Opinião

A importância da Estatística na Bioinformática

Lisete Sousa
DEIO-FCUL

A Estatística atua em diversas áreas do conhecimento, sendo a Bioinformática uma das áreas de aplicação mais recentes.

Na realidade, o papel da Estatística na Bioinformática vai além de uma mera intervenção. Trata-se de um pilar indissociável da Bioinformática! A Estatística tem vindo a conquistar o seu espaço nesta nova área, tornando-se uma componente essencial de mérito reconhecido. Mas o que é a Bioinformática e como tem a Estatística vindo a ocupar paulatinamente uma posição de destaque?

Os crescentes avanços em Bioinformática são consequência da obtenção massiva de dados biomédicos e biológicos. Essa explosão de dados deu-se sobretudo a partir dos anos 90, nomeadamente, com os avanços na tecnologia de sequenciação de ADN e de proteínas. O acesso a grandes quantidades de dados, impulsionou o desenvolvimento de novos programas e metodologias que permitem recolhê-los, organizá-los e analisá-los, de forma a extrair toda a informação possível. Estas ferramentas, cujo perfil abrange várias áreas do conhecimento, entre as quais, a Biologia, a Estatística, a Informática, a Bioquímica e a Matemática, formam a base da disciplina de Bioinformática. Assim, pode-se dizer que a Bioinformática resulta da interdisciplinaridade entre várias ciências.

Um estatístico que se dedica a estudos na área da Bioinformática tem que ter a capacidade de utilizar as mais diversas metodologias estatísticas, para além de adquirir conhecimentos biológicos e computacionais. Muitas vezes, são metodologias recentes ou até mesmo metodologias que não utiliza frequentemente e que, por isso, implicam um estudo aprofundado. Por vezes, os dados têm uma natureza tão complexa que nem sequer há métodos estatísticos adequados para proceder à sua análise. Cria-se aqui uma janela de oportunidade para avanços na investigação e na produção científica na área da Estatística. O contributo da Estatística tem sido relevante em problemas tão distintos como, a identificação de genes com expressão diferencial sob duas (ou mais) condições experimentais diferentes, a identificação de grupos de proteínas que se relacionam (clusters), a classificação de indivíduos em vários tipos de determinado cancro, etc..

Um pouco por todo o mundo há cada vez mais estatísticos a trabalharem exclusivamente em Bioinformática. Um dos pioneiros foi Terry Speed, presidente da Divisão de Bioinformática, do Walter and Eliza Hall Institute of Medical Research, em Melbourne - Austrália, que viu o seu vasto trabalho na área da Bioinformática reconhecido este ano com a atribuição do prémio australiano “Prime Minister's Prizes for Science”. Entre outros, o seu contributo em vários julgamentos (como o de O. J. Simpson, por exemplo), enquanto estatístico especialista na análise de dados forenses, faz dele um dos estatísticos mais conceituados na área da Bioinformática. Tal como Terry Speed, também Simon Tavaré é um estatístico com provas dadas no mundo da Bioinformática. Professor na Universidade do Sul da Califórnia e na Universidade de Cambridge, para além de dirigir o Cancer Research UK Cambridge Institute, Simon Tavaré tem liderado vários grupos, projetos e doutoramentos em Estatística/Bioinformática. Uma carreira mais recente, mas igualmente reconhecida, tem Sandrine Dudoit, professora na Universidade da Califórnia. Aluna de doutoramento de Terry Speed em 1999, continua desde então a fazer investigação na área da Bioinformática. Autora de vários livros e publicações em revistas científicas da especialidade, é um nome que dispensa apresentação no meio da bioinformática.

Fonte: http://www.valiantsolutions.com

A comunidade estatística portuguesa teve o privilégio de ouvir Terry Speed e Simon Tavaré no “WSGP2005 – Workshop on Statistics in Genomics and Proteomics”, o primeiro workshop internacional do género realizado em Portugal, organizado pelo Centro de Estatística e Aplicações da Universidade de Lisboa, sob a responsabilidade de Antónia Turkman (DEIO-FCUL). Simon Tavaré esteve ainda presente no Follow-up Meeting do WSGP2005, no ano de 2007, em Coimbra. Estes eventos foram antecedidos por um ciclo de seminários sobre Estatística em Genética, organizado por Luísa Loura (DEIO-FCUL), os quais foram apresentados nas Universidades de Aveiro, Évora e Lisboa, em 2002. Desde então, vários encontros internacionais têm acontecido um pouco por todo o país.

