GenoDedup

Tecnologia portuguesa permite acelerar e reduzir custos de estudos na área da saúde

Maior rapidez de leitura e economizar 75% do espaço de armazenamento

Última Revisão —
National Cancer Institute

Os hospitais e biobancos podem economizar no armazenamento de dados

unsplash - National Cancer Institute
gráfico
Imagem cedida pelos investigadores

Maior rapidez de leitura e economizar 75% do espaço de armazenamento em dados da sequenciação de genomas humanos é a inovadora solução apresentada por Vinicius Vielmo Cogo e Alysson Neves Bessani, investigadores do LASIGE Ciências ULisboa e João Tiago Paulo, investigador do Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores, Tecnologia e Ciência (INESC TEC) e Universidade do Minho e que combina uma nova técnica de deduplicação de dados baseado em semelhanças e padrões encontrados nos ficheiros de sequenciação de genomas humanos e uma codificação das alterações para a recuperação desses dados.

De acordo com o comunicado de imprensa emitido recentemente pela Faculdade os cientistas substituiram a descrição completa dos dados genómicos sequenciados por pequenos apontadores descrevendo, apenas, as alterações necessárias para a recuperação dos dados originais, reduzindo proporcionalmente o espaço e o custo de armazenamento. Esta solução - GenoDedup: Similarity-Based Deduplication and Delta-Encoding for Genome Sequencing Data - foi publicada na revista IEEE Transactions on Computers, uma das mais reconhecidas revistas científicas da área de Informática no mundo, no passado dia 14 de maio de 2020.

Relevância e futuro

O conhecimento técnico e os orçamentos limitados para a criação de infraestruturas apropriadas para o armazenamento eficiente destes dados instiga a procura de novas soluções que equilibrem a economia de espaço de armazenamento e a velocidade de recuperação/ leitura destes dados. Os hospitais e biobancos podem economizar no armazenamento de dados, ao mesmo tempo que permite que investigadores leiam esses dados de forma mais rápida. Os biobancos e os hospitais são responsáveis por guardar e distribuir milhões de amostras biológicas humanas para investigadores de todo o mundo e, atualmente, estão sob pressão para, também, armazenar os dados genómicos sequenciados a partir destas amostras.

Futuramente, os cientistas pretendem disponibilizar a solução em código aberto e melhorar os resultados obtidos através de estudos mais aprofundados sobre os padrões e semelhanças entre genomas humanos sequenciados. Este método será também adaptado na sequenciação de genomas de outras espécies, para outras máquinas de sequenciação e outras representações de dados relacionadas.

Scripta manent. O que se escreve, fica, permanece. Leia os recortes de imprensa publicados sobre o assunto - Dinheiro Vivo e Exame Informática.

 

 

 

LASIGE com ACI Ciências ULisboa
info.ciencias@ciencias.ulisboa.pt

A FCUL volta a marcar presença na Futurália, na FIL, no Parque das Nações, juntamente com outras unidades orgânicas da UL, entre 13 e 16 de março.

“Foi o professor Henrique Leitão que me alertou para o facto de a questão do real impacto de Pedro Nunes na náutica do seu tempo estar por resolver.

“Foi o professor Henrique Leitão que me alertou para o facto de a questão do real impacto de Pedro Nunes na náutica do seu tempo estar por resolver. A tese e o prémio foram passos saborosos de um caminho longo mas que tem todo o potencial de ser gratificante e divertido”, reforça Bruno Almeida, vencedor do Prémio Cultura 2012 atribuído pela Sociedade de Geografia de Lisboa.

A reportagem multimédia sobre o Dia Aberto em Ciências inclui testemunhos de candidatos ao ensino superior, alunos e professores da FCUL, colaboradores desta iniciativa.

Prémio SAHFC 2012 - Marta Macedo

Prémio SAHFC

  A Comissão Executiva da Secção Autónoma de História e Filosofia das Ciências (SAHFC) atribui a anualmente o Prémio SAHFC.

O Grupo de Surdez do BioFIG-FCUL, coordenado por Graça Fialho, já analisou cerca de 400 famílias portuguesas afetadas com surdez hereditária. A primeira tese de doutoramento realizada em Portugal na área da genética da surdez foi defendida em 2012, na UL, por Tiago Matos.

