Opinião

A importância da Estatística na Bioinformática

Lisete Sousa
DEIO-FCUL

A Estatística atua em diversas áreas do conhecimento, sendo a Bioinformática uma das áreas de aplicação mais recentes.

Na realidade, o papel da Estatística na Bioinformática vai além de uma mera intervenção. Trata-se de um pilar indissociável da Bioinformática! A Estatística tem vindo a conquistar o seu espaço nesta nova área, tornando-se uma componente essencial de mérito reconhecido. Mas o que é a Bioinformática e como tem a Estatística vindo a ocupar paulatinamente uma posição de destaque?

Os crescentes avanços em Bioinformática são consequência da obtenção massiva de dados biomédicos e biológicos. Essa explosão de dados deu-se sobretudo a partir dos anos 90, nomeadamente, com os avanços na tecnologia de sequenciação de ADN e de proteínas. O acesso a grandes quantidades de dados, impulsionou o desenvolvimento de novos programas e metodologias que permitem recolhê-los, organizá-los e analisá-los, de forma a extrair toda a informação possível. Estas ferramentas, cujo perfil abrange várias áreas do conhecimento, entre as quais, a Biologia, a Estatística, a Informática, a Bioquímica e a Matemática, formam a base da disciplina de Bioinformática. Assim, pode-se dizer que a Bioinformática resulta da interdisciplinaridade entre várias ciências.

Um estatístico que se dedica a estudos na área da Bioinformática tem que ter a capacidade de utilizar as mais diversas metodologias estatísticas, para além de adquirir conhecimentos biológicos e computacionais. Muitas vezes, são metodologias recentes ou até mesmo metodologias que não utiliza frequentemente e que, por isso, implicam um estudo aprofundado. Por vezes, os dados têm uma natureza tão complexa que nem sequer há métodos estatísticos adequados para proceder à sua análise. Cria-se aqui uma janela de oportunidade para avanços na investigação e na produção científica na área da Estatística. O contributo da Estatística tem sido relevante em problemas tão distintos como, a identificação de genes com expressão diferencial sob duas (ou mais) condições experimentais diferentes, a identificação de grupos de proteínas que se relacionam (clusters), a classificação de indivíduos em vários tipos de determinado cancro, etc..

Um pouco por todo o mundo há cada vez mais estatísticos a trabalharem exclusivamente em Bioinformática. Um dos pioneiros foi Terry Speed, presidente da Divisão de Bioinformática, do Walter and Eliza Hall Institute of Medical Research, em Melbourne - Austrália, que viu o seu vasto trabalho na área da Bioinformática reconhecido este ano com a atribuição do prémio australiano “Prime Minister's Prizes for Science”. Entre outros, o seu contributo em vários julgamentos (como o de O. J. Simpson, por exemplo), enquanto estatístico especialista na análise de dados forenses, faz dele um dos estatísticos mais conceituados na área da Bioinformática. Tal como Terry Speed, também Simon Tavaré é um estatístico com provas dadas no mundo da Bioinformática. Professor na Universidade do Sul da Califórnia e na Universidade de Cambridge, para além de dirigir o Cancer Research UK Cambridge Institute, Simon Tavaré tem liderado vários grupos, projetos e doutoramentos em Estatística/Bioinformática. Uma carreira mais recente, mas igualmente reconhecida, tem Sandrine Dudoit, professora na Universidade da Califórnia. Aluna de doutoramento de Terry Speed em 1999, continua desde então a fazer investigação na área da Bioinformática. Autora de vários livros e publicações em revistas científicas da especialidade, é um nome que dispensa apresentação no meio da bioinformática.

Fonte: http://www.valiantsolutions.com

A comunidade estatística portuguesa teve o privilégio de ouvir Terry Speed e Simon Tavaré no “WSGP2005 – Workshop on Statistics in Genomics and Proteomics”, o primeiro workshop internacional do género realizado em Portugal, organizado pelo Centro de Estatística e Aplicações da Universidade de Lisboa, sob a responsabilidade de Antónia Turkman (DEIO-FCUL). Simon Tavaré esteve ainda presente no Follow-up Meeting do WSGP2005, no ano de 2007, em Coimbra. Estes eventos foram antecedidos por um ciclo de seminários sobre Estatística em Genética, organizado por Luísa Loura (DEIO-FCUL), os quais foram apresentados nas Universidades de Aveiro, Évora e Lisboa, em 2002. Desde então, vários encontros internacionais têm acontecido um pouco por todo o país.

