Opinião

Ciências ULisboa junta-se à Biodata.pt para valorizar os dados biológicos obtidos da sua investigação

Worldwide connection technology interface. Global Strategy Virtual Icon.Innovation Graphs Interface

A Biodata.pt está a recolher manifestações de interesse. Os afiliados da Faculdade podem participar

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A BioData.pt é uma associação privada sem fins lucrativos constituída por 12 organizações portuguesas, que opera a infraestrutura distribuída portuguesa de dados biológicos e o nó português ELIXIR. A BioData.pt tem como missão apoiar o sistema científico nacional através da promoção, formação técnica e apoio às melhores práticas de gestão e análise de dados, identificando necessidades e apresentando soluções nas áreas da Computação Avançada (HPC), Gestão de Dados, Bioinformática e Software.

Vivemos a era dos dados na investigação científica e muito em particular nas Ciências da Vida. Nas últimas duas décadas o volume de dados biológicos produzido disparou, graças ao desenvolvimento de técnicas laboratoriais de elevado rendimento e à explosão da Bioinformática. Perante esta elevada quantidade de dados produzida, aumentaram também as necessidades de gestão, armazenamento, partilha e análise computacional integrada, que muitas vezes ficam sem resposta adequada. Para responder a esta necessidade, a Faculdade  aderiu, como associado fundador, à Biodata.pt.

A participação da Faculdade nesta associação é de elevada importância e valor estratégico. Para além de possibilitar a participação ativa na criação de novas ferramentas para impulsionar a investigação em comunidades específicas, permite o acesso a serviços de gestão, recolha, análise e partilha de dados biológicos, promovendo o alinhamento com as políticas de dados abertos e a valorização da investigação científica. Estes benefícios serão ainda mais relevantes tendo em conta a implementação de políticas de open science da Comissão Europeia (CE), incluindo a obrigação de tornar Fair - Findable, Accessible, Interoperable and Re-usable data -  todos os dados gerados a partir da investigação financiada direta ou indiretamente pela CE. Os membros dos associados da BioData.pt podem participar nestas atividades através de três instrumentos operacionais: comunidades, plataformas e grupos de foco.

A Biodata.pt está a recolher junto dos associados manifestações de interesse . Qualquer afiliado da Ciências ULisboa pode participar nos grupos de trabalho da BioData.pt, bastando para tal expressar a sua intenção no formulário.

As comunidades reúnem especialistas de todo o país para colaborarem no desenvolvimento de normas, serviços e formação técnica em domínios específicos das Ciências da Vida, interagindo com as plataformas para garantir que os serviços computacionais desenvolvidos por estas são úteis e estão acessíveis.

As plataformas reúnem especialistas nas áreas da Computação Avançada, Gestão de Dados e Bioinformática/Biologia Computacional dedicados à definição de estratégias e desenvolvimento de serviços e formação técnica. As plataformas dão resposta às necessidades identificadas pelas comunidades.

Os grupos de foco são estruturas ágeis e multidisciplinares que reúnem as partes interessadas em torno de um determinado tema. Normalmente, são utilizados para abordar áreas de interesse emergentes e identificar linhas estratégicas nessas áreas.

Num estudo recente efetuado pela BioData.pt a nível nacional, mais de metade dos investigadores da área das Ciências da Vida e da Saúde inquiridos reportou não ter acesso a serviços ou formação em Gestão de Dados, apesar de identificar estas áreas como prioritárias. A BioData.pt disponibiliza mais de 20 ferramentas e serviços na área da análise e gestão de dados biológicos e promove o acesso a recursos do ELIXIR nesta área, podendo desempenhar um papel na facilitação da integração de dados em repositórios públicos ou na criação de repositórios próprios através de formação técnica, consultoria e apoio no uso desses serviços.

Convidamos a comunidade da Ciências ULisboa a participar ativamente nas atividades da BioData.pt, beneficiar dos seus serviços e valorizar os seus dados impulsionando a sua investigação.

Cátia Pesquita, Sofia Henriques, Vítor Sousa, Célia Miguel e Miguel Machuqueiro, cientistas Ciências ULisboa
info.ciencias@ciencias.ulisboa.pt
Vanessa Mendonça

“Este prémio simboliza não só o reconhecimento do meu trabalho, mas também de toda a equipa que nele participou”, conta Vanessa Mendonça, segunda classificada pelo Prémio de Doutoramento em Ecologia - Fundação Amadeu Dias 2020. Vanessa Mendonça concluiu o mestrado e o doutoramento na Faculdade e atualmente é investigadora do MARE.

