Data Science Seminars

Regularization and network-based techniques: an application to melanoma cancer

Sala 6.3.27, Ciências ULisboa

Por Eunice Carrasquinha (DEIO/FCUL).

Melanoma is the principal cause of death of all skin diseases, and its incidence is increasing faster than any other type of cancer. A successful treatment depends on early detection, as the metastatic form is resistant to therapies. Gene expression data are increasingly being used to establish a diagnosis and optimize treatment of oncological patients. In this work, we propose the analysis of gene expression data from metastatic melanoma as a tool to obtain potential genes that could be important targets for new therapies and treatment.

However,  the high-­dimensionality nature of the data brings many constraints, for which several approaches have been considered, with regularization  techniques in the  cutting-edge research front. Additionally, the network structure of gene expression data has fostered the development of network-­based regularization techniques to convey data into a low-­dimensional and interpretable level.

In  this  work, classical elastic net and two recently proposed network‐based methods, HubCox and OrphanCox, are applied to high-dimensional gene expression data, to model survival data. The melanoma transcriptomic dataset obtained from The Cancer Genome Atlas (TCGA) is used, considering patients' RNA-seq measurements as covariates. The application of sparsity-inducing techniques to the skcm dataset enabled the selection of relevant genes (CIITA,  HLA-­DQB1 and HLA-­DQA1) over a range of parameters evaluated. Comparable results were obtained for the elastic net and the network-based OrphanCox regarding model performance and genes selected.

Short bio: E. Carrasquinha has worked as a researcher at several institutions, IDMEC, INESC-ID, Champalimaud Foundation and Instituto de Telecomunicações. She is currently an Invited Assistant Professor at the Faculty of Sciences of the University of Lisbon, in the Department of Statistics and Operations Research and a member of CEAUL (Center for Statistics and Applications of the University of Lisbon). Her research area is essentially in methodologies of dimensionality reduction of high dimension data, namely in survival models, where she has published several articles.

14h30
Departamento de Informática | Ciências ULisboa

Formação modular de 13 de abril a 11 de maio - produção em permacultura.

Pormenor de orquestra

O Concerto "Paixão segundo São João" de J.S. Bach, pelos Músicos do Tejo, tem lugar na Aula Magna da Universidade de Lisboa, no dia 14 de abril, às 19h00.

Logótipo e data do evento

Pensar global, agir local - Semana da Sustentabilidade Ciências ULisboa.

Logótipos do Concurso Nacional para Jovens Cientistas e Investigadores e da Fundação da Juventude

Candidaturas até 15 de abril.

Título/data/local do evento

Lisbon AI Seminar, por Mattia Petrolo (CFCUL/RG1).

Fotografia de três pessoas a apontarem para o teclado/ecrã de computador portátil

Workshop de participação gratuita, mediante inscrição até 16 de abril.

Seminário Helena Avelar de Astronomia e Astrologia Antiga, por Levente László (Eötvös University).

BioISI Research Seminar, por Miguel Machuqueiro (BioISI - Ciências ULisboa).

Hi-Phi Seminar, por Ignacio García-Pereda (CIUHCT), Silvia Di Marco (CFCUL), Hugo Soares (CIUHCT) e João L. Cordovil (CFCUL).

Título/data/local do evento e imagem de arquivo do MUHNAC

Os estudantes de Ciências contra o regime ditatorial e colonialista - 1968-1974.

Título/data/local do evento e pormenor de pintura representando uma mulher

Reasoning Seminar, por José Manuel Mestre (University of St. Andrews/Stirling).

Logótipos da Sociedade Portuguesa de Física e da comemoração do respetivo Jubileu

Nesta sessão, organizada em parceria com o NFEF-FCUL, será lançado um postal dos CTT evocativo dos 50 anos da SPF e será feito o lançamento do volume 47, n.º 1 da Gazeta de Física.

Seminário Doutoral I (Doutoramento em História e Filosofia das Ciências), por Joana Lima de Oliveira.

Logótipo de Ciências ULisboa, título "Dia de Ciências 2024" e frase apelando à participação

23 de abril. Virgínia Dignum, especialista Nações Unidas para IA, é oradora convidada.

Título/data/local do evento e logótipos das entidades organizadoras

An event specifically focused on technicalities & Data Science.

Talk @LASIGE, por Fernando Gallego Donoso (University of Malaga, Computational Intelligence in Biomedicine - ICB).
 

Comemorações do 30.º aniversário da VicenTuna - Tuna da Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa.

Título "Bolsas de Doutoramento Unite! ULisboa", logótipos das entidades promotoras e fotografia de jovem investigadora a utilizar um laptop na esplanada de um café

O 3.º concurso decorre de 29 de março a 30 de abril.

O encontro reúne cientistas, profissionais e estudantes de diferentes áreas e regiões do país focados em desenvolver a investigação marinha, em linha com a Década da Ciência Oceânica para o Desenvolvimento Sustentável, proclamada pelas Nações Unidas (2021-2030).

Formação modular de 13 de abril a 11 de maio - produção em permacultura.

Logótipo da ação CLEANFOREST

Forests are exposed to multiple global change drivers, wich can constrain their ability to continue providing several ecosystem services (including climate change mitigation). Assessing responses - and underlined mechanisms -  at the whole ecosystem scale is paramount for a holistic understanding of forest response to global change.

Título e data do evento, inseridos em fotografia de cinco jovens em contexto de investigação

Pré-inscrições já disponíveis!

Título do curso

Curso Avançado CEAUL / Gades Solutions.

Os oradores plenários irão falar sobre a importância da interdisciplinaridade de forma acessível para todos, estando previstas palestras e apresentação de pósteres por alunos.

Logótipo do EVM 2024

Candidaturas até 15 de maio.

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