Por outro lado, o século XXI tem-se pautado pelo aumento crescente de publicações científicas em Estatística/Bioinformática. Neste contexto, a FCUL oferece um mestrado em Bioinformática e Biologia Computacional com uma forte componente em Estatística. Além disso, o DEIO-FCUL possui na sua oferta educativa um mestrado em Bioestatística, que apesar de servir alunos com vários perfis, serve também aqueles que pretendem obter formação pós-graduada em Estatística para aplicar na análise de dados em Bioinformática.

Relativamente aos métodos desenvolvidos nesta área do conhecimento, estes podem ser tornados acessíveis, por exemplo, através do Bioconductor, um software livre para Bioinformática desenhado para o ambiente R e que fornece ferramentas para tratamento e análise de dados genómicos de elevada dimensão.

Os microarrays impulsionaram fortemente a geração de dados de elevadas dimensões e proporcionaram o desenvolvimento de muitos métodos estatísticos e algoritmos computacionais. Com a constante evolução tecnológica, os estatísticos deparam-se agora com um novo desafio: os dados de NGS (Next Generation Sequencing). Os dados produzidos por esta técnica revolucionária colocam à disposição dos estatísticos um vasto leque de perguntas e problemas extremamente complexos. Esta realidade, abre caminho para o desenvolvimento de novas metodologias e, assim, os estatísticos poderão ter um contributo substancial em avanços científicos e tecnológicos importantes para a sociedade, uma vez que grande parte destes estudos são na área da saúde. Num futuro próximo, estes e outros desafios serão cada vez mais demonstrativos da importância do papel desempenhado pela Estatística no campo multidisciplinar que é a Bioinformática.

Lisete Sousa, professora auxiliar do DEIO-FCUL e investigadora do CEAUL
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Título/data/local do evento

A edição de 2025 dos Prémios Universidade de Lisboa/Caixa Geral de Depósitos  vai distinguir um total de 10 investigadores da Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa (CIÊNCIAS).

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Evaristo.ai tem por inspiração uma personagem do filme “Pátio das Cantigas”, mas é também o nome do novo agente digital que acaba de ser lançado pelos laboratórios de Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa (CIÊNCIAS) com o objetivo de voltar a fazer história na língua portuguesa.

Dicas para melhorar o desempenho nos exames nacionais

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Audiência do evento comemorativo do Dia Mundial da Segurança Alimentar

CIÊNCIAS e a consultora BDO Portugal firmaram um protocolo de colaboração que prevê o desenvolvimento de novos cursos de formação avançada, além de ações de consultoria a empresas, e outras atividades relacionadas. O protocolo foi firmado no passado dia 6 de junho, no âmbito do evento que assinalou o Dia Mundial da Segurança Alimentar, com o mote “Food Safety: Science in Action”.

Os portadores de Trissomia 21 têm lugar no ensino superior

20 de junho: A Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa (CIÊNCIAS) vai lançar um evento de debate sobre empregabilidade e formação de pessoas com trissomia 21, em parceria com a Reitoria da Universidade de Lisboa, e a Associação Pais 21. A iniciativa vai decorrer no dia 20 de junho no Instituto Interdisciplinar da Universidade de Lisboa, com o título “Ensino Superior para Estudantes com Dificuldades Intelectuais e Desenvolvimentais”.

Foto de grupo dos participantes da sessão de encerramento do curso.

CIÊNCIAS acolheu no passado dia 3 de junho a sessão de encerramento da 4.ª edição do Cybersecurity Executive Program, um curso para executivos que reforça o papel estratégico da instituição na formação e investigação em cibersegurança. O evento, que reuniu cerca de 60 participantes, entre formadores, formandos e convidados, foi marcado por momentos de partilha, reflexão e aplicação prática dos conhecimentos adquiridos.

Regata Solar Sailors Challenge

Sunwave é um catamarã com menos de 50 centímetros de comprimento, mas revelou grande capacidade para transportar os sonhos dos alunos do agrupamento de escolas Vergílio Ferreira, de Lisboa, que venceram, na passada sexta-feira, a competição Solar Sailors Challenge, em pleno campus da Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa (CIÊNCIAS).

Foto de dois saramugos.

Um estudo publicado na revista Freshwater Biology demonstrou que cinco populações de saramugo (Anaecypris hispanica), até agora consideradas extintas em Portugal, continuam a deixar vestígios genéticos em vários afluentes do Guadiana.

Foto de António Vaz Pato e Tiago Silva, guardiões da HortaFCUL

Depois de 16 anos a produzir peras, amoras, maçãs, pêssegos ou até bananas, a HortaFCUL garantiu um prémio de 5000 libras (€5.937) atribuído pela empresa LUSH Cosmetics numa cerimónia que decorreu no dia 29 de maio, em Dorset, no Reino Unido.

