Opinião

A importância da Estatística na Bioinformática

Lisete Sousa
DEIO-FCUL

A Estatística atua em diversas áreas do conhecimento, sendo a Bioinformática uma das áreas de aplicação mais recentes.

Na realidade, o papel da Estatística na Bioinformática vai além de uma mera intervenção. Trata-se de um pilar indissociável da Bioinformática! A Estatística tem vindo a conquistar o seu espaço nesta nova área, tornando-se uma componente essencial de mérito reconhecido. Mas o que é a Bioinformática e como tem a Estatística vindo a ocupar paulatinamente uma posição de destaque?

Os crescentes avanços em Bioinformática são consequência da obtenção massiva de dados biomédicos e biológicos. Essa explosão de dados deu-se sobretudo a partir dos anos 90, nomeadamente, com os avanços na tecnologia de sequenciação de ADN e de proteínas. O acesso a grandes quantidades de dados, impulsionou o desenvolvimento de novos programas e metodologias que permitem recolhê-los, organizá-los e analisá-los, de forma a extrair toda a informação possível. Estas ferramentas, cujo perfil abrange várias áreas do conhecimento, entre as quais, a Biologia, a Estatística, a Informática, a Bioquímica e a Matemática, formam a base da disciplina de Bioinformática. Assim, pode-se dizer que a Bioinformática resulta da interdisciplinaridade entre várias ciências.

Um estatístico que se dedica a estudos na área da Bioinformática tem que ter a capacidade de utilizar as mais diversas metodologias estatísticas, para além de adquirir conhecimentos biológicos e computacionais. Muitas vezes, são metodologias recentes ou até mesmo metodologias que não utiliza frequentemente e que, por isso, implicam um estudo aprofundado. Por vezes, os dados têm uma natureza tão complexa que nem sequer há métodos estatísticos adequados para proceder à sua análise. Cria-se aqui uma janela de oportunidade para avanços na investigação e na produção científica na área da Estatística. O contributo da Estatística tem sido relevante em problemas tão distintos como, a identificação de genes com expressão diferencial sob duas (ou mais) condições experimentais diferentes, a identificação de grupos de proteínas que se relacionam (clusters), a classificação de indivíduos em vários tipos de determinado cancro, etc..

Um pouco por todo o mundo há cada vez mais estatísticos a trabalharem exclusivamente em Bioinformática. Um dos pioneiros foi Terry Speed, presidente da Divisão de Bioinformática, do Walter and Eliza Hall Institute of Medical Research, em Melbourne - Austrália, que viu o seu vasto trabalho na área da Bioinformática reconhecido este ano com a atribuição do prémio australiano “Prime Minister's Prizes for Science”. Entre outros, o seu contributo em vários julgamentos (como o de O. J. Simpson, por exemplo), enquanto estatístico especialista na análise de dados forenses, faz dele um dos estatísticos mais conceituados na área da Bioinformática. Tal como Terry Speed, também Simon Tavaré é um estatístico com provas dadas no mundo da Bioinformática. Professor na Universidade do Sul da Califórnia e na Universidade de Cambridge, para além de dirigir o Cancer Research UK Cambridge Institute, Simon Tavaré tem liderado vários grupos, projetos e doutoramentos em Estatística/Bioinformática. Uma carreira mais recente, mas igualmente reconhecida, tem Sandrine Dudoit, professora na Universidade da Califórnia. Aluna de doutoramento de Terry Speed em 1999, continua desde então a fazer investigação na área da Bioinformática. Autora de vários livros e publicações em revistas científicas da especialidade, é um nome que dispensa apresentação no meio da bioinformática.

Fonte: http://www.valiantsolutions.com

A comunidade estatística portuguesa teve o privilégio de ouvir Terry Speed e Simon Tavaré no “WSGP2005 – Workshop on Statistics in Genomics and Proteomics”, o primeiro workshop internacional do género realizado em Portugal, organizado pelo Centro de Estatística e Aplicações da Universidade de Lisboa, sob a responsabilidade de Antónia Turkman (DEIO-FCUL). Simon Tavaré esteve ainda presente no Follow-up Meeting do WSGP2005, no ano de 2007, em Coimbra. Estes eventos foram antecedidos por um ciclo de seminários sobre Estatística em Genética, organizado por Luísa Loura (DEIO-FCUL), os quais foram apresentados nas Universidades de Aveiro, Évora e Lisboa, em 2002. Desde então, vários encontros internacionais têm acontecido um pouco por todo o país.

Por outro lado, o século XXI tem-se pautado pelo aumento crescente de publicações científicas em Estatística/Bioinformática. Neste contexto, a FCUL oferece um mestrado em Bioinformática e Biologia Computacional com uma forte componente em Estatística. Além disso, o DEIO-FCUL possui na sua oferta educativa um mestrado em Bioestatística, que apesar de servir alunos com vários perfis, serve também aqueles que pretendem obter formação pós-graduada em Estatística para aplicar na análise de dados em Bioinformática.

