Ciências produz anualmente cerca de 300t de resíduos indiferenciados e 150t de resíduos recicláveis (35t papel, 25t vidro, 10t plástico e 80t orgânico) que são recolhidos através do circuito de recolha da CML. São ainda encaminhadas anualmente para operador licenciado cerca de 18t de resíduos sujeitos a condições especiais de eliminação (papel sujeito a eliminação em condições de confidencialidade, resíduos de equipamentos elétricos e eletrónicos, pilhas e acumuladores, etc.). Tem sido possível aumentar a tonelagem de resíduos enviados para reciclagem anualmente através da colocação de ecopontos exteriores em zonas estratégicas do campus e, ainda, recorrendo à colocação de pequenos ecopontos no interior dos edifícios.
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Iniciou-se em 2016 a valorização de resíduos orgânicos produzidos em bares do campus através de compostagem, tendo-se atingido, em 2018, uma produção anual de cerca de 11t de composto a partir de 40m3 de resíduos - mais informações disponíveis em Como está Ciências a melhorar a gestão dos resíduos orgânicos.