Anfiteatro da FCUL

Cerca de 100 alunos de 15 escolas secundárias da zona de Lisboa participaram na 9.ª edição da ação de divulgação da Física de Partículas.

“Portugal é o principal destino dos estudantes brasileiros de graduação bolsistas do Programa Ciência sem Fronteiras.

“Acho que este tipo de ações é bastante útil porque, nesta altura, precisamos de todas as informações possíveis para podermos fazer uma escolha certa”, declara Maria Buzaglo, aluna do 12.º ano, a frequentar o curso de Ciências e Tecnologias na Escola Secundária de Pedro Nunes.

Alunos no átrio do C3

O Gabinete de Mobilidade, Estágios e Inserção Profissional organizou uma sessão de acolhimento aos cerca de 30 novos alunos de mobilidade para o 2.º semestre.

Em 2000, a UL atribuiu o título de doutor honoris causa a Laurens de Haan. Em 2013, outro gigante dos Extremos, Ross Leadbetter, honrará a UL ao aceitar a mesma distinção. Quando a universidade honra investigadores desta importância está também a honrar-se.

O Departamento de Matemática da FCUL e o CMAF organizam dois mini-cursos de Sistemas Dinâmicos de 17 a 24 de Abril 2013. Os oradores serão Rafael Ortega da Universidade de Granada e Pedro Miguel Duarte do DM da FCUL.

Gulf Labor Markets and Migration Program (GLMMP), a joint program of the European University Institute (EUI - Florence) and the Gulf Research Center (GRC - Jeddah, Geneva, Cambridge), seeks two Research Assistants (Demographer/Statistician and Lawyer).

Rosto de Vanda Brotas

Estudar a clorofila, único parâmetro biológico visível do espaço, constitui uma ferramenta essencial para se perceber se o clima está a mudar. Este artigo foi publicado no jornal "Público" no passado dia 16 de fevereiro.

Servidor da FCUL

As ações de modernização e de alargamento do Centro de Dados da FCUL ocorreram no verão de 2012. A Unidade de Informática continua a apostar na renovação das condições tecnológicas do campus.

Ilustração de animais

A Âncora Editora define-se como uma editora generalista, que tem vindo a dedicar-se, sobretudo, à publicação de autores portugueses. Até agora A. M. Galopim de Carvalho é o autor com o maior número de livros editados.

O projecto de investigação NAADIR que envolve a Faculade de Arquitectura da Universidade Técnica de Lisboa e a Faculdade de Ciências da Universidade de L

Átrio do C6

Para os SASUL ainda é prematuro avaliar o Programa Alimentação UL, cujo orçamento se estima ser na ordem dos 192.000,00 €.

Iain Mattaj, diretor-geral do EMBL

“Estou impressionado com a energia que existe na Faculdade e o número de pessoas que aqui trabalham. Acho que estão bem organizados para trabalhar em equipa!”, declara Iain Mattaj, diretor-geral do European Molecular Biology Laboratory, depois de visitar alguns dos laboratórios da FCUL.

Logotipo da inicativa Programa Alimentação UL

O Menu Estudante custa 2,40€ e inclui sopa, prato principal, sobremesa, pão e bebida. A partir de fevereiro o Espaço Estudante, localizado no edifício C6, também vai dispor de micro-ondas permitindo dessa forma o aquecimento de refeições.

Ester Luísa Rodrigues Dias, professora jubilada do extinto Departamento de Educação da FCUL, faleceu no dia 11 de fevereiro de 2013.

As ações de formação e de sensibilização em segurança e saúde do trabalho procuram divulgar conhecimentos teóricos e práticos de maneira a prevenir acidentes de trabalho e doenças profissionais, permitindo também  intervenções eficazes e eficientes em casos de emergência.

Sala de aula com alunos sentados e tomando notas

"Os estudantes da FCUL, incluindo os estudantes de licenciatura, dispõem do background e conhecimentos certos para participar nestes módulos", esclarece Nathalie Gontier, coordenadora do laboratório AppEEL e das respetivas Escolas de Inverno e de Verão.

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