GenoDedup

Tecnologia portuguesa permite acelerar e reduzir custos de estudos na área da saúde

Maior rapidez de leitura e economizar 75% do espaço de armazenamento

Última Revisão —
National Cancer Institute

Os hospitais e biobancos podem economizar no armazenamento de dados

unsplash - National Cancer Institute
gráfico
Imagem cedida pelos investigadores

Maior rapidez de leitura e economizar 75% do espaço de armazenamento em dados da sequenciação de genomas humanos é a inovadora solução apresentada por Vinicius Vielmo Cogo e Alysson Neves Bessani, investigadores do LASIGE Ciências ULisboa e João Tiago Paulo, investigador do Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores, Tecnologia e Ciência (INESC TEC) e Universidade do Minho e que combina uma nova técnica de deduplicação de dados baseado em semelhanças e padrões encontrados nos ficheiros de sequenciação de genomas humanos e uma codificação das alterações para a recuperação desses dados.

De acordo com o comunicado de imprensa emitido recentemente pela Faculdade os cientistas substituiram a descrição completa dos dados genómicos sequenciados por pequenos apontadores descrevendo, apenas, as alterações necessárias para a recuperação dos dados originais, reduzindo proporcionalmente o espaço e o custo de armazenamento. Esta solução - GenoDedup: Similarity-Based Deduplication and Delta-Encoding for Genome Sequencing Data - foi publicada na revista IEEE Transactions on Computers, uma das mais reconhecidas revistas científicas da área de Informática no mundo, no passado dia 14 de maio de 2020.

Relevância e futuro

O conhecimento técnico e os orçamentos limitados para a criação de infraestruturas apropriadas para o armazenamento eficiente destes dados instiga a procura de novas soluções que equilibrem a economia de espaço de armazenamento e a velocidade de recuperação/ leitura destes dados. Os hospitais e biobancos podem economizar no armazenamento de dados, ao mesmo tempo que permite que investigadores leiam esses dados de forma mais rápida. Os biobancos e os hospitais são responsáveis por guardar e distribuir milhões de amostras biológicas humanas para investigadores de todo o mundo e, atualmente, estão sob pressão para, também, armazenar os dados genómicos sequenciados a partir destas amostras.

Futuramente, os cientistas pretendem disponibilizar a solução em código aberto e melhorar os resultados obtidos através de estudos mais aprofundados sobre os padrões e semelhanças entre genomas humanos sequenciados. Este método será também adaptado na sequenciação de genomas de outras espécies, para outras máquinas de sequenciação e outras representações de dados relacionadas.

Scripta manent. O que se escreve, fica, permanece. Leia os recortes de imprensa publicados sobre o assunto - Dinheiro Vivo e Exame Informática.

 

 

 

LASIGE com ACI Ciências ULisboa
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Doutoramento e Mestrado em Ciência Cognitiva 

6ª Edição, 2014-15

A revista mais prestigiada na área da Biologia Computacional publicou um artigo que resulta de uma investigação financiada pela Fundação para a Ciência e a Tecnologia e que inclui investigadores de Ciências e da Universidade de Harvard.

O Centro de Investigação Operacional vai realizar no dia 21 de maio, pelas 14h30, na sala 6.4.30 um seminário intitulado Formulations and Exact&nbs

O Centro de Estatística e Aplicações da Universidade de Lisboa vai organizar de 4 a 6 de Junho de 2014 um curso intitulado "On Flexible Bayesian Methods for Diagnosis and ROC Curve Estimation".

Conferência no dia 21 de Maio, pelas 16h00, sala 6.2.56, Edifício C6, FCUL, Campo Grande, Lisboa.

Dia: 22 de Maio (Dia Internacional da Biodiversidade)

Apesar de já existir há dois anos e meio, e como há sempre novos funcionários/Docentes a entrar, vimos por este meio divulgar mais uma vez o Sistema de Impressão FCUL para funcionários/Docentes da FCUL.