Foto aérea da Alameda da Cidade Universitária

O ranking CWUR (Center for World University Rankings) posiciona novamente a Universidade de Lisboa (ULisboa) como líder nacional entre as Instituições de Ensino Superior, classificando-a no 218.º lugar a nível mundial, na 79.ª posição na Europa e entre as 1,1% melhores universidades do mundo.

Postal da Praia da Conceição-Duquesa, em Cascais, 1930

Num contexto em que as alterações climáticas e a erosão costeira colocam desafios crescentes à gestão do litoral, uma equipa de investigadores da Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa, em colaboração com o U.S. Geological Survey, desenvolveu uma metodologia inovadora que transforma postais turísticos e fotografias históricas em dados científicos sobre a evolução costeira.

Luís Leitão posa para a foto em cima da sua BTT e em frente a um rio

Luís Leitão, estudante do Mestrado em Engenharia Física de Ciências, realizou o seu Erasmus na Sorbonne, em Paris, França, no ano letivo de 2024/2025. Contada assim, a sua história poderia ser uma entre tantas outras de alunos que, a bordo do programa europeu, partem em viagem além-fronteiras para enriquecer os seus estudos mergulhando em diferentes culturas.

Grande Auditório de CIÊNCIAS

No sábado, 24 de maio, CIÊNCIAS acolheu o evento Technovation Girls Portugal que, pelo 4.º ano consecutivo em Portugal foi coordenado pela Happy Code, tendo como missão direcionar as raparigas para as áreas STEAM (Science, Technology, Engineering, Arts, and Mathematics).

A atividade foi realizada no formato online e promovida pelo Gabinete de Segurança, Saúde e Sustentabilidade da Faculdade.

Em celebração do Dia Mundial da Segurança e Saúde no Trabalho, assinalado a 28 de abril, CIÊNCIAS promoveu uma sessão especial de ginástica laboral direcionada aos seus docentes e técnico-administrativos.

Foto de Ana Rita Lopes.

Ana Rita Lopes, investigadora do MARE-ULisboa - Centro de Ciências do Mar e do Ambiente em CIÊNCIAS, foi uma das quatro cientistas galardoadas com a Medalha de Honra L’Oréal Portugal para as Mulheres na Ciência 2024.

Foto da assinatura do protocolo.

A Faculdade de Ciências consolida a sua posição de liderança na investigação científica ambiental com a criação da primeira Cátedra em Sustentabilidade de Ecossistemas Subterrâneos – Loulé. Este compromisso conjunto entre ciência, políticas públicas e responsabilidade ambiental corporativa, representa um investimento de 370 mil euros e foi celebrado no passado dia 23 de maio através de um protocolo entre a Faculdade, a Câmara Municipal de Loulé, a FCiências.ID e a empresa Bondstone.

imagem científica

Ganna Rozhnova, líder do Infectious Disease Dynamics Lab do Instituto de Biossistemas e Ciências Integrativas (BioISI), polo da Faculdade, coordena um estudo, publicado na revista Nature Communications, que relata o impacto de uma potencial cura do VIH na dinâmica de transmissão do vírus, utilizando um modelo matemático.

Cientistas a bordo do RV Sarmiento de Gamboa

Catarina Guerreiro, investigadora da Faculdade de Ciências e do projeto CHASE, integrou uma expedição, no âmbito do projeto Ocean ICU, com a missão de avaliar o papel da variabilidade regional no Atlântico Oriental na formação das complexas bombas de carbono do oceano.

Luis Carriço e José Manuel Rebordão

No Dia de Ciências 2025 a Direção da Faculdade de Ciências homenageou o investigador José Manuel Rebordão reconhecendo o seu impacto na Comunidade de Ciências 2024, e anunciando a nova designação da sala 01.03.23 da FCiências.ID como Auditório José Manuel Rebordão.

Participantes do BRIDges: Boosting research in interdisciplinary domains

BRIDges: Boosting research in interdisciplinary domains ocorreu no passado dia 14 de maio, no campus da Faculdade.

CIÊNCIAS lança Rotas para a Sustentabilidade para promover sistemas alimentares sustentáveis em 17 municípios

A Faculdade de Ciências dá início a uma nova fase do projeto GrowLIFE com o lançamento das Rotas para a Sustentabilidade, uma iniciativa que visa fortalecer práticas alimentares sustentáveis e promover cadeias curtas de abastecimento em Portugal.

Rita Eusébio

Rita Eusébio é uma das finalistas de Ciências da competição “Três Minutos de Tese – Universidade de Lisboa” - 3MT ULisboa 2025, que se realiza a 22 de maio, pelas 18h00, no Pavilhão de Portugal.

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