Opinião

A importância da Estatística na Bioinformática

Lisete Sousa
DEIO-FCUL

A Estatística atua em diversas áreas do conhecimento, sendo a Bioinformática uma das áreas de aplicação mais recentes.

Na realidade, o papel da Estatística na Bioinformática vai além de uma mera intervenção. Trata-se de um pilar indissociável da Bioinformática! A Estatística tem vindo a conquistar o seu espaço nesta nova área, tornando-se uma componente essencial de mérito reconhecido. Mas o que é a Bioinformática e como tem a Estatística vindo a ocupar paulatinamente uma posição de destaque?

Os crescentes avanços em Bioinformática são consequência da obtenção massiva de dados biomédicos e biológicos. Essa explosão de dados deu-se sobretudo a partir dos anos 90, nomeadamente, com os avanços na tecnologia de sequenciação de ADN e de proteínas. O acesso a grandes quantidades de dados, impulsionou o desenvolvimento de novos programas e metodologias que permitem recolhê-los, organizá-los e analisá-los, de forma a extrair toda a informação possível. Estas ferramentas, cujo perfil abrange várias áreas do conhecimento, entre as quais, a Biologia, a Estatística, a Informática, a Bioquímica e a Matemática, formam a base da disciplina de Bioinformática. Assim, pode-se dizer que a Bioinformática resulta da interdisciplinaridade entre várias ciências.

Um estatístico que se dedica a estudos na área da Bioinformática tem que ter a capacidade de utilizar as mais diversas metodologias estatísticas, para além de adquirir conhecimentos biológicos e computacionais. Muitas vezes, são metodologias recentes ou até mesmo metodologias que não utiliza frequentemente e que, por isso, implicam um estudo aprofundado. Por vezes, os dados têm uma natureza tão complexa que nem sequer há métodos estatísticos adequados para proceder à sua análise. Cria-se aqui uma janela de oportunidade para avanços na investigação e na produção científica na área da Estatística. O contributo da Estatística tem sido relevante em problemas tão distintos como, a identificação de genes com expressão diferencial sob duas (ou mais) condições experimentais diferentes, a identificação de grupos de proteínas que se relacionam (clusters), a classificação de indivíduos em vários tipos de determinado cancro, etc..

Um pouco por todo o mundo há cada vez mais estatísticos a trabalharem exclusivamente em Bioinformática. Um dos pioneiros foi Terry Speed, presidente da Divisão de Bioinformática, do Walter and Eliza Hall Institute of Medical Research, em Melbourne - Austrália, que viu o seu vasto trabalho na área da Bioinformática reconhecido este ano com a atribuição do prémio australiano “Prime Minister's Prizes for Science”. Entre outros, o seu contributo em vários julgamentos (como o de O. J. Simpson, por exemplo), enquanto estatístico especialista na análise de dados forenses, faz dele um dos estatísticos mais conceituados na área da Bioinformática. Tal como Terry Speed, também Simon Tavaré é um estatístico com provas dadas no mundo da Bioinformática. Professor na Universidade do Sul da Califórnia e na Universidade de Cambridge, para além de dirigir o Cancer Research UK Cambridge Institute, Simon Tavaré tem liderado vários grupos, projetos e doutoramentos em Estatística/Bioinformática. Uma carreira mais recente, mas igualmente reconhecida, tem Sandrine Dudoit, professora na Universidade da Califórnia. Aluna de doutoramento de Terry Speed em 1999, continua desde então a fazer investigação na área da Bioinformática. Autora de vários livros e publicações em revistas científicas da especialidade, é um nome que dispensa apresentação no meio da bioinformática.

Fonte: http://www.valiantsolutions.com

A comunidade estatística portuguesa teve o privilégio de ouvir Terry Speed e Simon Tavaré no “WSGP2005 – Workshop on Statistics in Genomics and Proteomics”, o primeiro workshop internacional do género realizado em Portugal, organizado pelo Centro de Estatística e Aplicações da Universidade de Lisboa, sob a responsabilidade de Antónia Turkman (DEIO-FCUL). Simon Tavaré esteve ainda presente no Follow-up Meeting do WSGP2005, no ano de 2007, em Coimbra. Estes eventos foram antecedidos por um ciclo de seminários sobre Estatística em Genética, organizado por Luísa Loura (DEIO-FCUL), os quais foram apresentados nas Universidades de Aveiro, Évora e Lisboa, em 2002. Desde então, vários encontros internacionais têm acontecido um pouco por todo o país.

Por outro lado, o século XXI tem-se pautado pelo aumento crescente de publicações científicas em Estatística/Bioinformática. Neste contexto, a FCUL oferece um mestrado em Bioinformática e Biologia Computacional com uma forte componente em Estatística. Além disso, o DEIO-FCUL possui na sua oferta educativa um mestrado em Bioestatística, que apesar de servir alunos com vários perfis, serve também aqueles que pretendem obter formação pós-graduada em Estatística para aplicar na análise de dados em Bioinformática.

