GenoDedup

Tecnologia portuguesa permite acelerar e reduzir custos de estudos na área da saúde

Maior rapidez de leitura e economizar 75% do espaço de armazenamento

Última Revisão —
National Cancer Institute

Os hospitais e biobancos podem economizar no armazenamento de dados

unsplash - National Cancer Institute
gráfico
Imagem cedida pelos investigadores

Maior rapidez de leitura e economizar 75% do espaço de armazenamento em dados da sequenciação de genomas humanos é a inovadora solução apresentada por Vinicius Vielmo Cogo e Alysson Neves Bessani, investigadores do LASIGE Ciências ULisboa e João Tiago Paulo, investigador do Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores, Tecnologia e Ciência (INESC TEC) e Universidade do Minho e que combina uma nova técnica de deduplicação de dados baseado em semelhanças e padrões encontrados nos ficheiros de sequenciação de genomas humanos e uma codificação das alterações para a recuperação desses dados.

De acordo com o comunicado de imprensa emitido recentemente pela Faculdade os cientistas substituiram a descrição completa dos dados genómicos sequenciados por pequenos apontadores descrevendo, apenas, as alterações necessárias para a recuperação dos dados originais, reduzindo proporcionalmente o espaço e o custo de armazenamento. Esta solução - GenoDedup: Similarity-Based Deduplication and Delta-Encoding for Genome Sequencing Data - foi publicada na revista IEEE Transactions on Computers, uma das mais reconhecidas revistas científicas da área de Informática no mundo, no passado dia 14 de maio de 2020.

Relevância e futuro

O conhecimento técnico e os orçamentos limitados para a criação de infraestruturas apropriadas para o armazenamento eficiente destes dados instiga a procura de novas soluções que equilibrem a economia de espaço de armazenamento e a velocidade de recuperação/ leitura destes dados. Os hospitais e biobancos podem economizar no armazenamento de dados, ao mesmo tempo que permite que investigadores leiam esses dados de forma mais rápida. Os biobancos e os hospitais são responsáveis por guardar e distribuir milhões de amostras biológicas humanas para investigadores de todo o mundo e, atualmente, estão sob pressão para, também, armazenar os dados genómicos sequenciados a partir destas amostras.

Futuramente, os cientistas pretendem disponibilizar a solução em código aberto e melhorar os resultados obtidos através de estudos mais aprofundados sobre os padrões e semelhanças entre genomas humanos sequenciados. Este método será também adaptado na sequenciação de genomas de outras espécies, para outras máquinas de sequenciação e outras representações de dados relacionadas.

Scripta manent. O que se escreve, fica, permanece. Leia os recortes de imprensa publicados sobre o assunto - Dinheiro Vivo e Exame Informática.

 

 

 

LASIGE com ACI Ciências ULisboa
info.ciencias@ciencias.ulisboa.pt

A Matemática da ULisboa encontra-se em 14º lugar no ranking das melhores universidades europeias e em 58º lugar a nível mundial segundo o ranking U.S.

A plataforma moodle arquivo estará em manutenção (não sendo possível aceder à mesma) a partir das 14h00 de dia 3 de novembro até ao final de quarta-feira, dia 5 de

Food & Nutrition Awards

Equipa composta por investigadores do Centro de Química e Bioquímica da Faculdade de Ciências foi distinguida com a 2.ª Menção Honrosa, na categoria de Investigação e Desenvolvimento, da 5.ª edição do “Food & Nutrition Awards”.

A reunião geológico-cultural da Geologists Association aconteceu este ano em Portugal.

Parabéns a ALEXANDRE ANAHORY DE SENA SIMÕES, aluno do Mestrado em Matemática, pela atribuição do prémio do Programa Estímulo à Investigação 2014 na área da Matemática, com o trabalho "Métodos topol&oac

Em 2014 a European Molecular Biology Organization (EMBO) celebra 50 anos. Em entrevista, Margarida Amaral comenta a sua eleição, explica quais são as funções dos membros da EMBO e deixa mensagens a governantes, dirigentes universitários e alunos de ciências.

A sessão de entrega dos prémios realiza-se a 21 de novembro.

O Southwestern European Regional Programming Contest (SWERC) 2014 ocorre a 22 e 23 de novembro de 2014, na Faculdade de Ciências da Universidade do Porto.

O foco da plataforma Food & Nutrition Awards é “Inovar para Crescer”.

Campus de Ciências

Para um padrão de consumo doméstico típico, um sistema fotovoltaico não é economicamente viável, exceto talvez para muito baixas potências instaladas.

Queres potenciar a tua energia para entrares no mercado de trabalho?

Trainees 2015 - InterCement

A INTERCEMENT está a dar início ao Programa de Trainees Internacional - 2015.

A Liga para a Protecção da Natureza encontra-se a recrutar formadores que estejam capacitados para ministrar cursos que se enquadrem nas seguintes áreas de formação:

Dados demonstram que as pessoas ficam presas no trânsito cerca de 34 horas todos os anos e gastam 1.9 mil milhões de litros de combustível.

José Sebastião e Silva

A Universidade de Lisboa comemora o centenário do nascimento de José Sebastião e Silva organizando diversos eventos, alguns em parceria com outras instituições, durante o ano letivo de 2014/2015.

A Procter & Gamble (P&G) promove, no próximo dia 23 de outubro (manhã), o evento online OneDayWith P&G.

MARE participa no WRIC Oceans 2014

Workshops, apresentações e sessões de painéis interativos, com o intuito de “abordar as questões mais importantes para os oceanos, políticas de investigação, a Diretiva-Quadro de Estratégia Marinha e a Política Comum de Pescas”, compõe a programação do WRIC Oceans 2014.

O Universia e o Trabalhando divulgaram os resultados do 3º inquérito de Emprego 2014, sobre a temática do "Voluntariado". 

Filipe Lopes

O catálogo da coleção conta atualmente com mais de 33000 registos, sendo a maior parte destes referentes à entomofauna portuguesa. Outras regiões bem representadas na coleção são sobretudo países africanos dos PALOP.

OAEI

O grupo de Ciências especializou-se em prospeção de texto biomédico e medidas de semelhança semântica.

Vais querer perder esta oportunidade que pode mudar o teu futuro? Então não percas tempo e inscreve-te!

As inscrições estarão abertas até 17 de outubro.Mostra que és o líder de amanhã! Participa neste grande evento!

O movimento entre as duas placas é lento, por isso a deformação litosférica em Portugal é lenta, e todo o ciclo sísmico de acumulação e libertação de tensão também é lento.

Seminário/Debate
 
Moderador: António Vallêra, FCUL e SDSIL
 
logotipo

A Secretaria de Estado do Ensino Superior lançou no dia 9 de outubro uma campanha que rejeita a prática de praxes violentas nas instituições de ensino superior portuguesas.

O Departamento de Informática apoia a iniciativa "Mais Mulheres no Ensino e Investigação em Informática". Motivar jovens mulheres para uma carreira na Informática é um desafio ao qual o Departamento responde com empenho ativo.

Páginas