Opinião

A importância da Estatística na Bioinformática

Lisete Sousa
DEIO-FCUL

A Estatística atua em diversas áreas do conhecimento, sendo a Bioinformática uma das áreas de aplicação mais recentes.

Na realidade, o papel da Estatística na Bioinformática vai além de uma mera intervenção. Trata-se de um pilar indissociável da Bioinformática! A Estatística tem vindo a conquistar o seu espaço nesta nova área, tornando-se uma componente essencial de mérito reconhecido. Mas o que é a Bioinformática e como tem a Estatística vindo a ocupar paulatinamente uma posição de destaque?

Os crescentes avanços em Bioinformática são consequência da obtenção massiva de dados biomédicos e biológicos. Essa explosão de dados deu-se sobretudo a partir dos anos 90, nomeadamente, com os avanços na tecnologia de sequenciação de ADN e de proteínas. O acesso a grandes quantidades de dados, impulsionou o desenvolvimento de novos programas e metodologias que permitem recolhê-los, organizá-los e analisá-los, de forma a extrair toda a informação possível. Estas ferramentas, cujo perfil abrange várias áreas do conhecimento, entre as quais, a Biologia, a Estatística, a Informática, a Bioquímica e a Matemática, formam a base da disciplina de Bioinformática. Assim, pode-se dizer que a Bioinformática resulta da interdisciplinaridade entre várias ciências.

Um estatístico que se dedica a estudos na área da Bioinformática tem que ter a capacidade de utilizar as mais diversas metodologias estatísticas, para além de adquirir conhecimentos biológicos e computacionais. Muitas vezes, são metodologias recentes ou até mesmo metodologias que não utiliza frequentemente e que, por isso, implicam um estudo aprofundado. Por vezes, os dados têm uma natureza tão complexa que nem sequer há métodos estatísticos adequados para proceder à sua análise. Cria-se aqui uma janela de oportunidade para avanços na investigação e na produção científica na área da Estatística. O contributo da Estatística tem sido relevante em problemas tão distintos como, a identificação de genes com expressão diferencial sob duas (ou mais) condições experimentais diferentes, a identificação de grupos de proteínas que se relacionam (clusters), a classificação de indivíduos em vários tipos de determinado cancro, etc..

Um pouco por todo o mundo há cada vez mais estatísticos a trabalharem exclusivamente em Bioinformática. Um dos pioneiros foi Terry Speed, presidente da Divisão de Bioinformática, do Walter and Eliza Hall Institute of Medical Research, em Melbourne - Austrália, que viu o seu vasto trabalho na área da Bioinformática reconhecido este ano com a atribuição do prémio australiano “Prime Minister's Prizes for Science”. Entre outros, o seu contributo em vários julgamentos (como o de O. J. Simpson, por exemplo), enquanto estatístico especialista na análise de dados forenses, faz dele um dos estatísticos mais conceituados na área da Bioinformática. Tal como Terry Speed, também Simon Tavaré é um estatístico com provas dadas no mundo da Bioinformática. Professor na Universidade do Sul da Califórnia e na Universidade de Cambridge, para além de dirigir o Cancer Research UK Cambridge Institute, Simon Tavaré tem liderado vários grupos, projetos e doutoramentos em Estatística/Bioinformática. Uma carreira mais recente, mas igualmente reconhecida, tem Sandrine Dudoit, professora na Universidade da Califórnia. Aluna de doutoramento de Terry Speed em 1999, continua desde então a fazer investigação na área da Bioinformática. Autora de vários livros e publicações em revistas científicas da especialidade, é um nome que dispensa apresentação no meio da bioinformática.

Fonte: http://www.valiantsolutions.com

A comunidade estatística portuguesa teve o privilégio de ouvir Terry Speed e Simon Tavaré no “WSGP2005 – Workshop on Statistics in Genomics and Proteomics”, o primeiro workshop internacional do género realizado em Portugal, organizado pelo Centro de Estatística e Aplicações da Universidade de Lisboa, sob a responsabilidade de Antónia Turkman (DEIO-FCUL). Simon Tavaré esteve ainda presente no Follow-up Meeting do WSGP2005, no ano de 2007, em Coimbra. Estes eventos foram antecedidos por um ciclo de seminários sobre Estatística em Genética, organizado por Luísa Loura (DEIO-FCUL), os quais foram apresentados nas Universidades de Aveiro, Évora e Lisboa, em 2002. Desde então, vários encontros internacionais têm acontecido um pouco por todo o país.

Por outro lado, o século XXI tem-se pautado pelo aumento crescente de publicações científicas em Estatística/Bioinformática. Neste contexto, a FCUL oferece um mestrado em Bioinformática e Biologia Computacional com uma forte componente em Estatística. Além disso, o DEIO-FCUL possui na sua oferta educativa um mestrado em Bioestatística, que apesar de servir alunos com vários perfis, serve também aqueles que pretendem obter formação pós-graduada em Estatística para aplicar na análise de dados em Bioinformática.

Relativamente aos métodos desenvolvidos nesta área do conhecimento, estes podem ser tornados acessíveis, por exemplo, através do Bioconductor, um software livre para Bioinformática desenhado para o ambiente R e que fornece ferramentas para tratamento e análise de dados genómicos de elevada dimensão.

