A arquitetura de investigação na Faculdade de Ciências é complexa, tanto na relação entre unidades e departamentos da FCUL, como no envolvimento de inúmeras outras faculdades e institutos de investigação.

A investigação está organizada em unidades de investigação, com diferentes designações: centros, laboratórios e institutos. Estas unidades associam investigadores de diversos departamentos da Faculdade e incluem ainda muitos investigadores (cerca de 30%) de outras Universidades portuguesas ou estrangeiras.

A grande maioria destas unidades faz parte do sistema de centros de I&D financiados e avaliados pela FCT.

Diversos investigadores da FCUL estão ainda integrados em unidades de I&D associadas a outras faculdades e instituições, embora realizando - na maior parte dos casos - a sua investigação nas instalações da FCUL. É o caso das unidades CEFEMA, GREEN-IT, IGC, MOSTMICRO, IMM, IT e INESC-ID.

As unidades de I&D da FCUL atuam em áreas temáticas diversas e algumas são de natureza interdisciplinar, podendo no entanto ser agrupadas por grandes áreas científicas:

• Ciências e Tecnologias Químicas
• Ciências da Vida
• Ciências da Terra
• Ciências e Engenharias Físicas
• Ciências Matemáticas
• Ciência e Engenharia Informática
• História e Filosofia da Ciência