Biologia foi o único curso que escolheu quando se candidatou à Faculdade. Dá aulas em Ciências desde 1997. Ao longo deste tempo conseguiu criar disciplinas novas, destacando a particularidade de conseguir trazer aspetos da sua investigação para o ensino, que deve ser inovador. Atualmente, Henrique Cabral preside ao Departamento de Biologia Animal e continua a coordenar a Rede Portuguesa de Monitorização Costeira (CoastNet) sendo um dos investigadores do MARE - Centro de Ciências do Mar e do Ambiente, unidade que dirigiu até 2017. Já orientou cerca de 40 estágios profissionalizantes, 70 teses de mestrado, 27 teses doutoramento e 15 investigadores de pós-doutoramento. Em 2016 foi distinguido com Prémio Científico ULisboa/Caixa Geral de Depósitos.

"Gostava de me dedicar mais intensamente à ciência. Tive períodos de grande intensidade em termos de produção científica e gostava de voltar a tê-los. Gostava de ter projetos mais arrojados do ponto de vista científico. Ao longo dos últimos anos tenho tentado que a ciência que faço no meu grupo tenha um impacto cada vez maior, que sejam assuntos que interessam a grande parte da comunidade científica, que tenham aplicações e que tentem mudar a situação existente em relação ao mar."
Henrique Cabral