Relativamente aos métodos desenvolvidos nesta área do conhecimento, estes podem ser tornados acessíveis, por exemplo, através do Bioconductor, um software livre para Bioinformática desenhado para o ambiente R e que fornece ferramentas para tratamento e análise de dados genómicos de elevada dimensão.

Os microarrays impulsionaram fortemente a geração de dados de elevadas dimensões e proporcionaram o desenvolvimento de muitos métodos estatísticos e algoritmos computacionais. Com a constante evolução tecnológica, os estatísticos deparam-se agora com um novo desafio: os dados de NGS (Next Generation Sequencing). Os dados produzidos por esta técnica revolucionária colocam à disposição dos estatísticos um vasto leque de perguntas e problemas extremamente complexos. Esta realidade, abre caminho para o desenvolvimento de novas metodologias e, assim, os estatísticos poderão ter um contributo substancial em avanços científicos e tecnológicos importantes para a sociedade, uma vez que grande parte destes estudos são na área da saúde. Num futuro próximo, estes e outros desafios serão cada vez mais demonstrativos da importância do papel desempenhado pela Estatística no campo multidisciplinar que é a Bioinformática.

Lisete Sousa, professora auxiliar do DEIO-FCUL e investigadora do CEAUL
Prémio Nobel da Física 2024 - John J. Hopfield e a Geoffrey E. Hinton | Prémio Nobel da Química 2024 - Demis Hassabis, John M. Jumper e David Baker

A Inteligência Artificial (IA) tem sido o grande destaque deste ano nos prémios Nobel dedicados à Ciência.

Sólveig Thorsteinsdóttir, Susana Martins e Ana Rita Carlos

Nos últimos três anos e meio, investigadores de dois laboratórios do Centro de Ecologia, Evolução a Alterações Ambientais (CE3C) desenvolveram um estudo inovador, que revela novas informações sobre a distrofia muscular congénita tipo 1A (MDC1A).

Tec Labs Demo Day 2024

O Tec Labs - Centro de Inovação de CIÊNCIAS, espaço de referência na promoção do empreendedorismo científico e tecnológico em Portugal, realizou mais uma edição do aguardado Demo Day.

Utilizador a interagir com ecrã, mostrando os logótipos associados ao PRR

CIÊNCIAS participa nesta nova formação, oferecida pela Universidade de Lisboa e pelo Instituto Politécnico de Lisboa.

Formações_no_âmbito_do_Programa_Ferramentas_de_Produtividade_e_Tecnologias_Emergentes

Em outubro arrancam, em CIÊNCIAS, quatro formações do programa ‘IP>AP – Ferramentas de Produtividade e Tecnologias Emergentes’ do Instituto Nacional de Administração, no âmbito da ComCiências.

Novos Alunos de Erasmus para o semestre de 2024/2025

Os novos alunos, de 15 nacionalidades diferentes, foram acolhidos numa sessão de boas-vindas, na sexta-feira, que contou com apresentações do Gabinete de Mobilidade e Acolhimento, da PSP e do Gabinete de Apoio Psicológico de CIÊNCIAS.

Margarida_Gama-Carvalho_Carlos_Farinha_FEBS_FCUL

Carlos M. Farinha e Margarida Gama-Carvalho, investigadores do Instituto de Biossistemas e Ciências Integrativas (BioISI), em CIÊNCIAS, foram eleitos para fazerem parte dos Comités de Ciência e Sociedade (Science and Society) e de Prémios de Excelência e Bolsas (Excellence Awards and Fellowships) da Federação das Sociedades Europeias de Bioquímica (na sigla FEBS, em inglês), respetivamente. A eleição teve lugar em julho passado no 48.º Congresso anual da FEBS, em Milão.
 

28 investigadores de CIÊNCIAS entre os mais influentes a nível mundial

São 28 os investigadores de CIÊNCIAS que integram as listas dos investigadores com maior impacto a nível mundial e que se inserem, assim, nos 2% de investigadores mais influentes nas suas áreas científicas, de acordo com o estudo realizado pela Universidade de Stanford (EUA). 

Fotografia de Cristina Branquinho, a discursar na cerimónia

A Sessão Solene de Abertura do Ano Académico decorreu na Aula Magna, no dia 17 de setembro, e contou com a presença e intervenções do Reitor da ULisboa, Luís Ferreira, Cristina Branquinho, bióloga e investigadora de CIÊNCIAS (em representação do corpo Docente), Nuno Pedroso, Administrador do Instituto Superior Técnico (em representação dos Funcionários) e Margarida Azevedo, Presidente da Associação de Estudantes da Faculdade de Farmácia (em representação dos Estudantes).