Por outro lado, o século XXI tem-se pautado pelo aumento crescente de publicações científicas em Estatística/Bioinformática. Neste contexto, a FCUL oferece um mestrado em Bioinformática e Biologia Computacional com uma forte componente em Estatística. Além disso, o DEIO-FCUL possui na sua oferta educativa um mestrado em Bioestatística, que apesar de servir alunos com vários perfis, serve também aqueles que pretendem obter formação pós-graduada em Estatística para aplicar na análise de dados em Bioinformática.

Relativamente aos métodos desenvolvidos nesta área do conhecimento, estes podem ser tornados acessíveis, por exemplo, através do Bioconductor, um software livre para Bioinformática desenhado para o ambiente R e que fornece ferramentas para tratamento e análise de dados genómicos de elevada dimensão.

Os microarrays impulsionaram fortemente a geração de dados de elevadas dimensões e proporcionaram o desenvolvimento de muitos métodos estatísticos e algoritmos computacionais. Com a constante evolução tecnológica, os estatísticos deparam-se agora com um novo desafio: os dados de NGS (Next Generation Sequencing). Os dados produzidos por esta técnica revolucionária colocam à disposição dos estatísticos um vasto leque de perguntas e problemas extremamente complexos. Esta realidade, abre caminho para o desenvolvimento de novas metodologias e, assim, os estatísticos poderão ter um contributo substancial em avanços científicos e tecnológicos importantes para a sociedade, uma vez que grande parte destes estudos são na área da saúde. Num futuro próximo, estes e outros desafios serão cada vez mais demonstrativos da importância do papel desempenhado pela Estatística no campo multidisciplinar que é a Bioinformática.

Lisete Sousa, professora auxiliar do DEIO-FCUL e investigadora do CEAUL
campus universitário

A ULisboa continua a ser a universidade portuguesa melhor classificada no Ranking de Shanghai. Acima do intervalo em que é classificada a ULisboa – 151 a 200 – encontram-se 52 universidades europeias, mas nenhuma delas é do sul da Europa ou do espaço ibero-americano.

Fotografia de Sven Fischer da Unsplash

“Back to the future: Testing different scenarios for the next supercontinent gathering” da autoria de Hannah S. Davies, J. A. Mattias Green e João C. Duarte foi publicado na Science Direct a 26 de julho e é um dos temas da edição impressa do próximo mês de outubro da Global and Planetary Change.

Manuela Perdigão

O que fazem e o que pensam alguns membros da comunidade de Ciências? O Dictum et factum de agosto é com Manuela Perdigão, técnica superior do Gabinete de Obras, Manutenção e Espaços da Área de Serviços Técnicos de Ciências ULisboa.

 Laboratório do BioISI/Ciências ULisboa

O workshop ESP 2018 organizado pelo BioISI em finais de julho no campus de Ciências ULisboa foi lecionado por Christiane de Boeck, Karl Kunzelmann, Robert Tarran, Anthony Kicic, Mike Gray, Martin Hug e Margarida Amaral, reconhecidos internacionalmente na área da Fibrose Quística.

"O nosso colega José Rufino tinha uma alma grande!", escreve em homenagem a colega e amiga Ana Paula Claúdio, professora do Departamento de Informática de Ciências ULisboa.

Visita Reitor Bonn

Michael Hoch, reitor da Universidade de Bonn, na Alemanha,visitou Ciências ULisboa com o objetivo de analisar o potencial de cooperação entre as instituições.

ESO

Pela primeira vez são revelados os efeitos previstos pela relatividade geral de Einstein no movimento de uma estrela que passa perto do buraco negro supermassivo no centro da Via Láctea.

Reunião final do comité de gestão da Ação COST TD1301, em Malta, em junho de 2017

​Raquel Conceição, professora do DF de Ciências ULisboa e investigadora do IBEB, coordenou a Ação COST TD1301, no valor de aproximadamente meio milhão de euros e que durou quatro anos, juntando cerca de 255 profissionais, entre investigadores, engenheiros e médicos de 30 países do mundo.

