Todos os anos a Faculdade atribui diplomas e prémios de mérito académico aos seus estudantes, com o apoio de várias entidades e empresas, que valorizam a missão da Faculdade e que passa por investigar, ensinar e estimular a transferência do conhecimento e da inovação e a abertura à sociedade civil.

A Caixa Geral de Depósitos (CGD) patrocina os prémios de mérito académico com o valor igual ao valor da propina fixada para o respetivo curso. Em 2021/2022 foram atribuídos 13 prémios de mérito académico a alunos da Faculdade. A CGD atribui ainda prémios aos diplomados melhores classificados do 1.º ciclo e do 2.º ciclo. Em 2021/2022 foi atribuído um prémio.

A FCiências.ID também concede prémios de forma a promover a atividade científica e o desenvolvimento tecnológico. Este ano atribuiu prémios às cinco melhores teses de doutoramento. A Fundação Jacqueline Dias de Sousa também atribui um prémio ao melhor aluno que, no ano letivo anterior, tenha concluído a licenciatura em Química, com média igual ou superior a 15 valores.

A Faculdade tem vários protocolos com empresas no âmbito da atribuição de outros prémios. A Accenture distingue os melhores candidatos aos cursos de mestrado em Bioinformática e Biologia Computacional, mestrado em Engenharia Informática e mestrado em Informática. Em 2021/2022 foram entregues cinco prémios. O prémio Maxdata Excelência em Informática distingue anualmente os melhores alunos, de cada ano curricular, dos cursos do Departamento de Informática. Em 2021/2022 foram atribuídos 13 prémios. A Esri Portugal atribui um prémio ao aluno melhor classificado na unidade curricular de Sistemas de Informação Geológica. A Milestone Consulting também distingue o melhor aluno do 1.º ano do mestrado em Matemática. O prémio Aralab é atribuído ao melhor aluno do mestrado em Biologia dos Recursos Vegetais. O prémio MEGA FORCE é atribuído ao aluno, inscrito no segundo ano da licenciatura em Tecnologias de Informação, com a melhor média aritmética ponderada por ECTS no primeiro ano curricular do curso. O prémio Closer é atribuído ao melhor aluno de um dos cursos de mestrado em Engenharia Biomédica e Biofísica, Engenharia Física, Física. O Prémio Doutor Finanças é atribuído ao melhor diplomado de cada uma das licenciaturas em Engenharia Informática e em Matemática Aplicada.