Retrospetiva dos oito anos de mandato de Margarida Duarte Amaral no BioISI

Margarida Amaral

"Apesar de serem muitos os objetivos alcançados no BioISI ao longo destes oito anos, julgo que o mais relevante é a produtividade científica", responde Margarida Duarte Amaral, quanto aos principais marcos do BioISI

BioISI

Margarida Duarte Amaral dirigiu o Instituto de Biossistemas e Ciências Integrativas (BioISI) durante oito anos. Esta entrevista é sobre o passado, o presente e o futuro e como “o todo é maior do que a simples soma das suas partes”.

BioISI Communication Office (BioISICom) - Qual era a visão que tinha para o BioISI, no momento da sua criação, em 2015?

Margarida Duarte Amaral (MDA) - Quando em 2015 decidimos fundir três centros de investigação nas áreas de Biologia Molecular/Bioquímica, Física e Ciências da Computação para criar o BioISI, a minha visão era a de fundar um centro interdisciplinar, no qual os investigadores de diferentes áreas pudessem propor e realizar ideias ousadas/disruptivas que fizessem avançar as suas áreas de investigação mais do que apenas através dos (pequenos) avanços conseguidos em cada área individualmente. Por outras palavras: a visão de criar um centro de investigação que fosse muito mais do que “soma” dos seus investigadores.

BioISICom - Quais foram as ações estratégicas mais importantes que concretizaram a missão do BioISI?

MDA - Estou convencida que a ação mais importante foi a criação das Core-Facilities BioISI. Estas são mais do que meras infraestruturas, uma vez que têm investigadores e técnicos disponíveis para ajudar outros investigadores a colocar as suas ideias em prática. Destaco como outras ações estratégicas importantes os Projetos BioISI que financiam investigação interdisciplinar (que mobilizam, pelo menos, duas áreas científicas distintas) e que são destinados ao desenvolvimento de ideias inovadoras, levadas a cabo sobretudo pelos investigadores principais mais jovens. Devo também mencionar a criação do Programa de Post-docs e do programa BioISI Junior (para estudantes de mestrado), ambos financiados pelo BioISI. Devo confessar que a minha inspiração veio do EMBL, o prestigiado Laboratório Europeu de Biologia Molecular (em Heidelberg, na Alemanha), onde trabalhei durante dois anos. Outro aspeto que gostaria de mencionar – dada a sua “raridade” – é o apoio dado pelo BioISI (nomeadamente pelos grupos de Microbiologia e Biotecnologia) às start-ups no Tec Labs, trabalhando lado a lado com as mesmas e, por isso, contribuindo para o sucesso destas empresas. Considero que estas atividades se revestem de especial relevância para a sociedade.

BioISICom - Quais são os principais marcos que acredita serem a materialização da missão do instituto?

MDA - Apesar de serem muitos os objetivos alcançados no BioISI ao longo destes oito anos, julgo que o mais relevante é a produtividade científica. Neste sentido posso apresentar alguns exemplos de indicadores Key Performance Indicators (KPI), dos últimos sete anos, que representam a robustez e consistência da investigação no BioISI.

  • O número médio de publicações por investigador doutorado por ano é de 2,2 (80% das quais em publicações Q1;
  • O top 25% dos artigos do BioISI tem um índice de impacto médio de 8;
  • No BioISI, anualmente, são concluídas, em média, nove teses de doutoramento e 24 teses de mestrado;
  • Cinco investigadores do BioISI fazem parte da lista de investigadores mais citados em todo o mundo (publicada pela Universidade de Stanford, USA): um no top 1% e os restantes quatro no top 2%.

Para além destes indicadores, outro aspeto do qual me orgulho muito é o nível de internacionalização alcançado pelo BioISI. Este facto reflete-se na existência do programa internacional de doutoramento concebido pelo BioISI, na organização de escolas de verão e workshops internacionais, nas colaborações contínuas com outros grupos de investigação europeus e de fora da Europa. Também o elevado número de publicações em coautoria com grupos internacionais e o facto do Scientific Advisory Board do BioISI ser integralmente internacional são reflexo dessa internacionalização.

