Data Science Seminars

Machine learning-based protein design for bioengineering gene therapy vectors

Sala 6.3.27, Ciências ULisboa

Por Ana Filipa Rodrigues (LASIGE).

Machine learning (ML) transformed protein design, offering unprecedented opportunities to accelerate and refine the development of bioengineered proteins. Building on the latest advancements in this area, researchers are extending these innovations to therapeutic viral particles, focusing on viral vectors for gene therapy. The precise design and bioengineering of viral particles hold immense potential not only to advance the field of virus-based therapeutics, such as viral gene therapy, but also to foster discoveries in virology, including uncovering virus-host interactions and developing better vaccines and antivirals.

In ML-based protein design, models are trained on protein sequence data to learn the complex relationship between amino acid sequences and their corresponding effects on protein function. These models learn to navigate the sequence-to-function fitness landscape, enabling the prediction and the design of novel proteins with specific characteristics. This seminar will cover the core methodologies in ML-guided protein design, emphasizing key concepts, models, and applications. It will also explore how these advancements are being leveraged in the bioengineering of viral vectors, focusing on our ongoing research on designing new adeno-associated viral vectors (AAVs) for human gene therapy.

Short bio: Ana Filipa Rodrigues holds a Ph.D. in Biotechnology (2014) from NOVA University Lisbon and the University of Minnesota (USA). Her early research focused on improving viral vector production for human gene therapy using functional genomics and genetic engineering. In her post-doctoral research at the Experimental Virology Department of Hannover Medical School/TWINCORE (Germany), she studied virus-host interactions to aid the development of antiviral therapies and vaccines.

In recent years, Filipa has worked at the intersection of academic research and the biopharmaceutical industry, specializing in cell and gene therapy, viral vaccines, molecular biology, and bioprocess engineering. She has recently joined the LASIGE Research Centre for Computer Science and Engineering at the University of Lisbon, where she applies machine learning to design and bioengineer therapeutic viral particles.

14h30
Título "Jornadas Científicas ULisboa" e composição com os logótipos da ULisboa e da União Europeia

A edição de 2025 das Jornadas é dedicada ao tema "Universidade de Lisboa no Espaço Europeu de Investigação: Construir Carreiras Académicas Atrativas, Fortalecer Instituições".

Seminário do Centro de Estatística e Aplicações da Universidade de Lisboa e do Centro de Matemática Computacional e Estocástica, por Louiza Soltane (Laboratoire de Mathématiques Appliquées Université Mohamed Khider, Biskra, Algérie).

Título do evento, sobre imagem abstrata em tons de azul e laranja

Muitos parabéns aos investigadores de CIÊNCIAS premiados!

Daniel da Silva Distinguished Lecture, por Jean-Pierre Bourguignon (IHÉS).

Seminário de Análise e Equações Diferenciais, por Delia Schiera (Instituto Superior Técnico, Universidade de Lisboa).

Centra-se na “Álgebra e o seu papel na Ciência da Computação”, com especial ênfase nas áreas de estudo relacionadas com o trabalho de M. V. Volkov, como os semigrupos e os autómatos.

Título "Hoje quem manda sou eu" e mapa de Portugal

Palestra por Jorge Buescu (Ciências ULisboa), no âmbito da iniciativa "Hoje quem manda sou eu", promovida pela Ciência Viva.

Logótipo do concurso e das entidades envolvidas

Rui Agostinho, Professor Jubilado de CIÊNCIAS, integra o júri do concurso.

Luz a atravessar nuvens

O concerto integra o programa Música na Universidade de Lisboa, numa parceria com a Orquestra Académica da Universidade de Lisboa, naquele que é o Concerto Final de Temporada.

Logótipo do Voluntariado em CIÊNCIAS

Apresentações relativas ao 2.º semestre do ano letivo 2024/2025.

Seminário do Instituto de Biossistemas e Ciências Integrativas, por Vera Inácio (BioISI).

Logótipo do Verão na ULisboa, sobre um fundo azul

Uma iniciativa da Universidade de Lisboa que proporciona a oportunidade única, aos alunos do 8.º ao 12.º anos de estudo, ou que tenham já concluído o 12.º ano, de ficar a conhecer e experimentar o ritmo e o espírito da vida académica na Universidade.

Workshop organizado pelo CEMS.UL - Centro de Estudos Matemáticos e pelo CAMGDS - Centro de Análise Matemática, Geometria e Sistemas Dinâmicos.

Título/data/local do evento e fotografia do espaço

Até onde te atreves a ir? O Programa de Verão do IA é o teu portal para o Espaço.

Representação de programação R

Este curso tem como objetivo dotar os alunos de conhecimentos estatísticos e ferramentas para manipular, analisar e visualizar dados biológicos com o R. Introdução à modelação, simulações e estatística Bayesiana.

Estátua representativa da biodiversidade do planeta Terra

Seminário Doutoral III (Doutoramento em Biologia - Especialidade de Biologia Evolutiva), por João Miguel Moreno.

Logótipo, data e local do evento

Com o tema “Ciência, Inovação e Sociedade”, o encontro será um palco de promoção e discussão do impacto científico, social, cultural e económico da investigação em Portugal.

Computabilidade na Europa (CiE) - uma série interdisciplinar de conferências internacionais organizada pela Associação Computabilidade na Europa (ACiE).

Título/data do evento e vários objetos museológicos

Este curso visa fornecer uma visão atualizada do potencial das coleções museológicas para a investigação da biodiversidade. Mais especificamente, pretende apresentar estudos de caso sobre o valor dos museus e a utilização de coleções e espécimes no século XXI, utilizando novas tecnologias e métodos analíticos.

Horta Solar

E se fosse possível experimentar um curso universitário antes de concorrer ao ensino superior? Agora já é!

Águas subterrâneas

Curso acreditado para efeitos de progressão na carreira dos professores na dimensão cientifico-pedagógica dos grupos 420 e 520.

Título e datas do programa de estágios

Preparados para explorar a investigação de perto?

Um workshop com o objetivo de reunir académicos que abordam a história da ecologia - e a evolução da própria disciplina - a partir de uma variedade de perspetivas.

A 10.ª edição do Ser Cientista realiza-se entre 21 e 25 de julho - vem investigar connosco!

Pormenor de lâmpada

Candidaturas a decorrer de 01 a 30 de setembro.

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