Dinâmica da Actividade Cerebral -

Perspectivas e oportunidades num dos grandes problemas científicos deste século

Medalha internacional de História das Ciências, Marta Lourenço

Ana Eiró, Fernando Bragança Gil, Maria Alzira Ferreira, Luís Mendes Vítor, Virgílio Meira Soares, Fernando Catarino, Fernando Parente, Noémio Marques, Galopim de Carvalho, são algumas das individualidades de Ciências que Marta Lourenço recorda, em jeito de agradecimento, pelos ensinamentos transmitidos.

A iniciativa existe desde 2008. “Um pequeno Roteiro pela Energia Solar Fotovoltaica na Faculdade de Ciências” inclui visitas guiadas ao Campus Solar e à central de mini geração fotovoltaica nos telhados da Faculdade de Ciências, e ainda a palestra “A revolução solar vem aí!”, proferida pelo professor António Vallêra.

“Os ensinamentos adquiridos em Ciências estão na base das investigações que tenho desenvolvido, foi através deles que adquiri os conceitos e conhecimentos que me permitem desenvolver o estudo dos materiais. Por outro lado, a interação com diferentes áreas da Geologia permite absorver muita informação importante para a interpretação de muitos dos achados”, explica a investigadora Elisabete Malafaia.

Jean-Paul Montagner, Institut de Physique du Globe, Université Paris-Diderot, Paris, France

António Castelo, Aidnature

"Recordo-me sobretudo dos professores e da matéria que dava nas aulas. A minha pancada com evolução é forte e já nessa altura era. Ainda hoje nada me dá mais prazer do que aprender e compreender como funciona a vida na terra. Tive muito bons professores durante o curso e isso foi fundamental até quando, mais tarde, saí para fazer o mestrado em Inglaterra", conta o antigo aluno de Biologia de Ciências, António Castelo.

Expedição Aidnature

“Cada animal, cada comportamento é um desafio. O momento em que conseguimos a imagem de que estamos à espera e que imaginámos na nossa cabeça, é de uma adrenalina enorme, que contrasta com a paz que é estar horas no campo à espera”, declara António Castelo, antigo aluno do curso de Biologia de Ciências, agora biólogo na Aidnature.

 Nos dias 29 e 31 de outubro de 2014 realiza-se uma reunião em Heildelberg, na Alemanha, com o intuito de apresentar os 106 novos membros ao EMBO Council.

Ano Internacional da Cristalografia 2014

O Departamento de Geologia da Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa associa-se à comemoração do Ano Internacional da Cristalografia.

MATEMÁTICA E ENSINO

De acordo com o Despacho do Senhor Diretor da Faculdade, a eleição do Presidente do Departamento de Matemática terá lugar no próximo dia 30 de Maio.

Conferência no dia 16 de Maio, 11h30, anfiteatro 3.2.15, Edifício C3, FCUL, Campo Grande, Lisboa.

Marta Lourenço

Marta Lourenço, membro do Centro Interuniversitário de História das Ciências e da Tecnologia, da Secção Autónoma de História e Filosofia das Ciências e subdiretora do Museu Nacional de História Natural e da Ciência foi galardoada com a Medalha George Sarton pela Universidade de Gent.

Imagem de Octávio Pinto

O seminário integrado na disciplina de Agricultura e Florestas, do mestrado em Ecologia e Gestão Ambiental, realiza-se dia 7 de maio, pelas 11h15, no edifício C2, 2.º piso, sala 2.2.14.

Christoph Meyer

Christoph Meyer começou a trabalhar no Centro de Biologia Ambiental de Ciências, em fevereiro de 2009. A estadia em Ciências tem corrido bem.

Tectonics and Neotectonics of the western North America and Associated Hazards

Conferência no dia 29 de Maio, 12h00, sala 6.2.56, Edifício C6, FCUL, Campo Grande, Lisboa.

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