BioISICom - Tendo em consideração a visão do BioISI inicialmente estabelecida, o que é que ainda falta implementar e porquê?

MDA - Há ainda muito por alcançar, mas vou apenas mencionar o aspeto que considero mais premente: a consolidação das Core-Facilities como infraestruturas integrantes da Ciências ULisboa. Não conseguimos assegurar a sustentabilidade de infraestruturas com tecnologia de ponta oferecendo condições de trabalho precárias aos nossos investigadores e técnicos, altamente qualificados, cujo período de formação foi longo, nomeadamente nos mais prestigiados centros internacionais. A abertura de novas posições na Universidade em geral e na Faculdade, em particular, não pode contemplar apenas as necessidades de ensino, mas deve sobretudo alicerçar-se na investigação das suas unidades de investigação, fomentando o desenvolvimento das áreas científicas nas quais Ciências ULisboa é mais competitiva e produtiva. Só assim poderá a nossa escola atrair os melhores investigadores de forma a consolidar e reforçar o know-how até aqui desenvolvido. Esta foi, na verdade, uma forte recomendação recentemente efetuada pela Comissão Externa de Aconselhamento da Ciências ULisboa.

BioISICom - Durante o seu mandato, qual foi o aspeto mais desafiante no trabalho realizado enquanto diretora do BioISI?

MDA - O aspeto mais desafiante foi, sem dúvida, o último exercício de avaliação das unidades de investigação e desenvolvimento (UID) pela FCT, em 2019. Com efeito, a abolição dum painel de avaliação interdisciplinar teve como resultado uma avaliação injusta do BioISI como centro fortemente interdisciplinar. Tanto mais que isto contrastou drasticamente com o anterior exercício de avaliação da FCT (2015), no qual se tinha fortemente incentivado a fusão de centros de investigação de várias áreas científicas para alcançar a interdisciplinaridade e diminuir a fragmentação das UID, um desafio verdadeiramente acolhido através da criação do BioISI. A ausência de um painel adequado em 2019 conduziu a uma avaliação muito parcial e subjetiva do BioISI, com a principal consequência do decréscimo de financiamento de base atribuído. Muito mais poderia ter sido alcançado com fundos adicionais e é por isso que o resultado desta avaliação foi muito frustrante. Auspiciosamente, recebi esta semana a avaliação do relatório plurianual pela FCT que reconheceu o valor do BioISI, decorrente dos seus resultados e indicadores de excelência.

BioISICom - Olhando para trás, há algo que gostasse de ter feito de forma diferente?

MDA - Embora retrospetivamente seja sempre mais fácil ter uma melhor perspetiva de como as coisas poderiam ter sido melhoradas globalmente, acho que não teria mudado a orientação geral que dei ao plano de investigação estratégico do BioISI.

BioISICom - Na sua opinião, quais são os grandes desafios que o BioISI enfrenta hoje?

MDA - Para além do aspeto anteriormente referido sobre a consolidação das Core-Facilities do BioISI como parte integrante da Ciências ULisboa, o BioISI tem agora de enfrentar um novo exercício de avaliação, o que é sempre um desafio. Espero sinceramente que este inclua um painel de avaliação interdisciplinar. A este respeito, já escrevi à presidente da FCT, para que, desta vez, esse painel interdisciplinar "não seja esquecido".

BioISICom - A coordenação de um instituto de investigação deve ser uma missão exigente, mas também gratificante. Quais são os aspetos pelos quais está mais grata por estes anos de coordenação?

MDA - Para além da elevada produtividade científica do BioISI, o aspeto mais gratificante da minha coordenação é o feedback que tenho recebido ao longo dos anos por parte dos jovens investigadores principais sobre o apoio contínuo do BioISI à sua investigação e às suas carreiras, em particular quando da sua instalação no BioISI Ciências ULisboa.

BioISICom - A partir de agora, ocupará uma posição diferente no BioISI e, possivelmente, terá mais tempo para liderar a sua própria investigação. O que acha que vai mudar nas suas tarefas diárias e quais são os aspetos aos quais pretende dedicar mais tempo?

