Data Science Seminars

Machine learning-based protein design for bioengineering gene therapy vectors

Sala 6.3.27, Ciências ULisboa

Por Ana Filipa Rodrigues (LASIGE).

Machine learning (ML) transformed protein design, offering unprecedented opportunities to accelerate and refine the development of bioengineered proteins. Building on the latest advancements in this area, researchers are extending these innovations to therapeutic viral particles, focusing on viral vectors for gene therapy. The precise design and bioengineering of viral particles hold immense potential not only to advance the field of virus-based therapeutics, such as viral gene therapy, but also to foster discoveries in virology, including uncovering virus-host interactions and developing better vaccines and antivirals.

In ML-based protein design, models are trained on protein sequence data to learn the complex relationship between amino acid sequences and their corresponding effects on protein function. These models learn to navigate the sequence-to-function fitness landscape, enabling the prediction and the design of novel proteins with specific characteristics. This seminar will cover the core methodologies in ML-guided protein design, emphasizing key concepts, models, and applications. It will also explore how these advancements are being leveraged in the bioengineering of viral vectors, focusing on our ongoing research on designing new adeno-associated viral vectors (AAVs) for human gene therapy.

Short bio: Ana Filipa Rodrigues holds a Ph.D. in Biotechnology (2014) from NOVA University Lisbon and the University of Minnesota (USA). Her early research focused on improving viral vector production for human gene therapy using functional genomics and genetic engineering. In her post-doctoral research at the Experimental Virology Department of Hannover Medical School/TWINCORE (Germany), she studied virus-host interactions to aid the development of antiviral therapies and vaccines.

In recent years, Filipa has worked at the intersection of academic research and the biopharmaceutical industry, specializing in cell and gene therapy, viral vaccines, molecular biology, and bioprocess engineering. She has recently joined the LASIGE Research Centre for Computer Science and Engineering at the University of Lisbon, where she applies machine learning to design and bioengineer therapeutic viral particles.

14h30
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Bem-vindos a Ciências ULisboa!

Seminário de Projeto de Investigação (Doutoramento em Biologia), por Pedro Peixe e Sousa.

Sol

Seminário de Unidade Curricular - Projeto de Investigação, por Vanessa Filipa Laranjeiro Ribeiro.

Seminário do Departamento de Física de Ciências ULisboa, por Ana Arriaga (FCUL - DF).

Logótipo do concurso de programação

Um concurso de programação dirigido aos alunos do ensino secundário (11.º e 12.º anos), que visa promover a prática e o gosto pela programação.

RSS Meetup, por Dimitris Mostrous (Aikido Security).

Large Hadron Collider

Seminário do Laboratório de Instrumentação e Física Experimental de Partículas, por Tiziano Camporesi (LIP).

Ana Quintans

Concerto no âmbito do programa Música na Universidade de Lisboa.

Vista a partir de cima de pessoas a trabalharem sobre uma mesa de madeira

CIÊNCIAS desenvolve um conjunto de atividades de apoio aos Doutorandos, periodicamente enquadradas no âmbito do PhD Support Programme.

Conversa com Cristina Luís (investigadora no CIUHCT - Centro Interuniversitário de História das Ciências e da Tecnologia / Ciências ULisboa).

Esta formação é oferecida como oportunidade de aprender sobre sustentabilidade do corpo à comunidade e ao ecossistema, perante uma situação global desesperante, sonhando utopicamente com futuros mais justos e equitativos. 

Logótipo do LIP Summer Internship Program

Um programa destinado a estudantes de Física e Engenharia com interesse em investigação científica e tecnológica, com candidaturas até 11 de maio.

Fotografia de Chapim-azul

The goal of this course is to provide the participants with the most recent and practical knowledge on the use of Functional Diversity.

O encontro tem como objetivo divulgar e promover os resultados da investigação produzidos nos dois pólos do Centro de Química Estrutural (CIÊNCIAS e IST), estimulando a criatividade, o trabalho interdisciplinar e o espírito científico.

O evento reunirá alunos de Ciências ULisboa e do ISCAL, proporcionando-lhes uma oportunidade única para apresentarem e defenderem os seus projetos empreendedores num formato de pitch.

Mão a segurar em globo de vidro

Curso acreditado pelo CCPFC para efeitos de progressão na carreira dos professores na dimensão cientifico-pedagógica dos grupos 230, 420, 510, 520 e 560, com candidaturas até 30 de abril.

The aim of this event is to illustrate the importance of interdisciplinarity. To do so the meeting will bring together researchers from different areas who work in interdisciplinary fields within Ciências ULisboa

Título/data/local do evento, logótipos das entidades organizadoras e fotografia de peixe

The event aims to facilitate the exchange of information and knowledge among professionals to advance the understanding, collaboration and capabilities of aquaculture to respond to the impact of climate change in a rapidly changing global environment.

Uma oportunidade única para interagir com a comunidade global de computação científica, com inscrições (preço reduzido) até 02 de maio.

Logótipo Moodle

Ação de formação para docentes e investigadores de CIÊNCIAS.

Título/data/local do evento e iconografia representativa de energias renováveis

Inscrições até 16 de maio! Junta-te a esta revolução energética e faz a diferença!

Químico a escrever fórmulas num quadro

Curso acreditado para efeitos de progressão na carreira dos professores do Ensino Básico e Secundário do Grupo 510 (CCPFC/ACC-118288/22), com candidaturas até 18 de maio.

Curso destinado a estudantes de Mestrado e de Doutoramento, bem como a profissionais que desenvolvam investigação científica na área da saúde.

Título/data/local do evento e fotografia do mar

Quais são os conceitos-chave para enfrentar os atuais desafios marinhos e costeiros? 

Representação de programação R

This course aims at providing students with basic knowledge of R programming, allowing them to manipulate and visualize data with R.

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