Opinião

A importância da Estatística na Bioinformática

Lisete Sousa
DEIO-FCUL

A Estatística atua em diversas áreas do conhecimento, sendo a Bioinformática uma das áreas de aplicação mais recentes.

Na realidade, o papel da Estatística na Bioinformática vai além de uma mera intervenção. Trata-se de um pilar indissociável da Bioinformática! A Estatística tem vindo a conquistar o seu espaço nesta nova área, tornando-se uma componente essencial de mérito reconhecido. Mas o que é a Bioinformática e como tem a Estatística vindo a ocupar paulatinamente uma posição de destaque?

Os crescentes avanços em Bioinformática são consequência da obtenção massiva de dados biomédicos e biológicos. Essa explosão de dados deu-se sobretudo a partir dos anos 90, nomeadamente, com os avanços na tecnologia de sequenciação de ADN e de proteínas. O acesso a grandes quantidades de dados, impulsionou o desenvolvimento de novos programas e metodologias que permitem recolhê-los, organizá-los e analisá-los, de forma a extrair toda a informação possível. Estas ferramentas, cujo perfil abrange várias áreas do conhecimento, entre as quais, a Biologia, a Estatística, a Informática, a Bioquímica e a Matemática, formam a base da disciplina de Bioinformática. Assim, pode-se dizer que a Bioinformática resulta da interdisciplinaridade entre várias ciências.

Um estatístico que se dedica a estudos na área da Bioinformática tem que ter a capacidade de utilizar as mais diversas metodologias estatísticas, para além de adquirir conhecimentos biológicos e computacionais. Muitas vezes, são metodologias recentes ou até mesmo metodologias que não utiliza frequentemente e que, por isso, implicam um estudo aprofundado. Por vezes, os dados têm uma natureza tão complexa que nem sequer há métodos estatísticos adequados para proceder à sua análise. Cria-se aqui uma janela de oportunidade para avanços na investigação e na produção científica na área da Estatística. O contributo da Estatística tem sido relevante em problemas tão distintos como, a identificação de genes com expressão diferencial sob duas (ou mais) condições experimentais diferentes, a identificação de grupos de proteínas que se relacionam (clusters), a classificação de indivíduos em vários tipos de determinado cancro, etc..

Um pouco por todo o mundo há cada vez mais estatísticos a trabalharem exclusivamente em Bioinformática. Um dos pioneiros foi Terry Speed, presidente da Divisão de Bioinformática, do Walter and Eliza Hall Institute of Medical Research, em Melbourne - Austrália, que viu o seu vasto trabalho na área da Bioinformática reconhecido este ano com a atribuição do prémio australiano “Prime Minister's Prizes for Science”. Entre outros, o seu contributo em vários julgamentos (como o de O. J. Simpson, por exemplo), enquanto estatístico especialista na análise de dados forenses, faz dele um dos estatísticos mais conceituados na área da Bioinformática. Tal como Terry Speed, também Simon Tavaré é um estatístico com provas dadas no mundo da Bioinformática. Professor na Universidade do Sul da Califórnia e na Universidade de Cambridge, para além de dirigir o Cancer Research UK Cambridge Institute, Simon Tavaré tem liderado vários grupos, projetos e doutoramentos em Estatística/Bioinformática. Uma carreira mais recente, mas igualmente reconhecida, tem Sandrine Dudoit, professora na Universidade da Califórnia. Aluna de doutoramento de Terry Speed em 1999, continua desde então a fazer investigação na área da Bioinformática. Autora de vários livros e publicações em revistas científicas da especialidade, é um nome que dispensa apresentação no meio da bioinformática.

Fonte: http://www.valiantsolutions.com

A comunidade estatística portuguesa teve o privilégio de ouvir Terry Speed e Simon Tavaré no “WSGP2005 – Workshop on Statistics in Genomics and Proteomics”, o primeiro workshop internacional do género realizado em Portugal, organizado pelo Centro de Estatística e Aplicações da Universidade de Lisboa, sob a responsabilidade de Antónia Turkman (DEIO-FCUL). Simon Tavaré esteve ainda presente no Follow-up Meeting do WSGP2005, no ano de 2007, em Coimbra. Estes eventos foram antecedidos por um ciclo de seminários sobre Estatística em Genética, organizado por Luísa Loura (DEIO-FCUL), os quais foram apresentados nas Universidades de Aveiro, Évora e Lisboa, em 2002. Desde então, vários encontros internacionais têm acontecido um pouco por todo o país.