Relativamente aos métodos desenvolvidos nesta área do conhecimento, estes podem ser tornados acessíveis, por exemplo, através do Bioconductor, um software livre para Bioinformática desenhado para o ambiente R e que fornece ferramentas para tratamento e análise de dados genómicos de elevada dimensão.

Os microarrays impulsionaram fortemente a geração de dados de elevadas dimensões e proporcionaram o desenvolvimento de muitos métodos estatísticos e algoritmos computacionais. Com a constante evolução tecnológica, os estatísticos deparam-se agora com um novo desafio: os dados de NGS (Next Generation Sequencing). Os dados produzidos por esta técnica revolucionária colocam à disposição dos estatísticos um vasto leque de perguntas e problemas extremamente complexos. Esta realidade, abre caminho para o desenvolvimento de novas metodologias e, assim, os estatísticos poderão ter um contributo substancial em avanços científicos e tecnológicos importantes para a sociedade, uma vez que grande parte destes estudos são na área da saúde. Num futuro próximo, estes e outros desafios serão cada vez mais demonstrativos da importância do papel desempenhado pela Estatística no campo multidisciplinar que é a Bioinformática.

Lisete Sousa, professora auxiliar do DEIO-FCUL e investigadora do CEAUL

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Temos de acreditar que vamos chegar onde queremos. Para isso, todos teremos de continuar a dar o nosso melhor, a bem da família de Ciências – alunos, docentes e não docentes.

A Associação Portuguesa de Estudantes e Investigadores no Reino Unido (PARSUK – Portuguese Association of Researchers and Students in the UK) vem oferecer 5 estágios de verão, com bolsa de estudos no valor de &eu

19 de abril de 1911. Quando a Faculdade de Ciências da ULisboa surgiu em Portugal, passava pouco mais de cem anos do surgimento da primeira escola classificada como tal, a Universidade de Berlim, na Alemanha, em 1810.

A Ação COST TD1402, iniciada em novembro de 2014, termina em novembro de 2018 e está fortemente ligada ao projeto “Nano partículas magnéticas para tratamento do cancro por hipertermia”, cuja investigadora principal é Maria de Deus Carvalho.

The European Organization for Nuclear Research (CERN) is offering full-time paid internships (4-12 months) to students. CERN has two different programmes, depending on the field of students:

O seminário "Do Espaço para a Terra com Copernicus" realiza-se a 16 abril de 2015, entre as 12h00 e as 13h00, no edifício C8, anfiteatro 8.2.47.

 A Sonae vai estar na Faculdade de Ciências, no átrio do edifício C5, com o objetivo de divulgar o Programa Contacto.

O colóquio “A Economia do Mar, Ordenamento, Gestão do Espaço Marítimo e Licenciamento: Oportunidades e Implicações para os Municípios” realizou-se no dia 9 de abril de 2015, nas instalações da Universidade Católica Portuguesa.

Laws of rare events with convergence rates.

34.º aniversário do GeoFCUL!

O Departamento de Geologia da Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa (GeoFCUL) existe desde 4 de fevereiro de 1981.

Foi estendido o prazo de candidaturas para o programa de estágios da Jerónimo Martins - Management Trainee Programme, destinado a alunos finalistas de mestrado.

Encontram-se abertas as candidaturas para o programa de estágios de verão da Vodafone - Discover Summer Internship.

O colóquio “A Economia do Mar, Ordenamento, Gestão do Espaço Marítimo e Licenciamento: Oportunidades e Implicações para os Municípios” realiza-se a 9 de abril de 2015, nas instalações da Universidade Católica Portuguesa.

Na cerimónia deste ano são atribuídas 89 bolsas de estudo por mérito aos alunos que obtiveram aproveitamento excecional no ano letivo 2011/2012.

O seminário "Coopérnico: Energia Verde, Sustentabilidade e Cidadania" realiza-se a 9 de abril de 2015, entre as 12h00 e as 13h00, no edifício C8, anfiteatro 8.2.47.

De 1 a 7 de abril de 2015 a biblioteca do C4 está aberta das 9h00 às 17h00.

Até junho de 2015 os bolseiros do Programa LisMath apresentam semanalmente seminários sobre temas de investigação. Os seminários têm lugar na sala B3-01 do IIIUL, cada sexta-feira, pelas16h00.

Os 25 alunos apurados a nível nacional participam na fase final das Olimpíadas Portuguesas de Geologia (OPG), previstas para os dias 24 e 25 de maio de 2015, no Centro Ciência Viva de Estremoz.

Seminário Informal em Matemática no próximo dia 27 de Março, 6ªfeira, às 14h na sala 6.2.44.

 

Tema: Teoria do grau e aplicações, apresentado por Simão Correia.

Encontram-se abertas as candidaturas para o Summer Internship Programme 2015 da Jerónimo Martins.

O Departamento de Engenharia Geográfica, Geofísica e Energia (DEGGE) da Faculdade de Ciências da ULisboa realiza um seminário sobre sismologia em tempo real, no dia 26 de março de 2015.

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