Opinião

A importância da Estatística na Bioinformática

Lisete Sousa
DEIO-FCUL

A Estatística atua em diversas áreas do conhecimento, sendo a Bioinformática uma das áreas de aplicação mais recentes.

Na realidade, o papel da Estatística na Bioinformática vai além de uma mera intervenção. Trata-se de um pilar indissociável da Bioinformática! A Estatística tem vindo a conquistar o seu espaço nesta nova área, tornando-se uma componente essencial de mérito reconhecido. Mas o que é a Bioinformática e como tem a Estatística vindo a ocupar paulatinamente uma posição de destaque?

Os crescentes avanços em Bioinformática são consequência da obtenção massiva de dados biomédicos e biológicos. Essa explosão de dados deu-se sobretudo a partir dos anos 90, nomeadamente, com os avanços na tecnologia de sequenciação de ADN e de proteínas. O acesso a grandes quantidades de dados, impulsionou o desenvolvimento de novos programas e metodologias que permitem recolhê-los, organizá-los e analisá-los, de forma a extrair toda a informação possível. Estas ferramentas, cujo perfil abrange várias áreas do conhecimento, entre as quais, a Biologia, a Estatística, a Informática, a Bioquímica e a Matemática, formam a base da disciplina de Bioinformática. Assim, pode-se dizer que a Bioinformática resulta da interdisciplinaridade entre várias ciências.

Um estatístico que se dedica a estudos na área da Bioinformática tem que ter a capacidade de utilizar as mais diversas metodologias estatísticas, para além de adquirir conhecimentos biológicos e computacionais. Muitas vezes, são metodologias recentes ou até mesmo metodologias que não utiliza frequentemente e que, por isso, implicam um estudo aprofundado. Por vezes, os dados têm uma natureza tão complexa que nem sequer há métodos estatísticos adequados para proceder à sua análise. Cria-se aqui uma janela de oportunidade para avanços na investigação e na produção científica na área da Estatística. O contributo da Estatística tem sido relevante em problemas tão distintos como, a identificação de genes com expressão diferencial sob duas (ou mais) condições experimentais diferentes, a identificação de grupos de proteínas que se relacionam (clusters), a classificação de indivíduos em vários tipos de determinado cancro, etc..

Um pouco por todo o mundo há cada vez mais estatísticos a trabalharem exclusivamente em Bioinformática. Um dos pioneiros foi Terry Speed, presidente da Divisão de Bioinformática, do Walter and Eliza Hall Institute of Medical Research, em Melbourne - Austrália, que viu o seu vasto trabalho na área da Bioinformática reconhecido este ano com a atribuição do prémio australiano “Prime Minister's Prizes for Science”. Entre outros, o seu contributo em vários julgamentos (como o de O. J. Simpson, por exemplo), enquanto estatístico especialista na análise de dados forenses, faz dele um dos estatísticos mais conceituados na área da Bioinformática. Tal como Terry Speed, também Simon Tavaré é um estatístico com provas dadas no mundo da Bioinformática. Professor na Universidade do Sul da Califórnia e na Universidade de Cambridge, para além de dirigir o Cancer Research UK Cambridge Institute, Simon Tavaré tem liderado vários grupos, projetos e doutoramentos em Estatística/Bioinformática. Uma carreira mais recente, mas igualmente reconhecida, tem Sandrine Dudoit, professora na Universidade da Califórnia. Aluna de doutoramento de Terry Speed em 1999, continua desde então a fazer investigação na área da Bioinformática. Autora de vários livros e publicações em revistas científicas da especialidade, é um nome que dispensa apresentação no meio da bioinformática.

Fonte: http://www.valiantsolutions.com

A comunidade estatística portuguesa teve o privilégio de ouvir Terry Speed e Simon Tavaré no “WSGP2005 – Workshop on Statistics in Genomics and Proteomics”, o primeiro workshop internacional do género realizado em Portugal, organizado pelo Centro de Estatística e Aplicações da Universidade de Lisboa, sob a responsabilidade de Antónia Turkman (DEIO-FCUL). Simon Tavaré esteve ainda presente no Follow-up Meeting do WSGP2005, no ano de 2007, em Coimbra. Estes eventos foram antecedidos por um ciclo de seminários sobre Estatística em Genética, organizado por Luísa Loura (DEIO-FCUL), os quais foram apresentados nas Universidades de Aveiro, Évora e Lisboa, em 2002. Desde então, vários encontros internacionais têm acontecido um pouco por todo o país.

Por outro lado, o século XXI tem-se pautado pelo aumento crescente de publicações científicas em Estatística/Bioinformática. Neste contexto, a FCUL oferece um mestrado em Bioinformática e Biologia Computacional com uma forte componente em Estatística. Além disso, o DEIO-FCUL possui na sua oferta educativa um mestrado em Bioestatística, que apesar de servir alunos com vários perfis, serve também aqueles que pretendem obter formação pós-graduada em Estatística para aplicar na análise de dados em Bioinformática.

Relativamente aos métodos desenvolvidos nesta área do conhecimento, estes podem ser tornados acessíveis, por exemplo, através do Bioconductor, um software livre para Bioinformática desenhado para o ambiente R e que fornece ferramentas para tratamento e análise de dados genómicos de elevada dimensão.

