Opinião

A importância da Estatística na Bioinformática

Lisete Sousa
DEIO-FCUL

A Estatística atua em diversas áreas do conhecimento, sendo a Bioinformática uma das áreas de aplicação mais recentes.

Na realidade, o papel da Estatística na Bioinformática vai além de uma mera intervenção. Trata-se de um pilar indissociável da Bioinformática! A Estatística tem vindo a conquistar o seu espaço nesta nova área, tornando-se uma componente essencial de mérito reconhecido. Mas o que é a Bioinformática e como tem a Estatística vindo a ocupar paulatinamente uma posição de destaque?

Os crescentes avanços em Bioinformática são consequência da obtenção massiva de dados biomédicos e biológicos. Essa explosão de dados deu-se sobretudo a partir dos anos 90, nomeadamente, com os avanços na tecnologia de sequenciação de ADN e de proteínas. O acesso a grandes quantidades de dados, impulsionou o desenvolvimento de novos programas e metodologias que permitem recolhê-los, organizá-los e analisá-los, de forma a extrair toda a informação possível. Estas ferramentas, cujo perfil abrange várias áreas do conhecimento, entre as quais, a Biologia, a Estatística, a Informática, a Bioquímica e a Matemática, formam a base da disciplina de Bioinformática. Assim, pode-se dizer que a Bioinformática resulta da interdisciplinaridade entre várias ciências.

Um estatístico que se dedica a estudos na área da Bioinformática tem que ter a capacidade de utilizar as mais diversas metodologias estatísticas, para além de adquirir conhecimentos biológicos e computacionais. Muitas vezes, são metodologias recentes ou até mesmo metodologias que não utiliza frequentemente e que, por isso, implicam um estudo aprofundado. Por vezes, os dados têm uma natureza tão complexa que nem sequer há métodos estatísticos adequados para proceder à sua análise. Cria-se aqui uma janela de oportunidade para avanços na investigação e na produção científica na área da Estatística. O contributo da Estatística tem sido relevante em problemas tão distintos como, a identificação de genes com expressão diferencial sob duas (ou mais) condições experimentais diferentes, a identificação de grupos de proteínas que se relacionam (clusters), a classificação de indivíduos em vários tipos de determinado cancro, etc..

Um pouco por todo o mundo há cada vez mais estatísticos a trabalharem exclusivamente em Bioinformática. Um dos pioneiros foi Terry Speed, presidente da Divisão de Bioinformática, do Walter and Eliza Hall Institute of Medical Research, em Melbourne - Austrália, que viu o seu vasto trabalho na área da Bioinformática reconhecido este ano com a atribuição do prémio australiano “Prime Minister's Prizes for Science”. Entre outros, o seu contributo em vários julgamentos (como o de O. J. Simpson, por exemplo), enquanto estatístico especialista na análise de dados forenses, faz dele um dos estatísticos mais conceituados na área da Bioinformática. Tal como Terry Speed, também Simon Tavaré é um estatístico com provas dadas no mundo da Bioinformática. Professor na Universidade do Sul da Califórnia e na Universidade de Cambridge, para além de dirigir o Cancer Research UK Cambridge Institute, Simon Tavaré tem liderado vários grupos, projetos e doutoramentos em Estatística/Bioinformática. Uma carreira mais recente, mas igualmente reconhecida, tem Sandrine Dudoit, professora na Universidade da Califórnia. Aluna de doutoramento de Terry Speed em 1999, continua desde então a fazer investigação na área da Bioinformática. Autora de vários livros e publicações em revistas científicas da especialidade, é um nome que dispensa apresentação no meio da bioinformática.

Fonte: http://www.valiantsolutions.com

A comunidade estatística portuguesa teve o privilégio de ouvir Terry Speed e Simon Tavaré no “WSGP2005 – Workshop on Statistics in Genomics and Proteomics”, o primeiro workshop internacional do género realizado em Portugal, organizado pelo Centro de Estatística e Aplicações da Universidade de Lisboa, sob a responsabilidade de Antónia Turkman (DEIO-FCUL). Simon Tavaré esteve ainda presente no Follow-up Meeting do WSGP2005, no ano de 2007, em Coimbra. Estes eventos foram antecedidos por um ciclo de seminários sobre Estatística em Genética, organizado por Luísa Loura (DEIO-FCUL), os quais foram apresentados nas Universidades de Aveiro, Évora e Lisboa, em 2002. Desde então, vários encontros internacionais têm acontecido um pouco por todo o país.

Por outro lado, o século XXI tem-se pautado pelo aumento crescente de publicações científicas em Estatística/Bioinformática. Neste contexto, a FCUL oferece um mestrado em Bioinformática e Biologia Computacional com uma forte componente em Estatística. Além disso, o DEIO-FCUL possui na sua oferta educativa um mestrado em Bioestatística, que apesar de servir alunos com vários perfis, serve também aqueles que pretendem obter formação pós-graduada em Estatística para aplicar na análise de dados em Bioinformática.

Relativamente aos métodos desenvolvidos nesta área do conhecimento, estes podem ser tornados acessíveis, por exemplo, através do Bioconductor, um software livre para Bioinformática desenhado para o ambiente R e que fornece ferramentas para tratamento e análise de dados genómicos de elevada dimensão.

