GenoDedup

Tecnologia portuguesa permite acelerar e reduzir custos de estudos na área da saúde

Maior rapidez de leitura e economizar 75% do espaço de armazenamento

Última Revisão —
National Cancer Institute

Os hospitais e biobancos podem economizar no armazenamento de dados

unsplash - National Cancer Institute
gráfico
Imagem cedida pelos investigadores

Maior rapidez de leitura e economizar 75% do espaço de armazenamento em dados da sequenciação de genomas humanos é a inovadora solução apresentada por Vinicius Vielmo Cogo e Alysson Neves Bessani, investigadores do LASIGE Ciências ULisboa e João Tiago Paulo, investigador do Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores, Tecnologia e Ciência (INESC TEC) e Universidade do Minho e que combina uma nova técnica de deduplicação de dados baseado em semelhanças e padrões encontrados nos ficheiros de sequenciação de genomas humanos e uma codificação das alterações para a recuperação desses dados.

De acordo com o comunicado de imprensa emitido recentemente pela Faculdade os cientistas substituiram a descrição completa dos dados genómicos sequenciados por pequenos apontadores descrevendo, apenas, as alterações necessárias para a recuperação dos dados originais, reduzindo proporcionalmente o espaço e o custo de armazenamento. Esta solução - GenoDedup: Similarity-Based Deduplication and Delta-Encoding for Genome Sequencing Data - foi publicada na revista IEEE Transactions on Computers, uma das mais reconhecidas revistas científicas da área de Informática no mundo, no passado dia 14 de maio de 2020.

Relevância e futuro

O conhecimento técnico e os orçamentos limitados para a criação de infraestruturas apropriadas para o armazenamento eficiente destes dados instiga a procura de novas soluções que equilibrem a economia de espaço de armazenamento e a velocidade de recuperação/ leitura destes dados. Os hospitais e biobancos podem economizar no armazenamento de dados, ao mesmo tempo que permite que investigadores leiam esses dados de forma mais rápida. Os biobancos e os hospitais são responsáveis por guardar e distribuir milhões de amostras biológicas humanas para investigadores de todo o mundo e, atualmente, estão sob pressão para, também, armazenar os dados genómicos sequenciados a partir destas amostras.

Futuramente, os cientistas pretendem disponibilizar a solução em código aberto e melhorar os resultados obtidos através de estudos mais aprofundados sobre os padrões e semelhanças entre genomas humanos sequenciados. Este método será também adaptado na sequenciação de genomas de outras espécies, para outras máquinas de sequenciação e outras representações de dados relacionadas.

Scripta manent. O que se escreve, fica, permanece. Leia os recortes de imprensa publicados sobre o assunto - Dinheiro Vivo e Exame Informática.

 

 

 

LASIGE com ACI Ciências ULisboa
info.ciencias@ciencias.ulisboa.pt

Biologia 2014/2015

Para Ana Rita Ruivo, do 12.º ano da Escola Secundária Quinta do Marquês, passar alguns dias do seu verão em Ciências foi importante porque a ajudou a “clarificar que [assuntos] correspondem aos [diferentes] cursos” e também porque lhe permitiu “[ter contacto com] experiências que nunca tinha feito”.

António Branco, professor do Departamento de Informática de Ciências, é o coordenador do QTLeap, um projeto europeu de investigação para a tradução automática.

“É a primeira vez que tenho contacto com este ambiente. Gosto de programação e o curso que quero seguir é Engenharia Informática. Aqui, vou ganhar alguns conhecimentos”, referiu o aluno do 11.º ano da Escola Secundária da Amadora, Miguel Almeida, um dos participantes do FCUL Rally Pro.

Coleção de culturas

Este é um exemplo de como as coleções biológicas, enquanto infraestruturas científicas, podem ser instrumentais para o avanço da ciência e no potenciar e estreitar de parcerias transversais.

 A Exigo Consultores, empresa de consultoria em actividade desde 2001, focada na consultoria para o sector de saúde, principalmente a consultoria em economia da saúde, epidemiologia, análise matemática e estatística, procura

Parabéns ao aluno Pedro Lencastre, da edição de 2012/2013 do mestrado em Matemática Financeira da Faculdade de Ciências da ULisboa e do ISCTE-IUL, que ganhou uma bolsa da Global Association of Risk Professionals (GARP) para a elaboração da sua tese de mestrado na área de riscos financeiros.

alumna de Ciências e investigadora da ULisboa, galardoada este ano com o Portuguese Young Chemists Award, procura descobrir um fármaco que venha a ser útil à sociedade.

No âmbito de uma parceria estabelecida entre a Faculdade de Ciências da Universidade Agostinho Neto (FCUAN) e a Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa (FCUL), teve início em abril de 2014 o Mestrado em Microbiologia Aplicada da FCUAN

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A segunda edição do FCUL Rally Pro realizou-se na tarde de 2 de julho.

De 7 de julho a 5 de setembro de 2014 as bibliotecas do C4 e do C8 têm alteração no horário de funcionamento.

Pedro Garret, Investigador de Ciências

A informação com possíveis cenários climáticos até ao final do século já está disponível para consulta de autarquias, responsáveis por licenciamentos de obras, proprietários que queiram construir e autoridades de proteção civil.

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“Quem não gostaria de gerir uma empresa sem o verdadeiro risco mas, ainda assim, de uma forma bastante realista?”, questiona João Guilherme Rodrigues, aluno de Ciências e um dos 21 concorrentes da Faculdade ao Global Management Challenge (GMC).

Qual é a maior alegria de um professor? Para a maioria é com certeza o bem-estar e o sucesso dos seus alunos.

Escolha de Ramo em Geologia / 2014

Listas definitivas divulgadas em 23 de Julho de 2014.

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“Tenho pensado em fazer um curso, uma formação extra virada para a área da Energia, não só para ajudar os meus alunos mas também por mim, por satisfação, para aprender”, conta Carlos Paulino, professor do ensino secundário.

Anfiteatro da Escola de Ciências

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23 a 26 de Junho

 

 

A Thomson Reuters alerta para a interrupção de serviços.

 “O mar tomou-se de repente muito novo e muito antigo”

O MARE organizou uma viagem a bordo de um Galeão para dar a conhecer a fauna local do Parque Marinho do Parque Natural da Arrábida. No total, 100 pessoas participaram nas iniciativas de comemoração do Dia Mundial do Ambiente organizadas por este centro.

Gostava de fazer um estágio aplicando os conhecimentos de Estatística Aplicada à área de Recursos Humanos? A Ernst & Young lança proposta.

Cátia Raminhos e Jorge Santos, estudantes do mestrado em Engenharia Informática de Ciências, lançaram uma plataforma de partilha de informação dedicada ao autismo e que já chegou a 33 países.

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