Por outro lado, o século XXI tem-se pautado pelo aumento crescente de publicações científicas em Estatística/Bioinformática. Neste contexto, a FCUL oferece um mestrado em Bioinformática e Biologia Computacional com uma forte componente em Estatística. Além disso, o DEIO-FCUL possui na sua oferta educativa um mestrado em Bioestatística, que apesar de servir alunos com vários perfis, serve também aqueles que pretendem obter formação pós-graduada em Estatística para aplicar na análise de dados em Bioinformática.

Relativamente aos métodos desenvolvidos nesta área do conhecimento, estes podem ser tornados acessíveis, por exemplo, através do Bioconductor, um software livre para Bioinformática desenhado para o ambiente R e que fornece ferramentas para tratamento e análise de dados genómicos de elevada dimensão.

Os microarrays impulsionaram fortemente a geração de dados de elevadas dimensões e proporcionaram o desenvolvimento de muitos métodos estatísticos e algoritmos computacionais. Com a constante evolução tecnológica, os estatísticos deparam-se agora com um novo desafio: os dados de NGS (Next Generation Sequencing). Os dados produzidos por esta técnica revolucionária colocam à disposição dos estatísticos um vasto leque de perguntas e problemas extremamente complexos. Esta realidade, abre caminho para o desenvolvimento de novas metodologias e, assim, os estatísticos poderão ter um contributo substancial em avanços científicos e tecnológicos importantes para a sociedade, uma vez que grande parte destes estudos são na área da saúde. Num futuro próximo, estes e outros desafios serão cada vez mais demonstrativos da importância do papel desempenhado pela Estatística no campo multidisciplinar que é a Bioinformática.

Lisete Sousa, professora auxiliar do DEIO-FCUL e investigadora do CEAUL
Biblioteca com alunos

A entrada na faculdade é muito mais do que a transição para uma nova etapa académica, é o início de uma aventura no próprio desenvolvimento, onde se passa de jovem a adulto. Esta fase acarreta desafios para o próprio e nas relações com os outros, ficando este jovem adulto entre o medo e o desejo de crescer com tarefas académicas, sociais, pessoais e vocacionais para fazer face, simultaneamente.

Campus de Ciências

Dois investigadores do cE3c – Centro de Ecologia, Evolução e Alterações Ambientais receberam bolsas europeias Marie Sklodowska-Curie para desenvolver investigação nos próximos dois anos.

Concorrentes

A semifinal aconteceu a 17 de fevereiro, a final nacional a 12 de abril e a final internacional entre 5 e 10 de junho. Em Ciências foram apurados quatro finalistas, estudantes da ULisboa nos cursos de Física, Biologia, Engenharia Química e Matemática Aplicada e Computação.

Carlos Mateus Romariz Monteiro

Faleceu a 9 de fevereiro de 2018, com 97 anos, Carlos Mateus Romariz Monteiro.

Pessoa sentada junto a uma mesa

Passamos, quer no trabalho como em momentos de lazer, longos períodos sentados. Estar sentado é um descanso! Mas, será mesmo assim?

João Martins

O que fazem e o que pensam alguns membros da comunidade de Ciências? O Dictum et factum de fevereiro de 2018 é com João Martins, técnico superior do Departamento de Física de Ciências.

A cooperação (e colaboração) científica apoia-se sempre em ensinar e aprender (dar e receber), num registo de amizade e humildade, de motivação e de empolgamento. A paridade é fundamental, tal como o “foco e simplicidade”, a relevância e a utilidade (Steve Jobs).

João Carlos Marques, professor da Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade de Coimbra é o novo diretor do MARE, sucedendo no cargo Henrique Cabral, professor do Departamento de Biologia Animal de Ciências.

A iniciativa possibilita aos estudantes a recolha de informação sobre diversas áreas do saber das 18 escolas da Universidade de Lisboa.