A SPECO anunciou recentemente os vencedores do Prémio de Doutoramento em Ecologia - Fundação Amadeu Dias 2020. José Ricardo Paula é o grande vencedor desta edição e irá apresentar o seu trabalho no 19.º Encontro Nacional de Ecologia, este ano associado às cerimónias dos 25 anos da SPECO, e que se realiza em dezembro, em Ponte de Lima.

Centro de Testes

Rita Loewenstein Simões, de 23 anos, é voluntária no Centro de Testes Ciências ULisboa, na estação Mix e Real-Time PCR, desde maio passado. Para esta jovem bióloga, formada na Faculdade, este trabalho tem um significado muito simples: ajudar. E foi exatamente isso que a motivou - saber que todas as horas que disponibilizasse fariam a diferença.

Informação eletrónica de rua: Keep your distance

Ganna Rozhnova trabalha em modelação epidemiológica na UMC Utrecht, na Holanda. A antiga aluna de doutoramento em Física Estatística da Faculdade, continua a colaborar com o BioISI e é a investigadora principal de um projeto da FCiências.ID, financiado no âmbito do Apoio especial a projetos Research 4 COVID-19.

Spinophorosaurus nigerensis

Uma inovação anatómica pode ser a chave na compreensão da evolução dos dinossáurios saurópodes. Os autores deste trabalho - Daniel Vidal, Pedro Mocho, Ainara Aberasturi, José Luis Sanz e Francisco Ortega - acreditam que parte do êxito evolutivo deste grupo de animais está relacionado com alterações na cintura pélvica e que esse fator contribuiu para os converter nos animais de maior porte da Terra.

Centro de Testes

“Em cada turno processamos uma quantidade significativa de amostras e é sempre importante conseguirmos fazê-lo eficientemente, para que os resultados sejam conseguidos num curto espaço de tempo”, diz Catarina Lagoas, voluntária no Centro de Testes Ciências ULisboa.

Teclado para invisuais

“A tecnologia deve poder ser usada por todas as pessoas!”, diz Carlos Duarte, professor do Departamento de Informática, investigador do LASIGE Ciências ULisboa, e recentemente membro do World Wide Web Consortium (W3C) e da Ação COST LEAD-ME -Leading Platform for European Citizens, Industries, Academia and Policymakers in Media Accessibility.

 olho de choco

Um grupo de investigadores da Ciências ULisboa a trabalhar no Laboratório Marítimo da Guia do MARE conseguiu mostrar que chocos acabados de eclodir (até cinco dias) são capazes de ter uma aprendizagem social. O estudo publicado na  Animal Cognition tem como primeiro autor Eduardo Sampaio, estudante de doutoramento em Biologia (ramo Etologia).

ETAR de Gaia Litoral

A análise de mais de 200 amostras de águas residuais das cinco ETAR monitorizadas no âmbito do projeto COVIDETECT comprova a presença de material genético nos afluentes que chegam às ETAR e evidencia a ausência de deteção do material genético do vírus SARS-CoV-2 nos efluentes tratados.

National Cancer Institute

Investigadores do LASIGE Ciências ULisboa, INESC TEC e Universidade do Minho apresentam uma nova técnica de deduplicação de dados baseado em semelhanças e padrões encontrados nos ficheiros de sequenciação de genomas humanos e uma codificação das alterações para a recuperação desses dados.

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Sétima rubrica Radar Tec Labs, dedicada às atividades do Centro de Inovação da Faculdade. A empresa em destaque é a Keep on Care.

Computador

“O período de confinamento pode ser encarado como um primeiro grande teste à integração de renováveis no sistema elétrico, prelúdio do que se prepara com a transição energética global em curso”, escreve o cientista Miguel Centeno Brito.