MDA - Com efeito, não ter de lidar com o número (incrivelmente elevado!) de tarefas burocráticas que advém do "pacote de coordenação" é algo que anseio. Aliás, esta saída da coordenação do BioISI coincide com uma licença sabática. Por isso, vou aproveitar esta oportunidade para me concentrar mais na investigação do meu próprio grupo, talvez até para iniciar novas "aventuras" de investigação (alguns projetos da UE estão já a alinhar-se...).

BioISICom - Que palavras gostaria de dirigir ao professor Rui Malhó como novo diretor do BioISI?

MDA - Continua [o trabalho desenvolvido] e sobe a fasquia!

BioISICom com GJ Ciências ULisboa
info.ciencias@ciencias.ulisboa.pt
Rita Margarida Cardoso e membros da ULisboa e CGD

Rita Margarida Cardoso é investigadora no Departamento de Engenharia Geográfica, Geofísica e Energia e investigadora no Instituto Dom Luiz (IDL), no RG1 – Climate change, atmosphere-land-ocean processes and extremes. Este ano foi distinguido pela ULisboa e pela Caixa Geral da Depósitos (CGD) com uma menção honrosa, na área das Ciências da Terra e Geofísica. Leia a entrevista com a cientista e saiba o que pensa sobre esta distinção e em que consiste a sua investigação.

Vladimir Konotop e membros da ULisboa e da CGD

Vladimir Konotop é professor no Departamento de Física e investigador no Centro de Física Teórica e computacional da Ciências ULisboa. Este ano foi distinguido pela segunda vez, pela ULisboa e pela Caixa Geral da Depósitos (CGD) com um prémio científico, na área de Física e Materiais. O primeiro prémio científico atribuído pela ULisboa e pela CGD ao cientista ocorreu em 2017. Leia a entrevista com o cientista e saiba o que pensa sobre esta distinção e em que consiste a sua investigação.

José Ricardo Paula

José Ricardo Paula, investigador auxiliar júnior no Departamento de Biologia Animal da Ciências ULisboa e no Centro de Ciências do Mar e do Ambiente (MARE), é o vencedor da 4.ª edição do FLAD Science Award Atlantic, atribuído pela Fundação Luso-Americana para o Desenvolvimento (FLAD). De acordo com o comunicado de imprensa emitido pela FLAD, “José Ricardo Paula irá receber 300 mil euros de financiamento, em três anos, para desenvolver uma ideia inovadora, nomeadamente, o projeto ‘ATLANTICDIVERSA’, que pretende contribuir para compreender o papel dos mutualismos de limpeza na conservação da Biodiversidade do Atlântico, com recurso a tecnologias emergentes, como a Inteligência Artificial”.

Movimento de partículas ativas em meios desordenados

Sabia que quando um conjunto de robots ou bactérias se move num espaço onde há vários objetos livres, esses robots ou bactérias desviam esses objetos para poderem passar? Um grupo de investigadores da Ciências ULisboa e das universidades de College of London (Reino Unido) e de Gothenburg (Suécia) conseguiu mostrar que o rasto deixado por esse movimento contribui para a formação de grupos, funcionando como um mecanismo efetivo de comunicação entre eles.

Fotografia de Catarina Frazão Santos

Catarina Frazão Santos, investigadora no DBA Ciências ULisboa e no MARE, em entrevista ao canal YouTube da Faculdade, a propósito da distinção do ERC, com uma bolsa de arranque, no valor de quase 1,5 milhões de euros, dá a conhecer a sua pessoa, os objetivos e expetativas do projeto PLAnT, refletindo também sobre o contributo da Faculdade para o seu percurso profissional e a importância da sua área de investigação.