Os microarrays impulsionaram fortemente a geração de dados de elevadas dimensões e proporcionaram o desenvolvimento de muitos métodos estatísticos e algoritmos computacionais. Com a constante evolução tecnológica, os estatísticos deparam-se agora com um novo desafio: os dados de NGS (Next Generation Sequencing). Os dados produzidos por esta técnica revolucionária colocam à disposição dos estatísticos um vasto leque de perguntas e problemas extremamente complexos. Esta realidade, abre caminho para o desenvolvimento de novas metodologias e, assim, os estatísticos poderão ter um contributo substancial em avanços científicos e tecnológicos importantes para a sociedade, uma vez que grande parte destes estudos são na área da saúde. Num futuro próximo, estes e outros desafios serão cada vez mais demonstrativos da importância do papel desempenhado pela Estatística no campo multidisciplinar que é a Bioinformática.

Lisete Sousa, professora auxiliar do DEIO-FCUL e investigadora do CEAUL

“A inovação é tipo ‘ovo de Colombo’, depois de se saber, parece fácil. Só que ‘saber’ significa um longo caminho de amadurecimento do conhecimento”, declara Maria Filomena Camões, docente do Departamento de Química e Bioquímica da FCUL, a propósito da atribuição da Bolsa Europeia de Excelência de Investigação.

A. M. Galopim de Carvalho num dos geoparques

O pioneiro da Geoconservação em Portugal sente-se agradado pelo reconhecimento dos mais de 20 anos de serviço em prol da preservação e salvaguarda dos geoparques, considerando o tributo um importante incentivo para a defesa territorial, para a promoção da geodiversidade e para o desenvolvimento sustentável baseado no património geológico.

Isaac Carrêlo e Rita Almeida, alunos do curso de Engenharia e Energia do Ambiente e Eva Barrocas, do curso de Biologia, viajaram até Cabo Verde para fazer parte da equipa Turtle Foundation. Durante um mês de experiências intensas, protegeram tartarugas e levaram os ensinamentos apreendidos na FCUL até à comunidade local.

Mapa

O Memorando de Entendimento celebrado com Portugal estabelece oito áreas programáticas para a respetiva alocação de verbas para 2009/2014. A abertura de concursos para Portugal deve acontecer ainda este ano.

Palestra por Jennifer de Jonge

Centro de Biotecnologia Vegetal/IBB

Evolução Tecnológica e o Cadastro Territorial Multifinalitário no Brasil

VicenTuna anima Sessão de Boas-vindas

Receber os novos alunos numa sessão de boas-vindas é uma das tradições da FCUL. Agora, o espírito da cerimónia pode ser conhecido pela voz dos profissionais e alunos que fizeram parte da última sessão, através de uma reportagem multimédia presente na página do YouTube da Faculdade, bem como na pasta de vídeos do Facebook.

Pormenor de obra de arte

Atualmente, o antigo aluno da FCUL é post-doc na Universidade Federal do Rio Grande - Fundação Universidade do Rio Grande, no Brasil, sendo responsável por projetos na área da Biologia Antártica – Biologia Polar.

Miguel Ramos

Miguel Ramos, professor do Departamento de Matemática da FCUL, faleceu esta quinta-feira, dia 3 de janeiro. O corpo será velado no dia 5 de janeiro, entre as 17h00 e as 24h00, na Capela da Igreja das Furnas, em São Domingos de Benfica, assim como no dia 6 de janeiro, a partir das 12h00, seguindo-se a missa pelas 15h00. A cerimónia de cremação ocorre no Cemitério dos Olivais.

Miguel Ramos (1963-2013)

Estão disponíveis os calendários de exames do 2º ciclo para as seguintes áreas:

- Mestrados de Engenharia Geográfica e SIG

Repórter e câmara de filmar

Após as palavras , chegam os sons e as imagens  do dia em que a FCUL voltou a fazer parte da “Rota das Vocações de Futuro” da associação EPIS. A reportagem está disponível na página do YouTube da Faculdade, bem como na pasta de vídeos do Facebook.

 

O histórico de aluno no Portal da FCUL foi atualizado e renovado.

Relembramos que pode utilizar os vários meios ao dispor para deixar comentários ou sugestões sobre os serviços da FCUL.

Bruno Almeida, doutorado em História das Ciências pela Secção Autónoma de História e Filosofia das Ciências da FCUL e membro do Centro Interuniversitário de História das Ciências e da Tecnologia, ganha "Prémio Cultura 2012" atribuído pela Sociedade de Geografia de Lisboa.

Alunos informam-se sobre programas de mobilidade internacional

“É uma grande oportunidade que estou a ter, a Faculdade dá um grande apoio aos alunos. (…) Estou a gostar do convívio com os colegas, das aulas, das disciplinas e da cultura portuguesa”, sublinha Daniel Martins, aluno oriundo do Brasil a estudar Biologia na FCUL.

Pela 2.ª vez, o Dia Internacional proporcionou a divulgação de programas de mobilidade internacional junto dos alunos, esclarecendo dúvidas e curiosidades. Durante o acontecimento, trocaram-se experiências, conheceram-se hábitos e tradições de diferentes países e, acima de tudo, enalteceu-se o espírito de convívio em ambiente "além-fronteiras".

Candidaturas para Base de Recrutamento de Professores Auxiliares Convidados do DF

“MARAVILHAR-SE: reaproximar a criança da Natureza” 

Foi duplicado o espaço de armazenamento nas áreas de alunos. A nova quota é agora de 1 Gb.

 

Com o intuito de inovar e proporcionar os melhores temas aos alunos da Faculdade de Ciências no que diz respeito às novas tecnologias, a

Páginas