Opinião

A importância da Estatística na Bioinformática

Lisete Sousa
DEIO-FCUL

A Estatística atua em diversas áreas do conhecimento, sendo a Bioinformática uma das áreas de aplicação mais recentes.

Na realidade, o papel da Estatística na Bioinformática vai além de uma mera intervenção. Trata-se de um pilar indissociável da Bioinformática! A Estatística tem vindo a conquistar o seu espaço nesta nova área, tornando-se uma componente essencial de mérito reconhecido. Mas o que é a Bioinformática e como tem a Estatística vindo a ocupar paulatinamente uma posição de destaque?

Os crescentes avanços em Bioinformática são consequência da obtenção massiva de dados biomédicos e biológicos. Essa explosão de dados deu-se sobretudo a partir dos anos 90, nomeadamente, com os avanços na tecnologia de sequenciação de ADN e de proteínas. O acesso a grandes quantidades de dados, impulsionou o desenvolvimento de novos programas e metodologias que permitem recolhê-los, organizá-los e analisá-los, de forma a extrair toda a informação possível. Estas ferramentas, cujo perfil abrange várias áreas do conhecimento, entre as quais, a Biologia, a Estatística, a Informática, a Bioquímica e a Matemática, formam a base da disciplina de Bioinformática. Assim, pode-se dizer que a Bioinformática resulta da interdisciplinaridade entre várias ciências.

Um estatístico que se dedica a estudos na área da Bioinformática tem que ter a capacidade de utilizar as mais diversas metodologias estatísticas, para além de adquirir conhecimentos biológicos e computacionais. Muitas vezes, são metodologias recentes ou até mesmo metodologias que não utiliza frequentemente e que, por isso, implicam um estudo aprofundado. Por vezes, os dados têm uma natureza tão complexa que nem sequer há métodos estatísticos adequados para proceder à sua análise. Cria-se aqui uma janela de oportunidade para avanços na investigação e na produção científica na área da Estatística. O contributo da Estatística tem sido relevante em problemas tão distintos como, a identificação de genes com expressão diferencial sob duas (ou mais) condições experimentais diferentes, a identificação de grupos de proteínas que se relacionam (clusters), a classificação de indivíduos em vários tipos de determinado cancro, etc..

Um pouco por todo o mundo há cada vez mais estatísticos a trabalharem exclusivamente em Bioinformática. Um dos pioneiros foi Terry Speed, presidente da Divisão de Bioinformática, do Walter and Eliza Hall Institute of Medical Research, em Melbourne - Austrália, que viu o seu vasto trabalho na área da Bioinformática reconhecido este ano com a atribuição do prémio australiano “Prime Minister's Prizes for Science”. Entre outros, o seu contributo em vários julgamentos (como o de O. J. Simpson, por exemplo), enquanto estatístico especialista na análise de dados forenses, faz dele um dos estatísticos mais conceituados na área da Bioinformática. Tal como Terry Speed, também Simon Tavaré é um estatístico com provas dadas no mundo da Bioinformática. Professor na Universidade do Sul da Califórnia e na Universidade de Cambridge, para além de dirigir o Cancer Research UK Cambridge Institute, Simon Tavaré tem liderado vários grupos, projetos e doutoramentos em Estatística/Bioinformática. Uma carreira mais recente, mas igualmente reconhecida, tem Sandrine Dudoit, professora na Universidade da Califórnia. Aluna de doutoramento de Terry Speed em 1999, continua desde então a fazer investigação na área da Bioinformática. Autora de vários livros e publicações em revistas científicas da especialidade, é um nome que dispensa apresentação no meio da bioinformática.

Fonte: http://www.valiantsolutions.com

A comunidade estatística portuguesa teve o privilégio de ouvir Terry Speed e Simon Tavaré no “WSGP2005 – Workshop on Statistics in Genomics and Proteomics”, o primeiro workshop internacional do género realizado em Portugal, organizado pelo Centro de Estatística e Aplicações da Universidade de Lisboa, sob a responsabilidade de Antónia Turkman (DEIO-FCUL). Simon Tavaré esteve ainda presente no Follow-up Meeting do WSGP2005, no ano de 2007, em Coimbra. Estes eventos foram antecedidos por um ciclo de seminários sobre Estatística em Genética, organizado por Luísa Loura (DEIO-FCUL), os quais foram apresentados nas Universidades de Aveiro, Évora e Lisboa, em 2002. Desde então, vários encontros internacionais têm acontecido um pouco por todo o país.