Francisca Canais e Rita Maçorano

O EIT Health é um consórcio europeu dedicado à inovação em saúde, constituído por cerca de 140 entidades. Ciências ULisboa é parte integrante e ativa desde a sua génese.

Fernando Mestre

O que fazem e o que pensam alguns membros da comunidade de Ciências? O Dictum et factum de julho é com Fernando Mestre, técnico superior da Direção Financeira e Patrimonial de Ciências.

Enxame estelar RCW 38

Koraljka Muzic é a investigadora principal da proposta de observação, que levou à captura do enxame estelar RCW 38. Natural da Croácia, chegou a Ciências em 2017 para estudar as anãs castanhas, um dos grandes mistérios da Astronomia.

Joana S. Cristóvão e Cláudio M. Gomes

Joana S. Cristóvão estuda uma das mais abundantes proteínas do cérebro - a proteína S100B – com funções regulatórias associadas à resposta inflamatória, apresentando níveis elevados em pessoas com a doença de Alzheimer.

Cláudio M. Gomes

A ciência é global e colaborativa. Quem o diz é Cláudio M. Gomes, professor do DQB e investigador do BioISI. Recentemente, juntamente com outros cientistas descobriu um novo mecanismo bioquímico nas células nervosas, que retarda a formação dos depósitos de agregados de proteína no cérebro, causadores da doença de Alzheimer.

João Pires da Silva

Nesta fotolegenda destacamos uma passagem da entrevista com João Pires da Silva, professor do Departamento de Química e Bioquímica que pode ser ouvida no canal YouTube e na área multimédia deste site.

Comunicar pelo telemóvel

Andreia Santos, psicóloga do Gapsi, menciona a importância de se resgatar a dimensão humana das relações, considerando um elemento muito importante para a sensação de descanso, especialmente em período de férias.

Assembleia Geral da EMS em Praga

Jorge Buescu, professor do Departamento de Matemática de Ciências e presidente da Sociedade Portuguesa de Matemática, foi eleito membro da Comissão Executiva da European Mathematical Society.

Terreiro do Paço em Lisboa

A primeira iniciativa do ciclo Alterações Climáticas: Impactos Biológicos e Socioeconómicos é organizada por Ciências. O próximo evento desta rede ocorre em julho e está a ser preparado pelo Instituto Superior de Agronomia.

Centro Cultural de Montargil, Ponte de Sor

O Centro Ciência Viva do Lousal (CCVL) – Mina de Ciência recebeu o prémio Melhor Projeto Público 2017. A Faculdade é membro associado e fundador da Associação CCVL garantindo a atualização e o rigor dos conteúdos comunicados.

Marta Aido junto ao globo terrestre

O que fazem e o que pensam alguns membros da comunidade de Ciências? O Dictum et factum de junho é com Marta Aido, que trabalha no Instituto Dom Luiz.

Novos mapas de risco de incêndios florestais para 2018 resultam de um trabalho conjunto entre engenheiros florestais, estatísticos e climatólogos.

Fotografia do setup experimental

O professor do Departamento de Biologia Vegetal e membro da COST Action FA1306, que chegou agora ao fim, faz um balanço da rede transeuropeia e dá-nos a conhecer o projeto INTERPHENO e que poderá ser o primeiro passo para a constituição de uma rede nacional de fenotipagem.

Torre de pedras

"Associada à ideia de perfeccionismo surge a luta por objetivos elevados e irrealistas". Mais uma rubrica da psicóloga Andreia Santos.

Margarida Amaral

Nesta fotolegenda destacamos uma passagem da entrevista com Margarida Amaral, professora do DQB e coordenadora do BioISI e que pode ser ouvida no canal YouTube e na área multimédia deste site.

“The Medieval and Early Modern Nautical Chart: Birth, Evolution and Use”

Joaquim Alves Gaspar, distinguido em 2016 com uma starting grant, a primeira a ser atribuída a um membro de Ciências, volta a “encantar” o Conselho Europeu de Investigação.

Uma mão com enguias

Ciências organiza a primeira reunião do projeto europeu, na qual participam mais de 50 especialistas portugueses, espanhóis e franceses, com o objetivo de debater formas de recuperação da enguia-europeia.

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