GenoDedup

Tecnologia portuguesa permite acelerar e reduzir custos de estudos na área da saúde

Maior rapidez de leitura e economizar 75% do espaço de armazenamento

Última Revisão —
National Cancer Institute

Os hospitais e biobancos podem economizar no armazenamento de dados

unsplash - National Cancer Institute
gráfico
Imagem cedida pelos investigadores

Maior rapidez de leitura e economizar 75% do espaço de armazenamento em dados da sequenciação de genomas humanos é a inovadora solução apresentada por Vinicius Vielmo Cogo e Alysson Neves Bessani, investigadores do LASIGE Ciências ULisboa e João Tiago Paulo, investigador do Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores, Tecnologia e Ciência (INESC TEC) e Universidade do Minho e que combina uma nova técnica de deduplicação de dados baseado em semelhanças e padrões encontrados nos ficheiros de sequenciação de genomas humanos e uma codificação das alterações para a recuperação desses dados.

De acordo com o comunicado de imprensa emitido recentemente pela Faculdade os cientistas substituiram a descrição completa dos dados genómicos sequenciados por pequenos apontadores descrevendo, apenas, as alterações necessárias para a recuperação dos dados originais, reduzindo proporcionalmente o espaço e o custo de armazenamento. Esta solução - GenoDedup: Similarity-Based Deduplication and Delta-Encoding for Genome Sequencing Data - foi publicada na revista IEEE Transactions on Computers, uma das mais reconhecidas revistas científicas da área de Informática no mundo, no passado dia 14 de maio de 2020.

Relevância e futuro

O conhecimento técnico e os orçamentos limitados para a criação de infraestruturas apropriadas para o armazenamento eficiente destes dados instiga a procura de novas soluções que equilibrem a economia de espaço de armazenamento e a velocidade de recuperação/ leitura destes dados. Os hospitais e biobancos podem economizar no armazenamento de dados, ao mesmo tempo que permite que investigadores leiam esses dados de forma mais rápida. Os biobancos e os hospitais são responsáveis por guardar e distribuir milhões de amostras biológicas humanas para investigadores de todo o mundo e, atualmente, estão sob pressão para, também, armazenar os dados genómicos sequenciados a partir destas amostras.

Futuramente, os cientistas pretendem disponibilizar a solução em código aberto e melhorar os resultados obtidos através de estudos mais aprofundados sobre os padrões e semelhanças entre genomas humanos sequenciados. Este método será também adaptado na sequenciação de genomas de outras espécies, para outras máquinas de sequenciação e outras representações de dados relacionadas.

Scripta manent. O que se escreve, fica, permanece. Leia os recortes de imprensa publicados sobre o assunto - Dinheiro Vivo e Exame Informática.

 

 

 

LASIGE com ACI Ciências ULisboa
info.ciencias@ciencias.ulisboa.pt

Os três eixos estratégicos – Learning, Selection e Evolution – apoiam de forma estruturada a transferência do conhecimento em Ciências ULisboa e incentivam a criação de spin-offs ou o licenciamento de tecnologias.

​“Born small, die young: Intrinsic, size-selective mortality in marine larval fish” foi publicado online na Scientific Reports.

O que fazem e o que pensam alguns membros da comunidade de Ciências?

Bolhas de ar e películas líquidas são de grande importância em áreas tão diversas como as indústrias mineira, transformadora e alimentar e a segurança de materiais, tendo ainda aplicações potenciais em micro e nanotecnologias.

Os estágios irão ocorrer na Alemanha, Espanha, Estados Unidos da América, França, Moçambique e Suécia.

O “Contact Making Event - Farming With Young People" superou as expectativas que levávamos na bagagem. Para além das importantes ferramentas que descobrimos (Erasmus+, dinâmicas de grupo…) e dos novos contactos que fizemos, as éticas e os princípios da Permacultura foram partilhados com todos.

O Arquivo.pt é uma nova ferramenta de suporte à investigação em diversas áreas científicas, como a Sociologia, História ou Comunicação.

A iniciativa foi dinamizada pela professora Suzana Nápoles e contou com a presença de 22 alunos do ensino básico.

O sismo foi registado pelas estações sísmicas do Instituto Dom Luiz.

Anualmente são analisadas pelo Núcleo de Planeamento, Avaliação e Gestão da Qualidade cerca de 800 disciplinas, dos vários cursos da nossa Faculdade.

O mestrado em Microbiologia resulta de um consórcio entre quatro escolas da ULisboa.

Ana Bastos, pós-doutorada no Laboratoire des Science du Climat et de L’Environement, em França, começou a investigar este tema durante o doutoramento em Ciências ULisboa.

Os alunos recrutados são dos cursos de Bioinformática e Biologia Computacional, Engenharia Biomédica e Biofísica, Matemática Aplicada e Tecnologias da Informação e Comunicação.

Octávio Pinto

O que fazem e o que pensam alguns membros da comunidade de Ciências ULisboa?

Jonathan Félix Rio Veloso, estudante da licenciatura em Tecnologias de Informação com minor em Biologia, faleceu na noite de 10 de janeiro. O funeral do aluno realiza-se no dia 12 de janeiro, pelas 14h30, na aldeia de Nozelos, situada no concelho de Valpaços.

 "Com um simples azulejo” é uma iniciativa do DM dirigida a alunos dos 1.º e 2.º ciclos do ensino básico destinada a explorar transformações geométricas no plano.

Ciências ULisboa pretende continuar a colaborar na formação académica, bem como no desenvolvimento de programas de investigação comuns e no estabelecimento de equipas que possam concorrer a fundos internacionais.

Entre os dias 9 e 30 de janeiro de 2016 inclusivé, a biblioteca do C4 também está aberta aos sábados das 9h00 às 17h00.

A área que mais gosta são as alterações climáticas e os seus efeitos. Durante estes anos em Ciências ULisboa sente que cresceu como pessoa e cientista. Carlos da Camara e Ana Bastos orientaram o projeto de licenciatura e ficaram surpreendidos com o talento da jovem estudante.

Encontra-se aberto concurso para atribuição de uma bolsa de Gestão Ciência e Tecnologia para licenciados em Estatística ou Matemática.

“Ciência, Prestígio e Devoção: os Jesuítas e a Ciência em Portugal”, editado pela Lucerna, no início de 2015, é a primeira abordagem à história científica dos jesuítas em Portugal nos séculos XIX e XX.

Para Ismael Tereno, investigador do IA e de Ciências ULisboa, é possível rastrear mais de um terço do céu, obtendo dados astronómicos com a qualidade adequada ao sucesso dos objetivos científicos da missão Euclid.

O Piloto 2 veio acrescentar mais informação léxico-semântica aos sistemas de tradução automática para todas as línguas do projeto: português, alemão, checo, búlgaro, espanhol, basco, holandês e inglês.

A última sessão deste ano acontece esta sexta-feira, dia 18 de dezembro, a partir das 20h00, no Grande Auditório da Faculdade, sito no edifício C3, no Campo Grande.

Páginas