Identidade gráfica do café ciências da exposição cem medidas

“Cem Meias Medidas: desenhos e gravuras de Inez Wijnhorst” está patente ao público na Galeria Ciências até fevereiro de 2024. O curador da exposição - Pedro  Freitas - escreve uma crónica sobre esta mostra inaugurada a 21 de novembro. A 12 de dezembro, pelas 17h00, na Galeria Ciências, o curador e a autora participam numa mesa-redonda, que conta ainda com a participação do cientista Henrique Leitão. Os três pretendem explorar a exposição através dos seguintes pontos de vista: o da criação e da intenção dos desenhos, o do seu conteúdo matemático e físico, e o das suas eventuais interações com a história da ciência.

Conceção artística de um buraco negro

Num artigo publicado na revista científica Astronomy & Astrophysics, uma equipa internacional liderada por Rodrigo Carvajal, do Instituto de Astrofísica e Ciências do Espaço e da Ciências ULisboa, e que inclui dez investigadores do IA, apresenta um método de aprendizagem automática (machine learning) que reconhece galáxias superluminosas no início do Universo.

Ignacio Schoendorff, diretor geral da Gilead, Perpétua Gomes, da Comissão de Avaliação dos Projetos de Investigação em Virologia, Margarida Gama Carvalho e a sua equipa

O projeto de investigação miThic-eSwitch na área da Virologia – Infeção pelo Vírus da Imunodeficiência Adquirida/ Síndrome da Imunodeficiência Adquirida, coordenado por Margarida Gama Carvalho, professora do DQB e líder de um dos grupos do BioISI, foi um dos vencedores da 9.ª edição do Programa Gilead GÉNESE, com um prémio no valor de 34 mil euros.

Fotografia de António M. Vallêra

“Neste ensaio analiso a descarbonização simultânea dos transportes terrestres e do sistema elétrico, tomando Portugal como um caso de estudo, e comparo os resultados de vários modelos possíveis para esta transição”, diz António M. Vallêra, autor do livro “The Transition”.

Carlos Marques da Silva à frente do globo do C6

O estudo coordenado por Carlos Marques da Silva, professor do Departamento de Geologia da Ciências ULisboa e investigador do Instituto Dom Luiz (IDL), venceu a 2.ª edição do Prémio Paleontologia e Estratigrafia de Portugal, atribuído pela Sociedade Portuguesa de Paleontologia (SPdP) e pela empresa Chronosurveys.

Exemplo de linhas de costa derivadas da ferramenta CASSIE

Daniel Pais, estudante de doutoramento em Geologia na Ciências ULisboa, é um dos autores do  artigo - “Benchmarking satellite-derived shoreline mapping algorithms” - publicado na Communications Earth & Environment, e que apresenta uma avaliação inédita da precisão na deteção da linha de costa, através de imagens satélites disponíveis ao público.

Representantes do Tec Labs e das suas startups e spin-offs posam para fotografia

O Tec Labs esteve no LISPOLIS a celebrar os resultados da call INNOV-ID, promovida pela Agência Nacional de Inovação e pela Portugal Ventures e que financiou nos últimos três anos, com mais de 5,5 milhões de euros, mais de 55 projetos inovadores e startups nascidos no ecossistema científico e tecnológico português. Nesta terceira call, como ignition partner da Portugal Ventures, o Tec Labs conseguiu ajudar duas startups do seu ecossistema  - a Generosa e a KeepIT - garantindo um investimento de 100 mil euros cada.

várias pessoas sentadas em volta de uma mesa

No dia 6 de novembro, o MARE ULisboa recebeu nas suas instalações Tibor Králik, embaixador da Eslováquia em Portugal, numa reunião preparatória da visita de estado a Portugal da presidente daquele país, Zuzana Čaputová, agendada para os dias 5 e 6 de dezembro.

Zita numa sala com livros

"Portugal é mais mar que terra”, diz a professora cientista - Maria José Costa – bióloga marinha, nesta curta entrevista a propósito do Grande Prémio Ciência Viva 2023, que lhe é atribuído, pela sua colaboração na disseminação da cultura científica nas áreas da biodiversidade marinha, ambiente e literacia do oceano.