Por outro lado, o século XXI tem-se pautado pelo aumento crescente de publicações científicas em Estatística/Bioinformática. Neste contexto, a FCUL oferece um mestrado em Bioinformática e Biologia Computacional com uma forte componente em Estatística. Além disso, o DEIO-FCUL possui na sua oferta educativa um mestrado em Bioestatística, que apesar de servir alunos com vários perfis, serve também aqueles que pretendem obter formação pós-graduada em Estatística para aplicar na análise de dados em Bioinformática.

Relativamente aos métodos desenvolvidos nesta área do conhecimento, estes podem ser tornados acessíveis, por exemplo, através do Bioconductor, um software livre para Bioinformática desenhado para o ambiente R e que fornece ferramentas para tratamento e análise de dados genómicos de elevada dimensão.

Os microarrays impulsionaram fortemente a geração de dados de elevadas dimensões e proporcionaram o desenvolvimento de muitos métodos estatísticos e algoritmos computacionais. Com a constante evolução tecnológica, os estatísticos deparam-se agora com um novo desafio: os dados de NGS (Next Generation Sequencing). Os dados produzidos por esta técnica revolucionária colocam à disposição dos estatísticos um vasto leque de perguntas e problemas extremamente complexos. Esta realidade, abre caminho para o desenvolvimento de novas metodologias e, assim, os estatísticos poderão ter um contributo substancial em avanços científicos e tecnológicos importantes para a sociedade, uma vez que grande parte destes estudos são na área da saúde. Num futuro próximo, estes e outros desafios serão cada vez mais demonstrativos da importância do papel desempenhado pela Estatística no campo multidisciplinar que é a Bioinformática.

Lisete Sousa, professora auxiliar do DEIO-FCUL e investigadora do CEAUL
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No dia 5 de dezembro, a Universidade de Lisboa recebeu o Selo de Qualidade Academia Voluntária, prémio atribuído pela Cooperativa António Sérgio para a Economia Social (CASES).

Equipa HortaFCUL.

Depois da construção do anfiteatro da FCULresta com pedras de um aterro do Estádio Universitário, a HortaFCUL foi em outubro à Faculdade de Medicina de Lisboa (FMUL) em nova missão de resgate.

O Talent Bootcamp veio a CIÊNCIAS e não podia ter sido um sucesso maior!

Nos dias 6 e 7 de dezembro teve lugar em CIÊNCIAS, a 223.ª edição do Talent Bootcamp que contou com 195 bootcampers inscritos, 107 alunos de CIÊNCIAS e também 174 profissionais de 119 empresas.

O escalo-do-sado foi identificado como uma espécie endémica da bacia do Sado

Sofia Mendes, doutoranda de CIÊNCIAS, no Centro de Ecologia, Evolução e Alterações Ambientais (CE3C), é a principal autora do artigo científico publicado recentemente que revela a descoberta de uma nova espécie de peixe de água doce.

João Sequeira na oficina do Cientista Regressa à Escola.

No dia 5 de dezembro, João Sequeira visitou a Escola Básica São João de Brito, escola onde estudou, e uma outra, a Escola Básica Teixeira de Pascoais, para ensinar alunos de duas turmas do 4.º ano tudo sobre a magia de fazer simulações em computador.

Comissão Externa de Aconselhamento de CIÊNCIAS

Em 2024, CIÊNCIAS mantém-se no topo do desempenho científico nas suas áreas de atuação, com a investigação e ensino fundamentados no conhecimento científico.

Participantes do Nighttime Lettter Writing falam em círculo

No dia 21 de novembro, CIÊNCIAS acolheu a primeira edição portuguesa do Nighttime Letter Writing, um evento de escrita de cartas à mão a apelar a doações para alunos com carências económicas.

Foto Frederico Correia Cerqueira.

Frederico Correia Cerqueira, aluno do Mestrado em Engenharia Informática de CIÊNCIAS, e Manuel Santos, do Instituto Superior de Engenharia de Lisboa, desenvolveram o projeto BinBot: um robot alimentado por energia solar que pode ser a solução para revolucionar a limpeza urbana, de espaços comerciais, festivais de música e outros eventos.

Equipas do Health Crossing Borders e do Lotus.

Os pitches dos projetos Health Crossing Borders e Lotus foram distinguidos com o 1.º e o 2.º lugar, respetivamente, na categoria de estudantes da competição promovida pela H-INNOVA Health INNOVAtion HUB na Digital Health Summit 2024, que decorreu no Funchal na ilha da Madeira, nos dias 26 e 27 de novembro.

Cristina Branquinho, Sofia Augusto e Helena Cristina Serrano

Cristina Branquinho, Sofia Augusto e Helena Cristina Serrano, investigadoras de CIÊNCIAS no Centro de Ecologia, Evolução e Alterações Ambientais (CE3C), são 3 das autoras do capítulo “Drivers of change and their impacts on the WEFE nexus in the Mediterranean region”. 

