Opinião

A importância da Estatística na Bioinformática

Lisete Sousa
DEIO-FCUL

A Estatística atua em diversas áreas do conhecimento, sendo a Bioinformática uma das áreas de aplicação mais recentes.

Na realidade, o papel da Estatística na Bioinformática vai além de uma mera intervenção. Trata-se de um pilar indissociável da Bioinformática! A Estatística tem vindo a conquistar o seu espaço nesta nova área, tornando-se uma componente essencial de mérito reconhecido. Mas o que é a Bioinformática e como tem a Estatística vindo a ocupar paulatinamente uma posição de destaque?

Os crescentes avanços em Bioinformática são consequência da obtenção massiva de dados biomédicos e biológicos. Essa explosão de dados deu-se sobretudo a partir dos anos 90, nomeadamente, com os avanços na tecnologia de sequenciação de ADN e de proteínas. O acesso a grandes quantidades de dados, impulsionou o desenvolvimento de novos programas e metodologias que permitem recolhê-los, organizá-los e analisá-los, de forma a extrair toda a informação possível. Estas ferramentas, cujo perfil abrange várias áreas do conhecimento, entre as quais, a Biologia, a Estatística, a Informática, a Bioquímica e a Matemática, formam a base da disciplina de Bioinformática. Assim, pode-se dizer que a Bioinformática resulta da interdisciplinaridade entre várias ciências.

Um estatístico que se dedica a estudos na área da Bioinformática tem que ter a capacidade de utilizar as mais diversas metodologias estatísticas, para além de adquirir conhecimentos biológicos e computacionais. Muitas vezes, são metodologias recentes ou até mesmo metodologias que não utiliza frequentemente e que, por isso, implicam um estudo aprofundado. Por vezes, os dados têm uma natureza tão complexa que nem sequer há métodos estatísticos adequados para proceder à sua análise. Cria-se aqui uma janela de oportunidade para avanços na investigação e na produção científica na área da Estatística. O contributo da Estatística tem sido relevante em problemas tão distintos como, a identificação de genes com expressão diferencial sob duas (ou mais) condições experimentais diferentes, a identificação de grupos de proteínas que se relacionam (clusters), a classificação de indivíduos em vários tipos de determinado cancro, etc..

Um pouco por todo o mundo há cada vez mais estatísticos a trabalharem exclusivamente em Bioinformática. Um dos pioneiros foi Terry Speed, presidente da Divisão de Bioinformática, do Walter and Eliza Hall Institute of Medical Research, em Melbourne - Austrália, que viu o seu vasto trabalho na área da Bioinformática reconhecido este ano com a atribuição do prémio australiano “Prime Minister's Prizes for Science”. Entre outros, o seu contributo em vários julgamentos (como o de O. J. Simpson, por exemplo), enquanto estatístico especialista na análise de dados forenses, faz dele um dos estatísticos mais conceituados na área da Bioinformática. Tal como Terry Speed, também Simon Tavaré é um estatístico com provas dadas no mundo da Bioinformática. Professor na Universidade do Sul da Califórnia e na Universidade de Cambridge, para além de dirigir o Cancer Research UK Cambridge Institute, Simon Tavaré tem liderado vários grupos, projetos e doutoramentos em Estatística/Bioinformática. Uma carreira mais recente, mas igualmente reconhecida, tem Sandrine Dudoit, professora na Universidade da Califórnia. Aluna de doutoramento de Terry Speed em 1999, continua desde então a fazer investigação na área da Bioinformática. Autora de vários livros e publicações em revistas científicas da especialidade, é um nome que dispensa apresentação no meio da bioinformática.

Fonte: http://www.valiantsolutions.com

A comunidade estatística portuguesa teve o privilégio de ouvir Terry Speed e Simon Tavaré no “WSGP2005 – Workshop on Statistics in Genomics and Proteomics”, o primeiro workshop internacional do género realizado em Portugal, organizado pelo Centro de Estatística e Aplicações da Universidade de Lisboa, sob a responsabilidade de Antónia Turkman (DEIO-FCUL). Simon Tavaré esteve ainda presente no Follow-up Meeting do WSGP2005, no ano de 2007, em Coimbra. Estes eventos foram antecedidos por um ciclo de seminários sobre Estatística em Genética, organizado por Luísa Loura (DEIO-FCUL), os quais foram apresentados nas Universidades de Aveiro, Évora e Lisboa, em 2002. Desde então, vários encontros internacionais têm acontecido um pouco por todo o país.

Por outro lado, o século XXI tem-se pautado pelo aumento crescente de publicações científicas em Estatística/Bioinformática. Neste contexto, a FCUL oferece um mestrado em Bioinformática e Biologia Computacional com uma forte componente em Estatística. Além disso, o DEIO-FCUL possui na sua oferta educativa um mestrado em Bioestatística, que apesar de servir alunos com vários perfis, serve também aqueles que pretendem obter formação pós-graduada em Estatística para aplicar na análise de dados em Bioinformática.

Relativamente aos métodos desenvolvidos nesta área do conhecimento, estes podem ser tornados acessíveis, por exemplo, através do Bioconductor, um software livre para Bioinformática desenhado para o ambiente R e que fornece ferramentas para tratamento e análise de dados genómicos de elevada dimensão.

