Opinião

A importância da Estatística na Bioinformática

Lisete Sousa
DEIO-FCUL

A Estatística atua em diversas áreas do conhecimento, sendo a Bioinformática uma das áreas de aplicação mais recentes.

Na realidade, o papel da Estatística na Bioinformática vai além de uma mera intervenção. Trata-se de um pilar indissociável da Bioinformática! A Estatística tem vindo a conquistar o seu espaço nesta nova área, tornando-se uma componente essencial de mérito reconhecido. Mas o que é a Bioinformática e como tem a Estatística vindo a ocupar paulatinamente uma posição de destaque?

Os crescentes avanços em Bioinformática são consequência da obtenção massiva de dados biomédicos e biológicos. Essa explosão de dados deu-se sobretudo a partir dos anos 90, nomeadamente, com os avanços na tecnologia de sequenciação de ADN e de proteínas. O acesso a grandes quantidades de dados, impulsionou o desenvolvimento de novos programas e metodologias que permitem recolhê-los, organizá-los e analisá-los, de forma a extrair toda a informação possível. Estas ferramentas, cujo perfil abrange várias áreas do conhecimento, entre as quais, a Biologia, a Estatística, a Informática, a Bioquímica e a Matemática, formam a base da disciplina de Bioinformática. Assim, pode-se dizer que a Bioinformática resulta da interdisciplinaridade entre várias ciências.

Um estatístico que se dedica a estudos na área da Bioinformática tem que ter a capacidade de utilizar as mais diversas metodologias estatísticas, para além de adquirir conhecimentos biológicos e computacionais. Muitas vezes, são metodologias recentes ou até mesmo metodologias que não utiliza frequentemente e que, por isso, implicam um estudo aprofundado. Por vezes, os dados têm uma natureza tão complexa que nem sequer há métodos estatísticos adequados para proceder à sua análise. Cria-se aqui uma janela de oportunidade para avanços na investigação e na produção científica na área da Estatística. O contributo da Estatística tem sido relevante em problemas tão distintos como, a identificação de genes com expressão diferencial sob duas (ou mais) condições experimentais diferentes, a identificação de grupos de proteínas que se relacionam (clusters), a classificação de indivíduos em vários tipos de determinado cancro, etc..

Um pouco por todo o mundo há cada vez mais estatísticos a trabalharem exclusivamente em Bioinformática. Um dos pioneiros foi Terry Speed, presidente da Divisão de Bioinformática, do Walter and Eliza Hall Institute of Medical Research, em Melbourne - Austrália, que viu o seu vasto trabalho na área da Bioinformática reconhecido este ano com a atribuição do prémio australiano “Prime Minister's Prizes for Science”. Entre outros, o seu contributo em vários julgamentos (como o de O. J. Simpson, por exemplo), enquanto estatístico especialista na análise de dados forenses, faz dele um dos estatísticos mais conceituados na área da Bioinformática. Tal como Terry Speed, também Simon Tavaré é um estatístico com provas dadas no mundo da Bioinformática. Professor na Universidade do Sul da Califórnia e na Universidade de Cambridge, para além de dirigir o Cancer Research UK Cambridge Institute, Simon Tavaré tem liderado vários grupos, projetos e doutoramentos em Estatística/Bioinformática. Uma carreira mais recente, mas igualmente reconhecida, tem Sandrine Dudoit, professora na Universidade da Califórnia. Aluna de doutoramento de Terry Speed em 1999, continua desde então a fazer investigação na área da Bioinformática. Autora de vários livros e publicações em revistas científicas da especialidade, é um nome que dispensa apresentação no meio da bioinformática.

Fonte: http://www.valiantsolutions.com

A comunidade estatística portuguesa teve o privilégio de ouvir Terry Speed e Simon Tavaré no “WSGP2005 – Workshop on Statistics in Genomics and Proteomics”, o primeiro workshop internacional do género realizado em Portugal, organizado pelo Centro de Estatística e Aplicações da Universidade de Lisboa, sob a responsabilidade de Antónia Turkman (DEIO-FCUL). Simon Tavaré esteve ainda presente no Follow-up Meeting do WSGP2005, no ano de 2007, em Coimbra. Estes eventos foram antecedidos por um ciclo de seminários sobre Estatística em Genética, organizado por Luísa Loura (DEIO-FCUL), os quais foram apresentados nas Universidades de Aveiro, Évora e Lisboa, em 2002. Desde então, vários encontros internacionais têm acontecido um pouco por todo o país.

Por outro lado, o século XXI tem-se pautado pelo aumento crescente de publicações científicas em Estatística/Bioinformática. Neste contexto, a FCUL oferece um mestrado em Bioinformática e Biologia Computacional com uma forte componente em Estatística. Além disso, o DEIO-FCUL possui na sua oferta educativa um mestrado em Bioestatística, que apesar de servir alunos com vários perfis, serve também aqueles que pretendem obter formação pós-graduada em Estatística para aplicar na análise de dados em Bioinformática.

Relativamente aos métodos desenvolvidos nesta área do conhecimento, estes podem ser tornados acessíveis, por exemplo, através do Bioconductor, um software livre para Bioinformática desenhado para o ambiente R e que fornece ferramentas para tratamento e análise de dados genómicos de elevada dimensão.