Ciências presta homenagem a Dmitri Ivanovich Mendeleev a 8 de fevereiro de 2018, data em que se assinala o 184º aniversário do seu nascimento. Nesse dia, 118 alunos do 9.º ano do Colégio de Santa Doroteia, em Lisboa, visitam a tabela periódica existente neste campus universitário.

O artigo “The Little Ice Age in Iberian mountains” publicado em fevereiro de 2018 na Earth-Science Reviews caracteriza com maior precisão o último grande evento frio do hemisfério norte, de acordo com comunicado de imprensa emitido esta quinta-feira.
A Little Ice Age (LIA) ou a Pequena Idade do Gelo ocorreu aproximadamente entre 1300 e 1850 e afetou as comunidades dos Pirenéus. Os resultados desta investigação está a ter algum impacto em Espanha.

Pormenor da capa do livro

“Ao contrário do que aparentava no início deste projeto, foi relativamente fácil dar um ritmo de arte sequencial (banda desenhada) ao argumento.

A 2.ª edição do mestrado em Gestão e Governança Ambiental da Faculdade de Ciências da Universidade Agostinho Neto (FCUAN) deverá arrancar no último trimestre do ano letivo 2018/2019 e contará novamente com o apoio de Ciências. Na 1.ª edição 16 estudantes concluíram com sucesso os programas de estudo.

Cinquenta alunos do 4.º ano do Colégio Colibri, de Massamá, foram cientistas por um dia nos Departamentos de Biologia Animal e Biologia Vegetal.

Quando João Graça Gomes iniciou o estágio “Cenarização Sistema Elétrico 100 % Renovável em 2040”, com a duração de um ano, no Departamento Técnico da Associação Portuguesa de Energias Renováveis (APREN), sob a orientação de José Medeiros Pinto, engenheiro e secretário-geral daquela associação, quis “dar o melhor e mostrar a qualidade do ensino de engenharia na FCUL”. O ano passado foi distinguido com um dos prémios de maior destaque da engenharia nacional.

João Graça Gomes, engenheiro do Departamento Técnico da APREN e mestre em Engenharia da Energia e do Ambiente, foi galardoado com o Prémio - Melhor Estágio Nacional em Engenharia Eletrotécnica da Ordem dos Engenheiros.

Nesta fotolegenda destacamos uma passagem da entrevista com o climatologista Ricardo Trigo e que pode ser ouvida no canal YouTube e na área multimédia deste site.

Por forma a gerir a ansiedade de uma forma mais eficaz antes dos momentos de avaliação são propostas algumas estratégias que não eliminam a ameaça mas podem ajudar a lidar de um modo mais eficaz com a ansiedade.

O que fazem e o que pensam alguns membros da comunidade de Ciências? O primeiro Dictum et factum de 2018 é com Marta Daniela Santos, responsável pelo Gabinete de Comunicação do cE3c – Centro de Ecologia, Evolução e Alterações Ambientais.

Ciências será o palco de uma eliminatória regional do Famelab 2018, um dos maiores concursos internacionais de comunicação de ciência.

Ler Filosofia (através de Espinosa) permite olhar o mundo, de forma crítica e pensar em profundidade. Em Ciência, observar e refletir são indispensáveis, para caminharmos, abrindo novas linhas de pesquisa.

Vinte e três alunos estiveram na Faculdade de Ciências a estudar as bases metodológicas para a classificação sistemática de plantas. O curso inseriu-se no projeto HEI-PLADI, um programa ERASMUS + e ocorreu pela primeira vez em Portugal.

Parte do antigo bar do edifício C1 de Ciências dá agora lugar a um novo laboratório de investigação em Ecologia Evolutiva. Aqui vai ser explorado um sistema biológico composto por duas espécies de ácaro aranha, Tetranychus urticae Tetranychus ludeni, que competem por um alimento - a planta do tomate.

O livro Faça Sol ou Faça Vento reúne seis histórias infantojuvenis sobre energias renováveis. Todas elas são escritas por autores com ligação à Faculdade de Ciências da ULisboa.

Será possível ter uma pessoa dentro de um scanner e dizer-lhe para mudar a atividade de diferentes zonas do seu cérebro, com base no que estamos a observar num monitor desse mesmo scanner? Pode a Inteligência Artificial (IA) abordar e interatuar com a Neurociência, e vice-versa?

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