GenoDedup

Tecnologia portuguesa permite acelerar e reduzir custos de estudos na área da saúde

Maior rapidez de leitura e economizar 75% do espaço de armazenamento

Última Revisão —
National Cancer Institute

Os hospitais e biobancos podem economizar no armazenamento de dados

unsplash - National Cancer Institute
gráfico
Imagem cedida pelos investigadores

Maior rapidez de leitura e economizar 75% do espaço de armazenamento em dados da sequenciação de genomas humanos é a inovadora solução apresentada por Vinicius Vielmo Cogo e Alysson Neves Bessani, investigadores do LASIGE Ciências ULisboa e João Tiago Paulo, investigador do Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores, Tecnologia e Ciência (INESC TEC) e Universidade do Minho e que combina uma nova técnica de deduplicação de dados baseado em semelhanças e padrões encontrados nos ficheiros de sequenciação de genomas humanos e uma codificação das alterações para a recuperação desses dados.

De acordo com o comunicado de imprensa emitido recentemente pela Faculdade os cientistas substituiram a descrição completa dos dados genómicos sequenciados por pequenos apontadores descrevendo, apenas, as alterações necessárias para a recuperação dos dados originais, reduzindo proporcionalmente o espaço e o custo de armazenamento. Esta solução - GenoDedup: Similarity-Based Deduplication and Delta-Encoding for Genome Sequencing Data - foi publicada na revista IEEE Transactions on Computers, uma das mais reconhecidas revistas científicas da área de Informática no mundo, no passado dia 14 de maio de 2020.

Relevância e futuro

O conhecimento técnico e os orçamentos limitados para a criação de infraestruturas apropriadas para o armazenamento eficiente destes dados instiga a procura de novas soluções que equilibrem a economia de espaço de armazenamento e a velocidade de recuperação/ leitura destes dados. Os hospitais e biobancos podem economizar no armazenamento de dados, ao mesmo tempo que permite que investigadores leiam esses dados de forma mais rápida. Os biobancos e os hospitais são responsáveis por guardar e distribuir milhões de amostras biológicas humanas para investigadores de todo o mundo e, atualmente, estão sob pressão para, também, armazenar os dados genómicos sequenciados a partir destas amostras.

Futuramente, os cientistas pretendem disponibilizar a solução em código aberto e melhorar os resultados obtidos através de estudos mais aprofundados sobre os padrões e semelhanças entre genomas humanos sequenciados. Este método será também adaptado na sequenciação de genomas de outras espécies, para outras máquinas de sequenciação e outras representações de dados relacionadas.

Scripta manent. O que se escreve, fica, permanece. Leia os recortes de imprensa publicados sobre o assunto - Dinheiro Vivo e Exame Informática.

 

 

 

LASIGE com ACI Ciências ULisboa
info.ciencias@ciencias.ulisboa.pt
Pormenor da capa do livro

A Coleção Textos de Matemática foi lançada em 1993 pelo Departamento de Matemática de Ciências e conta neste momento com 24 títulos. O último título publicado é "Análise Matemática I", de Armando Machado.

 

O Programa Prós e Contras de 15 de Setembro de 2014 foi dedicado à recente proposta do governo para taxar a cópia privada, a qual vai implicar um aumento dos preços dos telemóveis, tablets, computadores e outros equipamentos eletrónicos.

A TESE - Associação para o Desenvolvimento promove o evento "FAZ-TE AO MERCADO" dedicado à empregabilidade jovem.

"Antigamente, ligavam-se fios para programar; Hoje, a tecnologia da inteligência artificial inspira-se no funcionamento do organismo humano". O Prof.

A matrícula e inscrição dos alunos colocados no âmbito dos regimes especiais de acesso e ingresso em Ciências ocorreram nos dias 11 e 12 de setembro.

Alunos de Ciências

A 2.ª fase do concurso nacional de acesso ao ensino superior público termina a 19 de setembro. Os resultados são divulgados a 25 de setembro.

Encontram-se abertos vários concursos para atribuição de bolsas de gestão de ciência e tecnologia para o Instituto Português do Mar e da Atmosfera (IPMA).

Acesso a texto integral de artigos

Campus de Ciências

Pedro Lencastre é do Porto e agora estuda em Lisboa. A mudança proporcionou-lhe novos conhecimentos. “As pessoas com as quais trabalho neste momento são para mim um importante modelo como cientistas e pessoas”, conta.

Encontram-se abertas as candidaturas para o Programa Trainee Volkswagen Autoeuropa.

Pedro Lencastre

Pedro Lencastre estuda método matemático que possa aferir objetivamente a fiabilidade das avaliações de rating.

O Évoa - Espaço de Visitação e Observação de Aves encontra-se a recrutar guias para o seu projeto de turismo da natureza e de educação ambiental.

Entrevista de Paulo Veríssimo em destaque na edição de dia 8 do jornal diário Público.

A Randstad Professionals procura Fixed Income Quantitative Analyst. Para mais informações contactar 

A LPN encontra-se a recrutar técnicos para vários cargos.

Para consultar os editais, aceda a www.lpn.pt

Data limite de candidatura: 10 de setembro de 2014

Desejamos as boas vindas aos novos alunos do Departamento de Informática.

As candidaturas ao programa de doutoramento em Filosofia da Ciência, Tecnologia, Arte e Sociedade estão abertas até ao dia 12 de setembro de 2014.

Alunos de Ciências

Na primeira semana em Ciências os novos alunos enquanto aguardam pela inscrição podem assistir a palestras.

A relevância do estudo publicado na “Astronomy & Astrophysics” está na quantidade e qualidade da informação obtida por aquela infraestrutura astronómica internacional, tanto a nível químico como dinâmico.

Prémio Jovem Investigador da Sociedade Europeia de Aterosclerose

“A comunidade científica presente no evento congratulou-me, e a toda a equipa, pela qualidade do trabalho desenvolvido. Disseram que Portugal estava de parabéns!”, explicou a vencedora do Prémio Jovem Investigador da Sociedade Europeia de Aterosclerose, Catarina Alves.

Os resultados da 1.ª fase do concurso nacional de acesso ao ensino superior são divulgados a 8 de setembro.

A actividade científica é colectiva e cumulativa. Newton disse: “Se vi um pouco mais longe do que os outros, é porque pude subir aos ombros de alguns gigantes”.

Gestos que salvam 2014

A partir do mês de setembro, entre outras iniciativas, está prevista uma ação de sensibilização em avaliação e prevenção de riscos.

Páginas