GenoDedup

Tecnologia portuguesa permite acelerar e reduzir custos de estudos na área da saúde

Maior rapidez de leitura e economizar 75% do espaço de armazenamento

Última Revisão —
National Cancer Institute

Os hospitais e biobancos podem economizar no armazenamento de dados

unsplash - National Cancer Institute
gráfico
Imagem cedida pelos investigadores

Maior rapidez de leitura e economizar 75% do espaço de armazenamento em dados da sequenciação de genomas humanos é a inovadora solução apresentada por Vinicius Vielmo Cogo e Alysson Neves Bessani, investigadores do LASIGE Ciências ULisboa e João Tiago Paulo, investigador do Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores, Tecnologia e Ciência (INESC TEC) e Universidade do Minho e que combina uma nova técnica de deduplicação de dados baseado em semelhanças e padrões encontrados nos ficheiros de sequenciação de genomas humanos e uma codificação das alterações para a recuperação desses dados.

De acordo com o comunicado de imprensa emitido recentemente pela Faculdade os cientistas substituiram a descrição completa dos dados genómicos sequenciados por pequenos apontadores descrevendo, apenas, as alterações necessárias para a recuperação dos dados originais, reduzindo proporcionalmente o espaço e o custo de armazenamento. Esta solução - GenoDedup: Similarity-Based Deduplication and Delta-Encoding for Genome Sequencing Data - foi publicada na revista IEEE Transactions on Computers, uma das mais reconhecidas revistas científicas da área de Informática no mundo, no passado dia 14 de maio de 2020.

Relevância e futuro

O conhecimento técnico e os orçamentos limitados para a criação de infraestruturas apropriadas para o armazenamento eficiente destes dados instiga a procura de novas soluções que equilibrem a economia de espaço de armazenamento e a velocidade de recuperação/ leitura destes dados. Os hospitais e biobancos podem economizar no armazenamento de dados, ao mesmo tempo que permite que investigadores leiam esses dados de forma mais rápida. Os biobancos e os hospitais são responsáveis por guardar e distribuir milhões de amostras biológicas humanas para investigadores de todo o mundo e, atualmente, estão sob pressão para, também, armazenar os dados genómicos sequenciados a partir destas amostras.

Futuramente, os cientistas pretendem disponibilizar a solução em código aberto e melhorar os resultados obtidos através de estudos mais aprofundados sobre os padrões e semelhanças entre genomas humanos sequenciados. Este método será também adaptado na sequenciação de genomas de outras espécies, para outras máquinas de sequenciação e outras representações de dados relacionadas.

Scripta manent. O que se escreve, fica, permanece. Leia os recortes de imprensa publicados sobre o assunto - Dinheiro Vivo e Exame Informática.

 

 

 

LASIGE com ACI Ciências ULisboa
info.ciencias@ciencias.ulisboa.pt

ESTRUTURA E GESTÃO DO DEPARTAMENTO DE BIOLOGIA ANIMAL (DBA)

Apresentação do Departamento

Paleontólogos do MNHN da UL e do GeoFCUL em foco na revista TVmais.

A FCUL participa em "Programa de Estudos Avançados" com mais quatro instituições universitárias portuguesas e brasileiras.

O DQB e a FCUL acolheram, mais uma vez, a realização de provas semifinais das Olimpíadas de Química Júnior 2012 no sábado, 14 de abril de 2012.

Pessoas estudam numa mesa na biblioteca

“Acho que qualquer aluno consegue ser bom, se tiver uma boa disciplina de trabalho e objetivos concretos”. Quem o diz é Gonçalo Faria da Silva, estudante do 3.º ano de Biologia.

No penúltimo dia de março realiza-se a quinta e última sessão do workshop destinado a preparar os estudantes para a obtenção do 1.º emprego.

 

Alunos da FCUL

A Schlumberger realiza uma sessão de recrutamento em Ciências. As grandes empresas procuram os melhores profissionais. A FCUL apoia a inserção profissional dos seus diplomados.
 

O evento é uma organização conjunta da Norton/Symantec e do mestrado em Segurança Informática do DI-FCUL.

O DM está na Futurália

Para Duarte Flor, presidente da associação académica e aluno do 12.º ano em Ciências, é importante que os candidatos ao ensino superior visitem as instalações de uma faculdade.

Desenho de uma figura masculina

“Existe um espaço onde o sentimento de pertença a uma escola pode ser reavivado", afirma Miguel Ramos.

Aluna junto a uma das colunas do átrio do C6

A mostra pictórica da atividade científica da FCUL é inaugurada a 13 de março. Conheça as razões pelas quais deve visitar a exposição.

O que são líquidos iónicos? Num dos primeiros programas do ano, o Com Ciência entrevistou o professor e investigador da FCUL, Carlos Nieto de Castro sobre esta classe de solventes.

Desenho de uma figura masculina

A data de lançamento do livro ainda não é pública, mas o evento deverá ocorrer brevemente, na Faculdade de Belas-Artes da UL.

Ontem evocou-se o Dia das Doenças Raras. A fibrose quística é um desses males incomuns. A investigação científica é importante em todos os setores, mas ganha especial sentido em áreas como esta.

Cerca de 20 professores de Ciências da Natureza e Ciências Naturais de nove concelhos portugueses participam na atividade promovida pelo MNHNC-UL a decorrer até abril.

Imagem de um folheto promocional

A FCUL volta a marcar presença no evento, juntamente com outras unidades orgânicas da UL.

Fotografia com pontos de interrogação

Alunos finalistas aconselham Engenharia da Energia e do Ambiente. Testemunhos de Guilherme Gaspar e Ricardo Leandro.

Fotografia de mesa com cinco pessoas sentadas, na Reitoria da UL

A rede pretende formalizar colégios doutorais em áreas transversais. Opinião de Maria Amélia Martins-Loução.

Fotografia de pessoas sentadas num dos anfiteatros da FCUL

A iniciativa acontece a 17 de março e é organizada pelos Departamentos de Física e de Informática.

Fotografia de Dois voluntários, sentados junto a uma banca no átrio do C5

Em fevereiro estão abertas inscrições para a admissão de novos voluntários.

A FCUL participa em "Programa de Estudos Avançados" com mais quatro instituições universitárias portuguesas e brasileiras.

Vale a pena recordar a iniciativa do Gabinete de Mobilidade, Estágios e Inserção Profissional da FCUL.

Fotografia de alunos a andarem, junto ao C8

A primeira edição do curso realiza-se já em 2012.

Páginas