Os microarrays impulsionaram fortemente a geração de dados de elevadas dimensões e proporcionaram o desenvolvimento de muitos métodos estatísticos e algoritmos computacionais. Com a constante evolução tecnológica, os estatísticos deparam-se agora com um novo desafio: os dados de NGS (Next Generation Sequencing). Os dados produzidos por esta técnica revolucionária colocam à disposição dos estatísticos um vasto leque de perguntas e problemas extremamente complexos. Esta realidade, abre caminho para o desenvolvimento de novas metodologias e, assim, os estatísticos poderão ter um contributo substancial em avanços científicos e tecnológicos importantes para a sociedade, uma vez que grande parte destes estudos são na área da saúde. Num futuro próximo, estes e outros desafios serão cada vez mais demonstrativos da importância do papel desempenhado pela Estatística no campo multidisciplinar que é a Bioinformática.

Lisete Sousa, professora auxiliar do DEIO-FCUL e investigadora do CEAUL

Desejamos as boas vindas aos novos alunos do Departamento de Informática.

As candidaturas ao programa de doutoramento em Filosofia da Ciência, Tecnologia, Arte e Sociedade estão abertas até ao dia 12 de setembro de 2014.

Alunos de Ciências

Na primeira semana em Ciências os novos alunos enquanto aguardam pela inscrição podem assistir a palestras.

A relevância do estudo publicado na “Astronomy & Astrophysics” está na quantidade e qualidade da informação obtida por aquela infraestrutura astronómica internacional, tanto a nível químico como dinâmico.

Prémio Jovem Investigador da Sociedade Europeia de Aterosclerose

“A comunidade científica presente no evento congratulou-me, e a toda a equipa, pela qualidade do trabalho desenvolvido. Disseram que Portugal estava de parabéns!”, explicou a vencedora do Prémio Jovem Investigador da Sociedade Europeia de Aterosclerose, Catarina Alves.

Os resultados da 1.ª fase do concurso nacional de acesso ao ensino superior são divulgados a 8 de setembro.

A actividade científica é colectiva e cumulativa. Newton disse: “Se vi um pouco mais longe do que os outros, é porque pude subir aos ombros de alguns gigantes”.

Gestos que salvam 2014

A partir do mês de setembro, entre outras iniciativas, está prevista uma ação de sensibilização em avaliação e prevenção de riscos.

Convento da Arrábida

“No limite do (im)possível” organizado pelo Instituto de Ciências da Complexidade ocorreu no Convento da Arrábida, entre 30 de junho e 1 de julho passado.

“Nós oferecemos muitas oportunidades sobretudo para pós-doutorados, pessoas bem treinadas”, disse Jorge Almeida Guimarães, referindo que em Portugal existem mais de cinco mil bolseiros brasileiros, enquanto o número de portugueses no Brasil é ainda reduzido.

Uma reflexão sobre o ano lectivo 2013/2014.

Encontra-se aberto concurso para atribuição de uma Bolsa de Investigação para Mestre no âmbito do Projeto “ Biosustain – Mobilidade Sustentável: Perspetivas para o futuro da produção de biocombustíveis”, Laborat&oacut

De 11 a 14 de agosto as instalações da Faculdade de Ciências da ULisboa encontram-se encerradas, na sequência do corte do abastecimento de água. Os Departamentos encontram-se encerrados até 19 de agosto.

Laboratório de Ciências

Ana Paula Calixto é docente do ensino secundário há 28 anos. Cátia Silva é aluna de Ciências desde 2005, neste momento frequenta o doutoramento. Conheça os testemunhos de quem visita e estuda em Ciências.

Otília Correia

Estudantes portugueses conquistam duas medalhas de bronze na 25.ª Olimpíadas Internacionais de Biologia - IBO 2014, realizadas na Indonésia, em Julho passado. Em Setembro, outros alunos portugueses concorrem às Olimpíadas Ibero Americanas, que se realizam no México.

Encontram-se abertas as candidaturas para o Programa de Estágios Jovens Animadores do Museu de Eletricidade (PEJAME), para jovens entre os 18 e os 25 anos que, na altura de candidatura ao programa, sejam estudantes do ensino superior universitário.

Imagem da capa do livro

“ (…) Há também biólogos que calçam as botas e vão para dentro da floresta tropical, para cima das montanhas, para o fundo do mar, e foi esse lado que quisemos mostrar”, explicam Diogo Veríssimo e Miguel Pais, antigos alunos de Ciências e dois dos autores do livro BIOgrafias.

Encontram-se abertas candidaturas para estágios internacionais remunerados do Programa Inov Contacto, com uma duração de seis a nove meses, para 

Encontra-se aberto concurso para admissão de candidatos, de ambos os sexos, com destino ao Curso de Formação de Oficiais do Regime de Contrato da Força Aérea.
 

“Ter a oportunidade de vestir estas batas é com certeza mais giro do que estar em casa sentado em frente à televisão. Estamos a fazer coisas que não fazemos no dia a dia. Por isso, esta é uma oportunidade única. Estamos a aproveitar o nosso tempo da melhor maneira”, comentou Ricardo Santos, aluno do 11.º ano da Escola Secundária António Damásio.

Está disponível a edição de 2014 do Journal Citation Reports (dados de 2013).

COST

Participação no programa COST a partir de 3 Julho de 2014.

FA1403: Interindividual variation in response to consumption of plant foods bioactives and determinants involved.

IMSF

A decorrer de 24-29 de Agosto na Suíça.

Consulte o evento em http://www.imsc2014.ch/

Páginas