GenoDedup

Tecnologia portuguesa permite acelerar e reduzir custos de estudos na área da saúde

Maior rapidez de leitura e economizar 75% do espaço de armazenamento

Última Revisão —
National Cancer Institute

Os hospitais e biobancos podem economizar no armazenamento de dados

unsplash - National Cancer Institute
gráfico
Imagem cedida pelos investigadores

Maior rapidez de leitura e economizar 75% do espaço de armazenamento em dados da sequenciação de genomas humanos é a inovadora solução apresentada por Vinicius Vielmo Cogo e Alysson Neves Bessani, investigadores do LASIGE Ciências ULisboa e João Tiago Paulo, investigador do Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores, Tecnologia e Ciência (INESC TEC) e Universidade do Minho e que combina uma nova técnica de deduplicação de dados baseado em semelhanças e padrões encontrados nos ficheiros de sequenciação de genomas humanos e uma codificação das alterações para a recuperação desses dados.

De acordo com o comunicado de imprensa emitido recentemente pela Faculdade os cientistas substituiram a descrição completa dos dados genómicos sequenciados por pequenos apontadores descrevendo, apenas, as alterações necessárias para a recuperação dos dados originais, reduzindo proporcionalmente o espaço e o custo de armazenamento. Esta solução - GenoDedup: Similarity-Based Deduplication and Delta-Encoding for Genome Sequencing Data - foi publicada na revista IEEE Transactions on Computers, uma das mais reconhecidas revistas científicas da área de Informática no mundo, no passado dia 14 de maio de 2020.

Relevância e futuro

O conhecimento técnico e os orçamentos limitados para a criação de infraestruturas apropriadas para o armazenamento eficiente destes dados instiga a procura de novas soluções que equilibrem a economia de espaço de armazenamento e a velocidade de recuperação/ leitura destes dados. Os hospitais e biobancos podem economizar no armazenamento de dados, ao mesmo tempo que permite que investigadores leiam esses dados de forma mais rápida. Os biobancos e os hospitais são responsáveis por guardar e distribuir milhões de amostras biológicas humanas para investigadores de todo o mundo e, atualmente, estão sob pressão para, também, armazenar os dados genómicos sequenciados a partir destas amostras.

Futuramente, os cientistas pretendem disponibilizar a solução em código aberto e melhorar os resultados obtidos através de estudos mais aprofundados sobre os padrões e semelhanças entre genomas humanos sequenciados. Este método será também adaptado na sequenciação de genomas de outras espécies, para outras máquinas de sequenciação e outras representações de dados relacionadas.

Scripta manent. O que se escreve, fica, permanece. Leia os recortes de imprensa publicados sobre o assunto - Dinheiro Vivo e Exame Informática.

 

 

 

LASIGE com ACI Ciências ULisboa
info.ciencias@ciencias.ulisboa.pt

“ (…) Pretendo fazer investigação aplicada, em particular na área da Biotecnologia Vegetal, que possa contribuir para a sociedade e para a economia do país”, refere a investigadora da FCUL que acaba de lançar um artigo na “Food Chemistry, Ana Margarida Fortes.

Isabel Fraga Alves

A Teoria dos Valores Extremos e a Inferência Estatística daí decorrente, têm vindo a invadir de forma transversal um largo espectro de áreas aplicadas e que vão desde ciências ambientais às financeiras, numa interface din&aci

Livros e giz

Um programa alicerçado na preocupação do axiomatizar, que valoriza o “formalismo pelo formalismo”, que rejeita a possibilidade de compreensão de conceitos e procedimentos, dificulta a tarefa do professor, para além de se distanciar das orientações dos programas do Reino Unido, de Singapura e dos EUA.

No seguimento da nomeação de Carlos Nieto de Castro como delegado nacional no Domínio da Química e Ciências Moleculares, em março deste ano, esta é a primeira reunião a ter lugar no campus da FCUL, em Lisboa.

