GenoDedup

Tecnologia portuguesa permite acelerar e reduzir custos de estudos na área da saúde

Maior rapidez de leitura e economizar 75% do espaço de armazenamento

Última Revisão —
National Cancer Institute

Os hospitais e biobancos podem economizar no armazenamento de dados

unsplash - National Cancer Institute
gráfico
Imagem cedida pelos investigadores

Maior rapidez de leitura e economizar 75% do espaço de armazenamento em dados da sequenciação de genomas humanos é a inovadora solução apresentada por Vinicius Vielmo Cogo e Alysson Neves Bessani, investigadores do LASIGE Ciências ULisboa e João Tiago Paulo, investigador do Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores, Tecnologia e Ciência (INESC TEC) e Universidade do Minho e que combina uma nova técnica de deduplicação de dados baseado em semelhanças e padrões encontrados nos ficheiros de sequenciação de genomas humanos e uma codificação das alterações para a recuperação desses dados.

De acordo com o comunicado de imprensa emitido recentemente pela Faculdade os cientistas substituiram a descrição completa dos dados genómicos sequenciados por pequenos apontadores descrevendo, apenas, as alterações necessárias para a recuperação dos dados originais, reduzindo proporcionalmente o espaço e o custo de armazenamento. Esta solução - GenoDedup: Similarity-Based Deduplication and Delta-Encoding for Genome Sequencing Data - foi publicada na revista IEEE Transactions on Computers, uma das mais reconhecidas revistas científicas da área de Informática no mundo, no passado dia 14 de maio de 2020.

Relevância e futuro

O conhecimento técnico e os orçamentos limitados para a criação de infraestruturas apropriadas para o armazenamento eficiente destes dados instiga a procura de novas soluções que equilibrem a economia de espaço de armazenamento e a velocidade de recuperação/ leitura destes dados. Os hospitais e biobancos podem economizar no armazenamento de dados, ao mesmo tempo que permite que investigadores leiam esses dados de forma mais rápida. Os biobancos e os hospitais são responsáveis por guardar e distribuir milhões de amostras biológicas humanas para investigadores de todo o mundo e, atualmente, estão sob pressão para, também, armazenar os dados genómicos sequenciados a partir destas amostras.

Futuramente, os cientistas pretendem disponibilizar a solução em código aberto e melhorar os resultados obtidos através de estudos mais aprofundados sobre os padrões e semelhanças entre genomas humanos sequenciados. Este método será também adaptado na sequenciação de genomas de outras espécies, para outras máquinas de sequenciação e outras representações de dados relacionadas.

Scripta manent. O que se escreve, fica, permanece. Leia os recortes de imprensa publicados sobre o assunto - Dinheiro Vivo e Exame Informática.

 

 

 

LASIGE com ACI Ciências ULisboa
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Fangz, jogo criado por aluno da FCUL que conquistou a Apple

Alexandre Ribeiro, antigo aluno do Departamento de Informática da FCUL, é o primeiro português a conseguir destacar uma aplicação nacional na App Store dos EUA. Para além deste destaque, foi eleito jogo da semana no fórum da Touch Arcade, “o site de maior reputação no mundo dos jogos para plataformas móveis”.

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DESAFIO SOCIETAIS 1, 2 E 5: HEALTH, BIO-ECONOMY, CLIMATE ACTION

IV Jobshop

“Os alunos e os responsáveis pelos recursos humanos das empresas participantes poderão dialogar e assim trocar informações úteis acerca dos métodos, oportunidades e critérios de recrutamento utilizados”, informa o presidente da AEFCL, Eduardo Matos.

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A próxima reunião do Comité COST, área de Chemistry and Molecular Sciences and Technologies realiza-se em  setembro, em Lisboa. Durante esse acontecimento a organização local prevê estudar, juntamente com os atuais e os antigos delegados a ações COST, novas formas de incrementar a participação portuguesa no Horizonte 2020.

“A parceria que temos [com a FCUL] contribuiu em larga escala para o desenvolvimento da Science4you”, comenta Miguel Pina Martins, a propósito do sucesso da empresa que soma novos galardões: o “Business Internationalization Award” e os Prémios Novos, na categoria Empreendedorismo.

Instituto Dom Luiz – University of Lisbon and the Center of Geophysics of the University of Coimbra invite applications for one Post-Doctoral research position. The post-doctoral researcher will be integrated in project QuakeLoc‐PT.

Sessão de esclarecimento sobre os mestrados no GeoFCUL 2013/14

Sessão de esclarecimento sobre os mestrados em Geologia 2013/2014 do GeoFCUL

 

17 Maio (sexta-feira), 10h00-11h30, sala 6.2.47

 

Terá a presença dos coordenadores:

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Conciliar e anonimizar as mais extensas bases de dados da Direção-Geral de Estatísticas da Educação e Ciência é uma tarefa com várias etapas, que se prevê estar finalizada no decorrer do quarto trimestre de 2013.

Aldeia mineira do Lousal

Até ao momento os Prémios GeoConservação já distinguiram a ação das autarquias de Idanha-a-Nova, Valongo, Cantanhede, Arouca, Porto, Alcanena, Rio Maior e das associações de municípios Natureza e Tejo e dos Açores.

Anfiteato 3.2.14

Durante a sessão comemorativa do 102.º aniversário da FCUL, alguns dos melhores alunos da FCUL sorriram e encantaram com os seus depoimentos, num trabalho multimédia apresentado durante o evento.

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No âmbito da disciplina de Estatística Ciência e Sociedade, a Profª Dirce Monteiro do Instituto Superior de Ciências Sociais e Políticas, Universidade Técnica de Lisboa, proferirá, no dia 23 de Abril (3ª feira) pelas 14:30, na sala 6.4.30,&n

Logotipo Dia da FCUl 2013

A FCUL foi criada no século XX, a 19 de abril de 1911, pouco mais de cem anos após o surgimento da primeira escola classificada como tal, a Universidade de Berlim, na Alemanha, em 1810. Em 2013 Ciências comemora 102 anos.

 

Manuel Nunes Marques

Manuel Nunes Marques, antigo diretor do Observatório Astronómico de Lisboa e professor aposentado do Departamento de Engenharia Geográfica, Geofísica e Energia da FCUL, faleceu durante a madrugada de 18 de abril. A missa de corpo presente realiza-se esta quinta-feira, pelas 19h00, na Igreja Nossa Senhora Conceição dos Olivais Sul, em Lisboa. O funeral realiza-se a 19 de abril, pelas 15h00, na Igreja de Santo António das Areias, no concelho de Marvão. Aos familiares, amigos e colegas, a FCUL apresenta as sinceras condolências.

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A Geometria na Politécnica, no âmbito das comemorações do Dia Internacional dos Monumentos e Sítios.

 

Carlos Rafael Borges Mendes

O interesse pelas ciências e tecnologias surgiu ainda no liceu, tendo optado por prosseguir os estudos na área da Biologia, em parte por influência de duas professoras dessa disciplina.

Visitas guiadas à  Exposição Formas & Fórmulas

13 de abril 11h30-13h00

11 de maio 11h30-13h00

Diálogos com Formas & Fórmulas

11 de abril 18h

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