Os microarrays impulsionaram fortemente a geração de dados de elevadas dimensões e proporcionaram o desenvolvimento de muitos métodos estatísticos e algoritmos computacionais. Com a constante evolução tecnológica, os estatísticos deparam-se agora com um novo desafio: os dados de NGS (Next Generation Sequencing). Os dados produzidos por esta técnica revolucionária colocam à disposição dos estatísticos um vasto leque de perguntas e problemas extremamente complexos. Esta realidade, abre caminho para o desenvolvimento de novas metodologias e, assim, os estatísticos poderão ter um contributo substancial em avanços científicos e tecnológicos importantes para a sociedade, uma vez que grande parte destes estudos são na área da saúde. Num futuro próximo, estes e outros desafios serão cada vez mais demonstrativos da importância do papel desempenhado pela Estatística no campo multidisciplinar que é a Bioinformática.

Lisete Sousa, professora auxiliar do DEIO-FCUL e investigadora do CEAUL

Encontram-se abertas candidaturas para estágios internacionais remunerados do Programa Inov Contacto, com uma duração de seis a nove meses, para 

Encontra-se aberto concurso para admissão de candidatos, de ambos os sexos, com destino ao Curso de Formação de Oficiais do Regime de Contrato da Força Aérea.
 

“Ter a oportunidade de vestir estas batas é com certeza mais giro do que estar em casa sentado em frente à televisão. Estamos a fazer coisas que não fazemos no dia a dia. Por isso, esta é uma oportunidade única. Estamos a aproveitar o nosso tempo da melhor maneira”, comentou Ricardo Santos, aluno do 11.º ano da Escola Secundária António Damásio.

Está disponível a edição de 2014 do Journal Citation Reports (dados de 2013).

COST

Participação no programa COST a partir de 3 Julho de 2014.

FA1403: Interindividual variation in response to consumption of plant foods bioactives and determinants involved.

IMSF

A decorrer de 24-29 de Agosto na Suíça.

Consulte o evento em http://www.imsc2014.ch/

Encontram-se abertas candidaturas para 77 estágios profissionais para o grupo Portucel Soporcel, com a duração máxima de 12 meses, remunerados com uma bolsa de est&aac

A Companhia de Seguros Generali , procura Actuário Júnior para integrar na sua equipa.

Pela primeira vez o Departamento de Matemática de Ciências realiza ações de formação parcialmente à distância.

Príncipe de Girona

O objetivo do meu trabalho é entender alguns dos processos moleculares e celulares que ocorrem durante o desenvolvimento de novos vasos sanguíneos”, explicou o antigo aluno de Ciências.

Príncipe Girona - Rui Benetido

Rui Benedito já trabalhou com estudantes de Biologia vindos de Portugal, Espanha, Inglaterra e Alemanha, a avaliação que faz é a de que “os estudantes saem muito bem preparados da FCUL. Os alunos de Ciências portugueses são muito apreciados no estrangeiro”. Por isso, deixa o convite: “tenho posições disponíveis no meu laboratório para estudantes portugueses!”.

Candidatura GeoFCUL ao X CNG 2018

O Departamento de Geologia da Faculdade de Ciências da ULisboa organizou a segunda sessão do CNG, em 1986, e candidatou-se a organizar o X CNG em 2018, durante o IX Congresso Nacional de Geologia, que decorreu em julho no Porto.

Cinquenta e cinco jovens experimentam a realidade da investigação científica na Faculdade de Ciências da ULisboa. O desafio começa esta segunda-feira, dia 21 de julho e prolonga-se até quinta-feira, dia 24.

Biologia 2014/2015

Para Ana Rita Ruivo, do 12.º ano da Escola Secundária Quinta do Marquês, passar alguns dias do seu verão em Ciências foi importante porque a ajudou a “clarificar que [assuntos] correspondem aos [diferentes] cursos” e também porque lhe permitiu “[ter contacto com] experiências que nunca tinha feito”.

António Branco, professor do Departamento de Informática de Ciências, é o coordenador do QTLeap, um projeto europeu de investigação para a tradução automática.

“É a primeira vez que tenho contacto com este ambiente. Gosto de programação e o curso que quero seguir é Engenharia Informática. Aqui, vou ganhar alguns conhecimentos”, referiu o aluno do 11.º ano da Escola Secundária da Amadora, Miguel Almeida, um dos participantes do FCUL Rally Pro.

Coleção de culturas

Este é um exemplo de como as coleções biológicas, enquanto infraestruturas científicas, podem ser instrumentais para o avanço da ciência e no potenciar e estreitar de parcerias transversais.

 A Exigo Consultores, empresa de consultoria em actividade desde 2001, focada na consultoria para o sector de saúde, principalmente a consultoria em economia da saúde, epidemiologia, análise matemática e estatística, procura

Parabéns ao aluno Pedro Lencastre, da edição de 2012/2013 do mestrado em Matemática Financeira da Faculdade de Ciências da ULisboa e do ISCTE-IUL, que ganhou uma bolsa da Global Association of Risk Professionals (GARP) para a elaboração da sua tese de mestrado na área de riscos financeiros.

alumna de Ciências e investigadora da ULisboa, galardoada este ano com o Portuguese Young Chemists Award, procura descobrir um fármaco que venha a ser útil à sociedade.

No âmbito de uma parceria estabelecida entre a Faculdade de Ciências da Universidade Agostinho Neto (FCUAN) e a Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa (FCUL), teve início em abril de 2014 o Mestrado em Microbiologia Aplicada da FCUAN

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A segunda edição do FCUL Rally Pro realizou-se na tarde de 2 de julho.

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