Alan Phillips, investigador de Ciências, pelo sétimo ano consecutivo na lista de autores mais citados

Alan Phillips, investigador do Instituto de Biossistemas e Ciências Integrativas (BioISI), desenvolve o seu trabalho na área da Microbiologia e foi, este ano, reconhecido pela 7.ª vez consecutiva como um dos investigadores mais citados a nível mundial na categoria de Ciência Vegetal e Animal, na lista Highly Cited Researchers 2024 da Clarivate Analytics.

GEOxyz

No dia 6 de novembro, a GEOxyz, empresa de referência na área de hidrografia e serviços geofísicos e geotécnicos, abriu oficialmente um novo escritório em CIÊNCIAS.

Alunos do Colégio Moderno visitam CIÊNCIAS

Cerca de 200 alunos dos 3.º e 4.º anos participaram, nos dias 18 e 21 de novembro, em atividades de sensibilização no âmbito da Semana Europeia da Prevenção de Resíduos. Logo ao início da manhã, em ambos os dias, os mais pequeninos receberam as boas-vindas do Diretor de CIÊNCIAS, Luís Carriço.

Filipe Duarte Santos.

O Prémio Ciência Viva Media 2024 foi atribuído ao podcast 'A Escala do Clima' de Filipe Duarte Santos, geofísico e professor catedrático de CIÊNCIAS, em colaboração com o jornalista Francisco Sena Santos.

Professor Rui Agostinho

O percurso do professor Rui Agostinho foi celebrado numa sessão de homenagem com sala lotada, onde as cadeiras foram ocupadas por colegas de décadas e alunos de hoje, onde o carinho e a emoção pelo docente foram palpáveis.

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“Comunicar e divulgar Ciência de forma rigorosa é uma tarefa cada vez mais importante”. Quem o diz é o professor Jorge Buescu, matemático de CIÊNCIAS, hoje galardoado com o Grande Prémio Ciência Viva 2024.

Foto da equipa do projeto TaMuK a receber o prémio.

O projeto TaMuKTargeting Mutated KRAS, recebe o prémio Basinnov Innovation Award 2024, pelo desenvolvimento de um novo metalofármaco destinado ao tratamento de cancros com mutação na proteína KRAS, entre os quais se destacam os cancros colorretal e do pâncreas.

Semana Europeia da Prevenção de Resíduos em ciências

O programa inclui uma mini palestra com as Professoras Teresa Dias e Cristina Cruz do Departamento de Biologia Vegetal.

Logótipo da ULisboa, sobre um fundo em tons de vermelho e preto

A ULisboa destaca-se a nível mundial nas áreas de Engenharia Naval e Oceânica (4.º lugar), Engenharia Civil e Ciências Veterinárias (ambas em 44.º lugar), Engenharia Mecânica (50.º lugar), conforme divulgado pelo Global Ranking of Academic Subjects 2024 do Ranking de Shanghai.

Imagem de moléculas de CO2 e fotos dos investigadores.

A inovadora descoberta dos cientistas do Departamento de Química e Bioquímica (DQB) poderá contribuir para a diminuição das emissões de carbono da indústria e para a transição para um modelo de produção mais verde.

Foto de Maria Adelaide Ferreira a discursar na Ocean Summit

Lisboa foi palco da primeira edição da Ocean Summit, um evento que junta especialistas oriundos de quatro continentes, para falarem de inovação para a sustentabilidade do oceano.

Foto da sessão aberta ao público que decorreu em CIÊNCIAS

Entre os dias 28 e 30 de outubro o consórcio internacional responsável pela missão Ariel da Agência Espacial Europeia (ESA) reuniu-se em CIÊNCIAS e no Pavilhão do Conhecimento – Centro Ciência Viva.

Professores e Investigadores de CIÊNCIAS

Na passada quarta-feira, a região de Valência, em Espanha, foi assolada por cheias devastadoras: em 8 horas choveu o equivalente a um ano, num fenómeno provocado por uma gota fria, ou DANA - depresión aislada en niveles altos, na sigla em espanhol.

Foto de grupo dos bolseiros Gulbenkian Novos Talentos 2024 de CIÊNCIAS.

Este ano foram 13 os estudantes de CIÊNCIAS premiados com Bolsas Gulbenkian Novos Talentos, marcando uma subida em relação aos 11 do ano passado.

Imagem da Reitoria da Universidade de Lisboa com o logo do NTU Ranking.

A ULisboa continua a ser a melhor universidade portuguesa e uma das 200 melhores do mundo em várias áreas científicas investigadas em CIÊNCIAS, da Geociência à Física.

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