Os microarrays impulsionaram fortemente a geração de dados de elevadas dimensões e proporcionaram o desenvolvimento de muitos métodos estatísticos e algoritmos computacionais. Com a constante evolução tecnológica, os estatísticos deparam-se agora com um novo desafio: os dados de NGS (Next Generation Sequencing). Os dados produzidos por esta técnica revolucionária colocam à disposição dos estatísticos um vasto leque de perguntas e problemas extremamente complexos. Esta realidade, abre caminho para o desenvolvimento de novas metodologias e, assim, os estatísticos poderão ter um contributo substancial em avanços científicos e tecnológicos importantes para a sociedade, uma vez que grande parte destes estudos são na área da saúde. Num futuro próximo, estes e outros desafios serão cada vez mais demonstrativos da importância do papel desempenhado pela Estatística no campo multidisciplinar que é a Bioinformática.

Lisete Sousa, professora auxiliar do DEIO-FCUL e investigadora do CEAUL
Logotipos

A app teve origem no projeto QREN World Search, no qual participam Carlos Teixeira e Ana Luísa Respício, professores do Departamento de Informática da FCUL, bem como Ivo Madruga, ex. aluno do DI e Bernardo Santos, que é aluno do DI.

Imagem editada pelo DI

O projeto "Lusica - Artistas musicais lusófonos", desenvolvido pelos alunos de mestrado do Departamento de Informática de Ciências -  Carlos Barata, Farah Mussa, Gabriel Marques, Mónica Abreu e Rafael Oliveira - , no âmbito das di

Campus Solar de Ciências já tem uma página online! Quantos são os que passam todos os dias por ele e não sabem o que é?…

Energias renováveis

O Departamento de Engenharia Geográfica, Geofísica e Energia organiza a 27 de março, entre as 12h00 e as 13h00, na sala 8.2.47, no campus de Ciências, o seminário "Energias fósseis, o que temos e para onde vamos", proferido por Nuno Pimentel, docente do Departamento de Geologia de Ciências e investigador do Centro de Geologia da Universidade de Lisboa, desde 1989.

Ensino da Paleontologia: Novas abordagens

Candidaturas online abertas até 31 de Março!

No Dia do Patrono da Escola Secundária Stuart Carvalhais, Ciências participou nas atividades científicas da instituição com a presença de elementos dos Departamentos de Física e de Química e Bioquímica.

Pode a eficiência energética induzir práticas que levam a um aumento do consumo de energia por parte das famílias?

Henrique Costa

Henrique Regateiro Machado e Costa faleceu no passado dia 14 de Fevereiro.

Secção Autonoma de História e Filosofia das Ciências da FCUL

Hasok Chang, Prémio Fernando Gil

A RIGC – Rede de Informação da Indústria do Grande Consumo, empresa de consultores especializada na realização de trabalhos de consultoria n

Consulte as ofertas de emprego do Departamento de Estatística e Investigação Operacional.

A empresa Grupo Actuarial oferece estágios remunerados na área da Estatística/Probabilidades ou Matemática.

Para mais informações consultar:

RIGC – Rede de Informação da Indústria do Grande Consumo, empresa de consultores especializada na realização de trabalhos de consultoria na área de do Grande Consumo procura Analista de Dados Júnior(m/f).

Maksen é uma multinacional organizada em unidades de negócios, a fim de prestar serviços de consultoria em estratégia e redes de negócios, sistemas de informação, engenharia e comunicação e neste momento procura

Das 121 candidaturas admitidas para avaliação no âmbito do concurso para a criação do Rnie, somente 54 foram recomendadas a integrar o roteiro, dez delas incluem a presença de Ciências, sendo que cinco são lideradas por investigadores da faculdade.

Maria Helena Florêncio, Jorge Miguel Miranda, Henrique Cabral e António Branco apresentam infraestruturas de investigação de interesse estratégico para Portugal.

Gonçalo Costa Gomes Amaral

"Não se deve deixar que a sua memória seja esquecida, pois é através de tudo o que ele passou e viveu entre nós que vai continuar a viver e a iluminar tudo aquilo que fizermos", declararam em comunicado a AEFCL e o Conselho de Veteranos de Biologia.

A empresa Grupo Actuarial oferece estágios remunerados na área da Estatística/Probabilidades ou Matemática.

Mapa

A recomendação de inclusão da Clarin Portugal no Roteiro Nacional de Infraestruturas de Investigação de Interesse Estratégico (Rnie) representa um passo da maior importância para a internacionalização da língua portuguesa e para a sua preparação para a era digital. 

O Seminário Diagonal realiza-se dia 17 de março, pelas 18h00, na FCUL, no anfiteatro 6.2.53.

Henrique Cabral

Investigadores de seis universidades portuguesas criam novo centro de investigação em ciências marinhas: o Mare.

Candidaturas decorrem até 21 de março de 2014.

Após as audiências pública e privada dos candidatos a diretor, o Conselho de Escola elegeu com maioria absoluta, no dia 26 de fevereiro, a candidatura do professor do Departamento de Química e Bioquímica, frisando na ocasião “o empenho de ambos os candidatos no enriquecimento da discussão e definição dos problemas e desafios que a FCUL enfrenta”.

Jornadas e-Planning

“O objetivo das jornadas é refletir e debater as grandes prioridades e desafios societais que enfrentamos”, diz Pedro Ferraz de Abreu, dinamizador da iniciativa.

Páginas