Banner_DSPA Insights 2024

O congresso DSPA Insights 2024 - Edição Lisboa, um dos maiores eventos dedicados à ciência de dados e inteligência artificial (IA) em Portugal, decorreu nos dias 18 e 19 de setembro e contou com mais de 40 oradores nacionais e internacionais.

Fotografias dos vários investigadores

Nos últimos dias o país tem estado a braços com o flagelo dos incêndios, potenciados por níveis de perigo meteorológico que já não se verificavam desde 2001.

Grande Auditório de CIÊNCIAS

A excitação no ar era palpável logo pela manhã de ontem, na Alameda Pedro Nunes, junto ao edifício C6, no início de um dia de atividades e eventos dedicado a acolher os cerca de mil novos alunos de CIÊNCIAS.

Imagem de um sapal

Bernardo Duarte, investigador do MARE, assegurou um financiamento do MAR2030 no valor de mais de 500 mil euros.

Flores

Bruno Nevado, investigador do CE3C em CIÊNCIAS, lidera estudo que retrata os vários momentos da existência da espécie Senecio squalidus, desde a sua origem até à colonização de todo o Reino Unido durante a Revolução Industrial, pela lente da genética.

NEOBIOTA 2024

A Faculdade foi palco da 13.ª edição da International Conference On Biological Invasions, o maior congresso sobre espécies invasoras do mundo.

Foto de grupo da Sessão de Boas-Vindas aos Novos Docentes

No arranque de mais um ano letivo, CIÊNCIAS deu as boas-vindas aos seus cerca de 40 novos docentes e investigadores, numa sessão realizada no Museu Nacional de História Natural e da Ciência (MUHNAC) no passado dia 4 de setembro.

Equipa do BioLinkLX pousa para a foto com o prémio na mão, em frente ao edifício C8

O BioLinkLx, uma equipa de 11 estudantes de Química e de Engenharia Biomédica de CIÊNCIAS, conquistou o 3.º lugar do Innovation Award na SensUs Student Competition, uma competição internacional de biossensores que reuniu 18 equipas de 13 países diferentes nos Países Baixos.

Reconstrução do aspecto em vida de Qunkasaura pintiquiniestra.

O paleontólogo português Pedro Mocho, do Instituto Dom Luiz de CIÊNCIAS, anuncia uma nova espécie de dinossauro saurópode que viveu em Cuenca, em Espanha, há 75 milhões de anos: Qunkasaura pintiquiniestra.

Foto de uma iceberg, registada na Península Antárctica

Doutorando de Ciências prova que alterações climáticas induzem mudanças significativas na biomassa de fitoplâncton na Península Antárctica Ocidental.

Conceção artística de planeta

Uma equipa internacional, de que faz parte Koraljka Mužić, do Instituto de Astrofísica e Ciências do Espaço (IA) e de CIÊNCIAS, utilizou o telescópio James Webb (JWST) para descobrir seis potenciais novos objetos com massa planetária no enxame de estrelas da nuvem molecular NGC 1333, na constelação do Perseu, a mais de 960 anos-luz.

Museu Nacional de História Natural e da Ciência

No arranque de mais um ano letivo, CIÊNCIAS dá as boas-vindas aos seus cerca de 40 novos docentes e investigadores, numa sessão de boas-vindas que tem lugar entre 4 e 6 de setembro.

CIÊNCIAS irá receber, de 3 a 6 de setembro, a 13º edição da International Conference On Biological Invasions, o maior congresso sobre espécies invasoras do mundo

CIÊNCIAS irá receber, de 3 a 6 de setembro, a 13º edição da International Conference On Biological Invasions, o maior congresso sobre espécies invasoras do mundo.

Sismo de magnitude 5.3 abala Portugal continental

Na segunda-feira, 26 de agosto, muitos de nós acordámos com um susto: às 5h11, um sismo de magnitude 5.3 na escala de Richter foi sentido não só em Lisboa como um pouco por todo o Portugal continental.

MCAA organiza evento de desenvolvimento de carreiras em CIÊNCIAS

O Spain-Portugal Chapter e o Career Development Working Group da Marie Curie Alumni Association (MCAA) organizam um evento de desenvolvimento de carreira em CIÊNCIAS, de 6 a 7 de setembro.

Manuel Martinho, o Tricampeão Nacional Universitário que se quer tornar “um dos melhores” no Taekwondo

Manuel Martinho, estudante da licenciatura em Tecnologias da Informação, é um dos grandes rostos da ULisboa e de CIÊNCIAS nos maiores campeonatos de Taekwondo a nível nacional e internacional.

Páginas