BioISI Research Seminar

Quantifying overall (Cross-)correlation in High-Dimensional omics data

Sala 1.3.20, FCUL, Lisboa

Por Claus-Dieter Mayer (Biomathematics & Statistics Scotland (BioSS), Aberdeen).

Abstract: Extremely high-dimensional data sets from gene expression (microarrays, RNAseq experiments) or metabolomic studies are commonly generated in biological and medical experiments. Variables (genes, metabolites) measured in these experiments typically interact with each other in gene regulatory networks or metabolic pathways, leading to correlation between variables. From a purely statistical point of view this can be a nuisance. In a highly multiple testing setting methods to control the family wise error rate (FWER) or the false discovery rate (FDR) usually assume independence or only weak correlation of variables. From a biological point of view, however, strong correlations are often of particular interest because they indicate the activation of important processes. 
For either case it is useful to have a method that measures and quantifies the overall correlation either in the whole data set or in relevant subsets (e.g. pathways). Often it is also of interest to quantify the cross correlation between two such omics data sets, e.g. to study how strongly linked methylation status and gene expression are in in samples taken from the same subjects. We will focus on methods that are computationally fast and are easy to interpret. We will show how these numbers can help as exploratory tools before conducting a network analysis for a single omics data set or an integrative analysis of two or more such data sets. We will also discuss if and how measurements of overall correlation could be useful in controlling the  family wise error rate (FWER) or the false discovery rate (FDR) that arise in when testing in such high-dimensional data.

11h00
BioISI - Instituto de Biossistemas e Ciências Integrativas, CEAUL - Centro de Estatística e Aplicações da Universidade de Lisboa
Frase "O que existe no meu mundo?" sobre um fundo azul e amarelo

Em 2019 celebram-se os 150 anos da Tabela Periódica, pelo que a Organização das Nações Unidas (ONU) proclamou este ano como o Ano Internacional da Tabela Periódica dos Elementos Químicos (IYPT 2019).

Vasco Freire Serra defende a dissertação "Pesquisa e Navegação de Filmes e Músicas com Base em Citações e Letras no AS Music By".

Imagem ilustrativa do Doutoramento em Filosofia da Ciência, Tecnologia, Arte e Sociedade

Provas de Doutoramento - Tiago Bruno Borges Rodrigues Mesquita Carvalho.

Tema da tese e alvo de discussão oral: “A medida e as coisas. Virtudes, responsabilidade e tecnologia”.

Júri:

André Abrantes da Costa defende a dissertação "Computational and validation approaches in proteomics discovery of disease biomarkers".

Júri das provas:

Gonçalo Pimenta Pedro Palmeirim defende a dissertação "The Parental effect in the immune system".

Membros do Júri:

Tânia Filipa Rodrigues Cordeiro defende a dissertação "Identificação de substâncias dopantes em fluidos biológicos de atletas por LC-MS: definição de critérios de identificação e avaliação da incerteza do exame".

Com Dieter Mersch (ZHdK, Suiça), Hanns Holger Rutz (KUG/IEM, Austria) e Miguel Marques Cardoso.

Entrada livre, mediante inscrição prévia.

Rodrigo Daniel Garrilha Santos defende a dissertação "Construction of machine learning models to predict pharmacology properties of molecules".

Júri das provas:

Por Tom Sutherland (Grupo de Física Matemática).

Imagem ilustrativa do evento, acompanhada da palavra "AmeriChristmas" sobre um fundo encarrnado

O concerto conta com a presença da Orquestra Académica da Universidade de Lisboa.

Imagem ilustrativa do programa

A Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa, a Universidade Católica Portuguesa, o Fórum Oceano e a Sociedade de Avaliação Estratégica e Risco lançaram em 2015 o consórcio MARE STARTUP destinado a promover o empreendedorismo e inovação empresarial no Mar,

Miguel Ângelo Teixeira Queirós defende a dissertação "Pneumococcal adaptation: from colonization to disease".

Anabela Barreiro Gomes Vilares Bendada Esteves defende a tese "Genetic study of Toxoplasma gondii strains isolated from humans and animals".

Por Ederson Moreira dos Santos (Universidade de São Paulo - São Carlos - Brazil).

Isabel José Capelo Ferreira Nobre defende a dissertação "Formações e classes de Fitting".

Sara Martins Teixeira defende a dissertação "Diagnosis of Inflammatory Rheumatic Diseases: Preliminary Approach by Metabolomics".

Júri das provas:

Catarina Pires de Almeida Rosa defende a dissertação "Bird talk, the soap opera: vocal and behavioural repertoire of a zoo population of rainbow lorikeets (Trichoglossus moluccanus)".

Júri das provas:

Imagem ilustrativa do evento, acompanhada de várias informações (título, dia, hora, local, orador e entidades participantes)

Por José Díez (Universidad de Barcelona, Espanha).

Cristiana Costa de Almeida defende a dissertação "Previsão de Séries Temporais Financeiras: Uma Abordagem com Long Short-term Memory Deep Neural Networks".

Diogo Domingues Ferreira defende a dissertação "Avaliação e otimização da incerteza de constantes cinéticas de fotodegradação determinadas pelo Método de Monte Carlo".

Membros do Júri:

Miguel Simões Nunes defende a dissertação "Understanding the differentiation process of western Mediterranean butterflies: the case studies of Lycaena and Melanargia".

Júri das provas:

Por Rogério Henriques (Presidente da Multicare).

Por Joana Portugal Pereira (Universidade Federal do Rio de Janeiro, Imperial College London e IPCC).

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