Opinião

A importância da Estatística na Bioinformática

Lisete Sousa
DEIO-FCUL

A Estatística atua em diversas áreas do conhecimento, sendo a Bioinformática uma das áreas de aplicação mais recentes.

Na realidade, o papel da Estatística na Bioinformática vai além de uma mera intervenção. Trata-se de um pilar indissociável da Bioinformática! A Estatística tem vindo a conquistar o seu espaço nesta nova área, tornando-se uma componente essencial de mérito reconhecido. Mas o que é a Bioinformática e como tem a Estatística vindo a ocupar paulatinamente uma posição de destaque?

Os crescentes avanços em Bioinformática são consequência da obtenção massiva de dados biomédicos e biológicos. Essa explosão de dados deu-se sobretudo a partir dos anos 90, nomeadamente, com os avanços na tecnologia de sequenciação de ADN e de proteínas. O acesso a grandes quantidades de dados, impulsionou o desenvolvimento de novos programas e metodologias que permitem recolhê-los, organizá-los e analisá-los, de forma a extrair toda a informação possível. Estas ferramentas, cujo perfil abrange várias áreas do conhecimento, entre as quais, a Biologia, a Estatística, a Informática, a Bioquímica e a Matemática, formam a base da disciplina de Bioinformática. Assim, pode-se dizer que a Bioinformática resulta da interdisciplinaridade entre várias ciências.

Um estatístico que se dedica a estudos na área da Bioinformática tem que ter a capacidade de utilizar as mais diversas metodologias estatísticas, para além de adquirir conhecimentos biológicos e computacionais. Muitas vezes, são metodologias recentes ou até mesmo metodologias que não utiliza frequentemente e que, por isso, implicam um estudo aprofundado. Por vezes, os dados têm uma natureza tão complexa que nem sequer há métodos estatísticos adequados para proceder à sua análise. Cria-se aqui uma janela de oportunidade para avanços na investigação e na produção científica na área da Estatística. O contributo da Estatística tem sido relevante em problemas tão distintos como, a identificação de genes com expressão diferencial sob duas (ou mais) condições experimentais diferentes, a identificação de grupos de proteínas que se relacionam (clusters), a classificação de indivíduos em vários tipos de determinado cancro, etc..

Um pouco por todo o mundo há cada vez mais estatísticos a trabalharem exclusivamente em Bioinformática. Um dos pioneiros foi Terry Speed, presidente da Divisão de Bioinformática, do Walter and Eliza Hall Institute of Medical Research, em Melbourne - Austrália, que viu o seu vasto trabalho na área da Bioinformática reconhecido este ano com a atribuição do prémio australiano “Prime Minister's Prizes for Science”. Entre outros, o seu contributo em vários julgamentos (como o de O. J. Simpson, por exemplo), enquanto estatístico especialista na análise de dados forenses, faz dele um dos estatísticos mais conceituados na área da Bioinformática. Tal como Terry Speed, também Simon Tavaré é um estatístico com provas dadas no mundo da Bioinformática. Professor na Universidade do Sul da Califórnia e na Universidade de Cambridge, para além de dirigir o Cancer Research UK Cambridge Institute, Simon Tavaré tem liderado vários grupos, projetos e doutoramentos em Estatística/Bioinformática. Uma carreira mais recente, mas igualmente reconhecida, tem Sandrine Dudoit, professora na Universidade da Califórnia. Aluna de doutoramento de Terry Speed em 1999, continua desde então a fazer investigação na área da Bioinformática. Autora de vários livros e publicações em revistas científicas da especialidade, é um nome que dispensa apresentação no meio da bioinformática.

Fonte: http://www.valiantsolutions.com

A comunidade estatística portuguesa teve o privilégio de ouvir Terry Speed e Simon Tavaré no “WSGP2005 – Workshop on Statistics in Genomics and Proteomics”, o primeiro workshop internacional do género realizado em Portugal, organizado pelo Centro de Estatística e Aplicações da Universidade de Lisboa, sob a responsabilidade de Antónia Turkman (DEIO-FCUL). Simon Tavaré esteve ainda presente no Follow-up Meeting do WSGP2005, no ano de 2007, em Coimbra. Estes eventos foram antecedidos por um ciclo de seminários sobre Estatística em Genética, organizado por Luísa Loura (DEIO-FCUL), os quais foram apresentados nas Universidades de Aveiro, Évora e Lisboa, em 2002. Desde então, vários encontros internacionais têm acontecido um pouco por todo o país.

Por outro lado, o século XXI tem-se pautado pelo aumento crescente de publicações científicas em Estatística/Bioinformática. Neste contexto, a FCUL oferece um mestrado em Bioinformática e Biologia Computacional com uma forte componente em Estatística. Além disso, o DEIO-FCUL possui na sua oferta educativa um mestrado em Bioestatística, que apesar de servir alunos com vários perfis, serve também aqueles que pretendem obter formação pós-graduada em Estatística para aplicar na análise de dados em Bioinformática.

Relativamente aos métodos desenvolvidos nesta área do conhecimento, estes podem ser tornados acessíveis, por exemplo, através do Bioconductor, um software livre para Bioinformática desenhado para o ambiente R e que fornece ferramentas para tratamento e análise de dados genómicos de elevada dimensão.

