus universitário

A ULisboa continua a ser a universidade portuguesa melhor classificada no Ranking de Shanghai. Acima do intervalo em que é classificada a ULisboa – 151 a 200 – encontram-se 52 universidades europeias, mas nenhuma delas é do sul da Europa ou do espaço ibero-americano.

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