Alan Phillips, investigador no Departamento de Biologia Vegetal da Ciências ULisboa e no Laboratório de Genómica e Microbiologia Translacional, no Instituto de Biossistemas e Ciências Integrativas (BioISI), foi novamente distinguido na lista de investigadores altamente citados de 2023 da Clarivate Analytics, na categoria de Ciência Vegetal e Animal. O investigador Alan Philips desenvolve trabalho na área da Microbiologia e foi, este ano, reconhecido pela 6ª vez consecutiva pela Clarivate como um dos investigadores mais citados a nível mundial.

Atribuição dos prémios BfK

"Em Ciências ULisboa decidimos candidatar à edição deste ano do BfK o projeto “Block-Based Accessible Tangible System” desenvolvido por Filipa Rocha, estudante de doutoramento em Informática no LASIGE Ciências ULisboa e participante no Impact Program do nosso ScienceIN2Business. A ideia do projeto é tornar a aprendizagem digital mais acessível às crianças com dificuldades visuais". Leia a crónica do Tec Labs sobre o assunto.

Einstein com estudantes da Lincoln University

"Ao longo destas décadas, a presença da Filosofia da Ciência tem sido enriquecedora no trajeto de muitos nesta Faculdade e um elemento diferenciador relativamente a outras escolas", escreve João L. Cordovil, coordenador científico do Centro de Filosofia das Ciências da Universidade de Lisboa.

Foto de grupo com delegação chinesa e representantes da Ciências ULisboa

A 10 de novembro a ULisboa recebeu a visita de uma delegação chinesa de altos dignitários, professores, investigadores e estudantes de doutoramento, durante a qual foi renovado o protocolo entre a ULisboa e a Universidade de Xangai. Após uma sessão de abertura na reitoria da Universidade, a delegação visitou Ciências ULisboa e o Instituto Superior Técnico.

11 estudantes

Este ano 11 estudantes da Ciências ULisboa foram premiados com Bolsas Gulbenkian Novos Talentos, nas áreas da Biologia, Física, Matemática e Ciências Sociais.

Representação de cinco estrelas e de braço humano

Os rankings “Times Higher Education (THE) World University Rankings 2024 by Subject”, “QS World University Rankings by Subject 2023” e “ShangaiRanking’s Global Ranking of Academic Subjects 2023” atribuem à ULisboa posições de destaque nas áreas de ensino e investigação da Faculdade.

Bombeiro e participante a apagar um fogo com extintor no campus

Em outubro, Ciências ULisboa organizou um conjunto de ações de sensibilização dedicadas à segurança no campus da Faculdade. A iniciativa “Ciências em Segurança”, promovida pela Associação de Estudantes, contou com a ajuda do Gabinete de Segurança, Saúde e Sustentabilidade  e do Regimento de Sapadores Bombeiros de Lisboa. 

Catarina Frazão Santos

O Conselho Europeu de Investigação atribui bolsa de arranque, no valor de 1,499,819.00 euros, a Catarina Frazão Santos, investigadora e docente no Departamento de Biologia Animal da Ciências ULisboa e investigadora integrada no Centro de Ciências do Mar e do Ambiente, pelo seu projeto “Planeamento do Uso Sustentável do Oceano na Antártida num contexto de Alterações Ambientais Globais (PLAnT)”.

imagem ilustrativa de inteligencia artificial

"Conceitos que no passado eram aplicados exclusivamente à mente e ao cérebro humano estão agora a ser aplicados aos sistemas computacionais", escreve Klaus Gärtner, investigador do Centro de Filosofia das Ciências da Universidade de Lisboa.

"Este acontecimento é uma oportunidade para divulgar e celebrar a qualidade da investigação e da inovação desenvolvidas na Ciências ULisboa”, diz Margarida Santos-Reis, subdiretora da Faculdade para a área da investigação, a propósito da 5.ª edição do Dia da Investigação e Inovação.

imagem gerada por IA

"A realização de determinadas funções biológicas é explicada como efeito de uma “computação natural” executada pelo organismo. O objetivo destes programas é, como bem exemplificado por este recente artigo de Joshua Bongard e Michel Levin, promover uma confluência entre biologia e engenharia", escreve Lorenzo Baravalle, investigador do Centro de Filosofia das Ciências da Universidade de Lisboa.

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