Os microarrays impulsionaram fortemente a geração de dados de elevadas dimensões e proporcionaram o desenvolvimento de muitos métodos estatísticos e algoritmos computacionais. Com a constante evolução tecnológica, os estatísticos deparam-se agora com um novo desafio: os dados de NGS (Next Generation Sequencing). Os dados produzidos por esta técnica revolucionária colocam à disposição dos estatísticos um vasto leque de perguntas e problemas extremamente complexos. Esta realidade, abre caminho para o desenvolvimento de novas metodologias e, assim, os estatísticos poderão ter um contributo substancial em avanços científicos e tecnológicos importantes para a sociedade, uma vez que grande parte destes estudos são na área da saúde. Num futuro próximo, estes e outros desafios serão cada vez mais demonstrativos da importância do papel desempenhado pela Estatística no campo multidisciplinar que é a Bioinformática.

Lisete Sousa, professora auxiliar do DEIO-FCUL e investigadora do CEAUL
Ciências em Movimento - Laboratório Biologia Animal

“Não conhecia a Faculdade e estou a gostar. Nunca tinha aberto um peixe! Acho que é importante fazer parte deste tipo de iniciativas para que quem queira seguir [a área das ciências], tenha contacto com a realidade antes de fazer a sua escolha”, declarou Alexandra Monteiro, aluna do 12.º ano de Biologia da Escola Secundária Dona Filipa de Lencastre.

O Departamento de Estatística e Investigação Operacional apresenta uma oferta de emprego.

O artigo científico com o título "Chord-based Correction for Multitouch Braille Input" recebeu o prémio de Melhor Artigo Científico na Conferência CHI 2014.

O Prof. Nuno Neves é o novo prof. Associado com Agregação do Departamento de Informática da FCUL.

Henrique Leitão

Quem cultiva a terra sabe que os pepinos devem ser podados, para que possam crescer sem rama e com um gosto agradável. Quem trabalha com as comunidades do pré-escolar e dos ensinos básico e secundário deve ter cuidados semelhantes aos dos agricultores. Despertar o gosto pelas ciências, seja em que contexto for, é sempre uma boa prática.

Imagem de ULisboa

No dia em que a VicenTuna festeja os seus 20 anos, a Universidade de Lisboa realiza a sessão de abertura do ano académico 2013/2014.
 

Mediterranean water eddies in the Atlantic (Meddies) are long-living intermediate water eddies spreading long distances across the Atlantic ocean at the depths of about 1000m.

logotipo nielsen

A Nielsen é líder em Estudos de Mercado a nível mundial e Portugal.

To the attention of reviewing panels: On the recent policy of FCT of using ORCIDSCOPUS to assess individual and research units’ bibliographic productivity and impact.

 

A M Galopim  de Carvalho

Para os que tiveram o privilégio de lidar com ele, o Catarino, na gíria dos alunos, ou o Mangas, para os amigos mais chegados, é uma mistura alegre e contagiante de sabedoria, humanidade e simpatia.

Os alunos Afonso M Cardoso, Noa Estes, João Jorge e António Relógio criaram sob a orientação do professor João Serra um protótipo de um sistema de seguimento solar passivo, com o objetivo de aumentar a exposição solar de painéis solares.

Rafael Soledade

Segundo o orientador da Accenture o aluno da FCUL contribuiu decisivamente para a abertura de um nicho de mercado, permitindo a exportação de tecnologia para um cliente estadual norte-americano, materializada num contrato de mais de 40 milhões de dólares.

A AdvanceCare pretende recrutar um Analista de Informação de Gestão.

Estátua de José Pinto Peixoto por Laranjeira Santos

O processo de audição pública aos candidatos ao cargo de diretor da FCUL deverá terminar a 24 de fevereiro. Dois dias depois, o Conselho de Escola deverá eleger o diretor para os próximos quatro anos.

Joana Casimiro - Coruna

“Tanto a coordenadora Erasmus, como o Gabinete de Mobilidade, Estágios e Inserção Profissional e todos os alunos que já realizaram Erasmus são uma excelente fonte de informação e estão dispostos a esclarecer todas as dúvidas que tenham”, declara a aluna da FCUL, Joana Casimiro.


Paula Estrócio e Sousa

O Laboratório Nacional de Engenharia Civil abriu um concurso para atribuir uma bolsa de Investigação (BI) para mestre, no âmbito do Projeto PAC:MAN – Sistema de Gestão do Risco de Acide

Cartaz da iniciativa

Estão de volta os Diálogos com Formas & Fórmulas.

"Portugal vive um momento mau mas que pode vir a ser o melhor que lhe aconteceu, compete-nos a nós gerações mais jovens virar as dificuldades a nosso favor. Como? Buscando em outras sociedades o que se faz de melhor e aplicando-o no nosso país. Não é fácil, mas Roma não se fez num dia", declarou o aluno da FCUL, Pedro Mendes Pereira.

Pedro Rosa

Os regulamentos publicados no âmbito desta temática são de aplicação transversal à FCUL, independentemente do serviço que os gerir e estão em vigor desde 1 de janeiro de 2014.

Ciências em Movimento - 10 a 14 de fevereiro

“Ordem e Caos”, “Matéria e Energia”, “Mar e Atmosfera”, “Riscos e Catástrofes” e “Tecnologia e Sustentabilidade” são as temáticas abordadas em cada dia desta semana onde “diferentes áreas científicas ‘conversam’ entre si e com os visitantes”, anunciam os promotores da atividade de entrada livre, mas sujeita a inscrição.

A Bial, grupo internacional da indústria farmacêutica, procura candidato com grau de Mestre em Bioestatística ou em área similar, com 3 a 5 anos de experiência.

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