FCUL desenvolve inquérito a antigos alunos

Conhecer o percurso académico e profissional dos alunos alumni é um dos interesses de Ciências. Para isso, a Faculdade desenvolveu um inquérito que permanece ativo no portal.

Em 2012, a Universidade de Lisboa, através do Museu Nacional de História Natural e da Ciência (MUHNAC), participou pela primeira vez na Noite

A extraordinária comunhão entre a Geometria e a Arquitectura… volta a ser este o mote de mais um Diálogo na Exposição Formas & Fórmulas, patente no Museu de História Natural e da Ciência (MUHNAC).

Na manhã de 16 de Setembro a partir das 8h45 vai realizar-se a Sessão de Boas Vindas aos novos alunos do Departamento de Informática.

Técnicas Geoquímicas aplicadas à Exploração de Petróleo e a Problemas Ambientais

Cooperação FCUL/Univ. Federal do Rio de Janeiro. Convite à participação!

Curso de verão a realizar de 16 a 27 de Setembro de 2013 das 17H00 às 20H00.

Convénio de Cooperação Académica entre o Instituto de Geociências da USP e o GeoFCUL.

Na sexta-feira, a Direção-Geral do Ensino Superior do Ministério da Educação e Ciência anunciava que, este ano, concorreram à 1.ª Fase do Concurso Nacional de Acesso ao Ensino Superior Público 40419 estudantes, sendo que 37415 alunos foram admitidos.

Ivette Gomes

 A sessão especial proferida por Ivette Gomes ocorre no último dia do evento, a 11 de setembro e intitula-se “Penultimate Approximations: Past, Present . . . and Future?”.

Estão abertas inscrições para as seguintes acções de formação:

Conferência no GeoFCUL: Induced passive margin reactivation in the Gulf of Cadiz

Conferência no dia 9 de Setembro

Regina Bispo, professora do Departamento de Estatística e Investigação Operacional (DEIO) da FCUL integrou a equipa vencedora, composta também por Elisa Duarte e cuja coordenação esteve a cargo de Bruno Cecílio de Sousa e Dulce Gomes, ambos ex-alunos daquele Departamento.

A Exigo pretende recrutar candidatos com Licenciatura ou grau académico superior nas áreas de matemática ou informática, com experiência prévia em consultoria e/ou na indústria.

Imagem de uma criança

– Mas do que é que tu gostas, Ana Isabel!? Tirando o bife, o frango e as batatas fritas, de que é que tu gostas, rapariga? Não comes feijão porque enfarta e com o grão é a mesma desculpa.

O primeiro grupo do exame de Química deste ano incluiu um excerto do livro “Química 12.º ano”, editado em 2001 e da autoria de Alda Pereira e de Maria Filomena Camões.

3 de junho de 1949 - 15 de agosto de 2013

É com uma profunda tristeza e eterna gratidão que comunicamos a morte da bióloga Alexandra Escudeiro, associada da Liga dos Amigos do Jardim Botânico.

Rui Malhó

As palestras e as comunicações em forma de póster foram de elevadíssima qualidade (77), facto que foi atestado pelos 230 participantes que louvaram ainda a organização do evento.

A Plataforma Moodle encontra-se em manutenção nos dias 7 e 8 de agosto.

Pedimos desculpa pelo incómodo.

Agradecemos a sua compreensão.

 

Unidade de Informática

 

De entre as matérias que ensino, esta tem sido inspiradora, transformando discretos alunos em cientistas empenhados: “Professora, consegui a bolsa para as microalgas tóxicas, vou seguir o meu sonho…”. Este artigo foi publicado no jornal "Público" no passado dia 2 de agosto.

Estão abertos concursos da FCT para

 

Concurso para atribuição de Bolsas Individuais de Doutoramento, Doutoramento em Empresas e Pós-Doutoramento

A 3ª fase de candidaturas online decorre de 1 de Agosto até 28 de Agosto.

Páginas