Seminário Doutoral do Departamento de Informática

Biomedical Knowledge Graph Embeddings with Negative Statements

Sala 6.3.27, Ciências ULisboa

Por Rita Sousa (orientadoras: Cátia Pesquita e Sara Silva).

A knowledge graph is a powerful representation of real-world entities and their relations. The vast majority of these relations are defined as positive statements, but the importance of negative statements is increasingly recognized, especially under an Open World Assumption. Explicitly considering negative statements has been shown to improve performance on tasks such as entity summarization and question answering or domain-specific tasks such as protein function prediction.

However, no attention has been given to the exploration of negative statements by knowledge graph embedding approaches despite the potential of negative statements to produce more accurate representations of entities in a knowledge graph.

We propose a novel approach, TrueWalks, to incorporate negative statements into the knowledge graph representation learning process.

In particular, we present a novel walk-generation method that is able to not only differentiate between positive and negative statements but also take into account the semantic implications of negation in ontology-rich knowledge graphs. This is of particular importance for applications in the biomedical domain, where the inadequacy of embedding approaches regarding negative statements at the ontology level have been identified as a crucial limitation.

We evaluate TrueWalks in ontology-rich biomedical knowledge graphs in two different predictive tasks based on KG embeddings: protein-protein interaction prediction and gene-disease association prediction. We conduct an extensive analysis over established benchmarks and demonstrate that our method is able to improve the performance of knowledge graph embeddings on all tasks.

12h00-13h00
Departamento de Informática | Ciências ULisboa
Composição do logótipo da ULisboa e de representação do rosto humano à base de relógios

Consegue comunicar eficazmente a sua investigação de doutoramento em 3 minutos?

Fotografia de Carlos Paredes

Concerto no âmbito do programa Música na Universidade de Lisboa.

Título do curso, sobre uma fotografia do Large Hadron Collider

The objective of the course is to introduce the physics, analysis methods and results on the physics areas covered by the LHC experiments.

Seminário de Geometria e Física, por Alejandro Calleja (Univ. Complutense, Madrid).

Seminário de Tese (Doutoramento em Biologia e Ecologia das Alterações Globais), por Friederike Peiffer.

Seminário de Lógica Matemática, por Pedro Ângelo (Universidade de Lisboa - LASIGE).

A reunião, aberta a toda a comunidade estudantil, tem como objetivo esclarecer os mecanismos processuais de formalização de todas as realidades associativas existentes, a potencial criação de novas e a implementação e funcionamento futuros do FAC

Fotografia de árvores sem folhas e de bancos de jardim

Estudantes de pós-graduação em Matemática de CIÊNCIAS falam, de forma descontraída e informal, sobre o seu trabalho.

Título/data/local do evento e fotografia do orador

Talk @DI, por Alex Davidson (DI/FCUL).

Banner do Dia do DEGGE 2025.

Um evento dedicado às três áreas de estudo do Dia do Departamento de Engenharia Geográfica, Geofísica e Energia: Engenharia da Energia e Ambiente; Meteorologia, Oceanografia e Geofísica; Engenharia Geoespacial.

Título/data do programa, logótipo da ULisboa e fotografia de jovem a ouvir música de olhos fechados

Uma introdução à prática de meditação onde vais aprender a gerir as tuas emoções, pensamentos e desenvolver um relacionamento saudável contigo e com os outros - inscrições até 21 de fevereiro.

Título/data/local do evento e fotografia de vegetais

Workshop hands-on, dirigido a todos os estudantes da ULisboa.

Seminário de Geometria, por Marcos Petrúcio Cavalcante (Universidade Federal de Alagoas - UFAL).

Pormenor de pessoa sentada a ler um livro

Maiores de 50 anos - Candidaturas até 14 de fevereiro.

Logótipo do evento

An annual event aimed to promote the research done by CIÊNCIAS Researchers in the field of Biotechnology, with a special emphasis on Blue and Green biotechnological solutions for a sustainable tomorrow.

NCPInTheHouse 2025

Registration on the workshop is free but mandatory - deadline: 24 February.

Se queres saber mais informações sobre os cursos de CIÊNCIAS, não deixes de participar!

Título "Bolsas de Doutoramento Unite! ULisboa", logótipos das entidades promotoras e fotografia de jovem investigadora a utilizar um laptop na esplanada de um café

O 4.º concurso decorre até 28 de fevereiro.

Título "Bolsas Alumni Solidárias" e fotografia de grupo de alunos

As candidaturas decorrem até 28 de fevereiro.

Pormenor de membro de orquestra

Concerto no âmbito do programa Música na Universidade de Lisboa.

Composição de imagens relativas à área das ciências forenses

O curso visa disponibilizar aos profissionais com formação universitária inicial ao nível da licenciatura os conhecimentos básicos e a informação necessária ao eventual futuro ingresso e exercício de funções em áreas Médico-Legais e Forenses - candidaturas até 05 de fevereiro.

Microplásticos em suspensão no oceano

O curso tem como objetivo dar formação sobre a problemática da contaminação por detritos de plástico dos nossos ecossistemas, bem como alertar para os potenciais efeitos deletérios nos organismos - candidaturas até 05 de fevereiro

Cientista a trabalhar com tubos de ensaio

O curso forma profissionais para atividade na área das Análises Clínicas ou Patologia Clínica - candidaturas a decorrer.

Logótipo do evento

A iniciativa tem como principal objetivo promover uma discussão construtiva sobre a estratégia da ULisboa no âmbito da sustentabilidade e destacar boas práticas das Escolas apresentadas pelas Associações de Estudantes.

Título do curso

Ao longo de 10 horas serão abordados temas tais como contornar as principais dificuldades na comunicação da Biodiversidade, como usar histórias, ou a importância dos conceitos científicos na hora de os comunicar.

Páginas