Os microarrays impulsionaram fortemente a geração de dados de elevadas dimensões e proporcionaram o desenvolvimento de muitos métodos estatísticos e algoritmos computacionais. Com a constante evolução tecnológica, os estatísticos deparam-se agora com um novo desafio: os dados de NGS (Next Generation Sequencing). Os dados produzidos por esta técnica revolucionária colocam à disposição dos estatísticos um vasto leque de perguntas e problemas extremamente complexos. Esta realidade, abre caminho para o desenvolvimento de novas metodologias e, assim, os estatísticos poderão ter um contributo substancial em avanços científicos e tecnológicos importantes para a sociedade, uma vez que grande parte destes estudos são na área da saúde. Num futuro próximo, estes e outros desafios serão cada vez mais demonstrativos da importância do papel desempenhado pela Estatística no campo multidisciplinar que é a Bioinformática.

Lisete Sousa, professora auxiliar do DEIO-FCUL e investigadora do CEAUL
Imagem de uma criança

– Mas do que é que tu gostas, Ana Isabel!? Tirando o bife, o frango e as batatas fritas, de que é que tu gostas, rapariga? Não comes feijão porque enfarta e com o grão é a mesma desculpa.

O primeiro grupo do exame de Química deste ano incluiu um excerto do livro “Química 12.º ano”, editado em 2001 e da autoria de Alda Pereira e de Maria Filomena Camões.

3 de junho de 1949 - 15 de agosto de 2013

É com uma profunda tristeza e eterna gratidão que comunicamos a morte da bióloga Alexandra Escudeiro, associada da Liga dos Amigos do Jardim Botânico.

Rui Malhó

As palestras e as comunicações em forma de póster foram de elevadíssima qualidade (77), facto que foi atestado pelos 230 participantes que louvaram ainda a organização do evento.

A Plataforma Moodle encontra-se em manutenção nos dias 7 e 8 de agosto.

Pedimos desculpa pelo incómodo.

Agradecemos a sua compreensão.

 

Unidade de Informática

 

De entre as matérias que ensino, esta tem sido inspiradora, transformando discretos alunos em cientistas empenhados: “Professora, consegui a bolsa para as microalgas tóxicas, vou seguir o meu sonho…”. Este artigo foi publicado no jornal "Público" no passado dia 2 de agosto.

Estão abertos concursos da FCT para

 

Concurso para atribuição de Bolsas Individuais de Doutoramento, Doutoramento em Empresas e Pós-Doutoramento

A 3ª fase de candidaturas online decorre de 1 de Agosto até 28 de Agosto.

As Nações Unidas procuram candidatos qualificados que desejem ter uma carreira profissional como funcionários internacionais.

Programa jovens profissionais 2013

Paulo Semblano,antigFCUL

A literacia estatística é fundamental para o exercício de cargos públicos ou de gestão e é indispensável nas nossas vidas, na vida das nossas empresas e para o exercício da cidadania.

FCUL Raly Pro

Everybody in this country should learn how to program a computer… Because it teaches you how to think”, citação de Steve Jobs, fundador da Apple, mencionada na sessão de abertura do evento FCUL Rally Pro.

A empresa Grupo Actuarial encontra-se a oferecer estágios remunerados a estatísticos, matemáticos e engenheiros informáticos .

A qualidade da formação será tão mais diferenciada quanto mais os seus graduados forem capazes de integrar habilmente as diversas competências que assimilaram no seu percurso académico.

Fernando Pessoa em destaque nas Redes Sociais

“[Pretendemos] identificar quais os versos e frases de Fernando Pessoa que mais inspiram os seus leitores de todo o mundo e, ao mesmo tempo, conduzir todos aqueles que usam as palavras de Pessoa aos seus textos originais”, explica Francisco Couto, professor do DI-FCUL e coordenador do projeto.

foto de Microsonda

A Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa (FCUL) conta com 3 infraestruturas de investigação registadas na base de dados do projecto MERIL - Mapping of the European Research Infrastructures Landscape.

Dupla Titulação em Geologia - Ano lectivo 2013-2014

Convénio de Cooperação Académica entre o Instituto de Geociências da USP e o GeoFCUL

FCUL promove sessão de informação sobre oportunidades de financiamento no âmbito dos Desafios Societais 2 e 5.

“O principal objetivo é precisamente mostrar o que o EMBL tem para oferecer aos investigadores portugueses (e aos da FCUL, muito em particular) e também demonstrar o que pode ser feito em cooperação com o [laboratório].”, declara Margarida Amaral, docente da FCUL e membro do conselho de organização do evento.

Estão abertas as candidaturas à edição de 2013 do Prémio Academia Lx, destinado a trabalhos de investigação e estudos sobre temas com relevância prática para a cidade de Lisboa.  

Aceitam-se candidaturas de docentes para inclusão numa  Bolsa de Recrutamento, para a Área de Finanças e Economia - Secção Autónoma de Estatística, d

FCUL promove cooperação com EMBL

A passagem do diretor-geral do EMBL pela FCUL, foi registada através de uma reportagem multimédia. Fique a saber mais sobre esta visita bem como os pormenores do evento “Molecular Biology in Portugal and EMBL”!

De 8 de Julho a 30 de Agosto as bibliotecas do C4 e C8 têm alteração nos horários de funcionamento

Doctorate in Applied and Engineering Physics

Programa Doutoral em Física Aplicada e Engenharia Física

Arthur Vieira, estudante do mestrado integrado em Engenharia Física e Emiliano Pinto, aluno de mestrado em Física Nuclear e Partículas, são os diretores da revista trimestral do Departamento de Física da FCUL e  que integra uma equipa editorial constituída por outros 16 discentes.

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