Conceção artística do telescópio espacial Athena (Advanced Telescope for High-Energy Astrophysics)

“Ciências ULisboa tem vindo a aumentar a sua capacidade e a sua intervenção no desenvolvimento científico e tecnológico de alguns dos projetos mais importantes para o avanço da Astrofísica, não só nos próximos anos, mas nas próximas décadas”, diz o cientista José Afonso.

post it

Cristina Luís, investigadora do Departamento de História e Filosofia das Ciências e do Centro Interuniversitário de História das Ciências e da Tecnologia (CIUHCT), é a responsável em Portugal pelo projeto “Citizen Science as the new paradigm for Science Communication (NEWSERA)”, coordenado por Rosa Arias, fundadora da Science for Change e que visa estudar como a ciência cidadã pode mudar o paradigma da comunicação da ciência.

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Entrevista com o cientista Carlos Cordeiro, que lidera o SAFE Coating, um projeto que tem a Biomimetx e o Hospital Curry Cabral como parceiros e que em seis meses procurará implementar uma tecnologia capaz de inativar o SARS-CoV-2 em superfícies, impedindo a sua viabilidade fora do hospedeiro humano e consequentemente, eliminando uma importante via de transmissão viral.

Lusovenator, a nova espécie pertence ao grupo dos carcharodontossáurios - dinossáurios carnívoros, alguns dos maiores predadores do planeta Terra. A sua descoberta mostra que estes dinossáurios estavam presentes no hemisfério norte 20 milhões de anos antes do que indicava o registo conhecido. O estudo foi liderado por Elisabete Malafaia, investigadora do IDL, polo da Ciências ULisboa.

O Roteiro Nacional de Infraestruturas de Investigação de Interesse Estratégico (RNIE) 2020 inclui 56 infraestruturas. Ciências ULisboa coordena a CoastNet, a PORTULAN CLARIN e a RNEM, integrando ainda outras sete infraestruturas.

A fase de implementação da Rede Portuguesa de Monitorização Costeira (CoastNet) terminou recentemente, segundo comunicado de imprensa emitido pela Faculdade recentemente. A apresentação pública da CoastNet coordenada por José Lino Costa, professor do Departamento de Biologia Animal da Ciências ULisboa, acontece a 7 de julho, num evento a decorrer por videoconferência.

O projeto MarCODE visa desenvolver uma ferramenta multidisciplinar para potenciar o rastreio e a rotulagem ecológica de espécies marinhas de interesse comercial, segundo comunicado de imprensa emitido pela Faculdade. O estudo iniciado este mês de julho deverá terminar daqui a três anos.

Sexta rubrica Radar Tec Labs, dedicada às atividades do Centro de Inovação da Faculdade. A empresa em destaque é a Nevaro.

Cláudio Pina Fernandes, coordenador do GAPsi Ciências ULisboa, escreve sobre o Princípio da Incerteza e chama a atenção para alguns aspetos.

O mundo de hoje é completamente dominado pela necessidade imperiosa de saber recolher e analisar dados, escrevem os cientistas Tiago A. Marques e Soraia Pereira. Leia o artigo dedicado ao roteiro serológico nacional, uma iniciativa promovida pelo Instituto Gulbenkian de Ciência e que conta com a colaboração do Centro de Estatística e Aplicações da Universidade de Lisboa, da autoria destes investigadores.

Ciências ULisboa volta a participar com equipas de estudantes no Global Management Challenge (GMC). No passado dia 16 de junho começou a 1ª fase do GMC 2020, que conta com quatro equipas desta faculdade compostas por alunos dos mestrados integrados em Engenharia Biomédica e Biofísica, em Engenharia da Energia e do Ambiente e em Engenharia Física, assim como alunos das licenciaturas em Matemática Aplicada e Tecnologias de Informação.

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Cerca de 194 milhões de aves e 29 milhões de mamíferos podem ser atropelados por ano nas estradas europeias, de acordo com a estimativa de uma equipa internacional de investigadores liderada por Clara Grilo, investigadora do Centro de Estudos do Ambiente e do Mar (CESAM), polo da Ciências ULisboa, com sede na Universidade de Aveiro. Os resultados estão publicados na revista científica Frontiers in Ecology and Environment.

“A História do Pi em hipervídeo” está na Internet e pode ser consultada por todos e em toda a parte. O hipervídeo integra de forma estruturada e interativa vídeo e outros tipos de informação, nomeadamente, textos, imagens, áudio e animações. Saiba mais sobre este projeto lendo a entrevista com as professoras Suzana Nápoles e Teresa Chambel.

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