Seminário Doutoral do Departamento de Informática

Biomedical Knowledge Graph Embeddings with Negative Statements

Sala 6.3.27, Ciências ULisboa

Por Rita Sousa (orientadoras: Cátia Pesquita e Sara Silva).

A knowledge graph is a powerful representation of real-world entities and their relations. The vast majority of these relations are defined as positive statements, but the importance of negative statements is increasingly recognized, especially under an Open World Assumption. Explicitly considering negative statements has been shown to improve performance on tasks such as entity summarization and question answering or domain-specific tasks such as protein function prediction.

However, no attention has been given to the exploration of negative statements by knowledge graph embedding approaches despite the potential of negative statements to produce more accurate representations of entities in a knowledge graph.

We propose a novel approach, TrueWalks, to incorporate negative statements into the knowledge graph representation learning process.

In particular, we present a novel walk-generation method that is able to not only differentiate between positive and negative statements but also take into account the semantic implications of negation in ontology-rich knowledge graphs. This is of particular importance for applications in the biomedical domain, where the inadequacy of embedding approaches regarding negative statements at the ontology level have been identified as a crucial limitation.

We evaluate TrueWalks in ontology-rich biomedical knowledge graphs in two different predictive tasks based on KG embeddings: protein-protein interaction prediction and gene-disease association prediction. We conduct an extensive analysis over established benchmarks and demonstrate that our method is able to improve the performance of knowledge graph embeddings on all tasks.

12h00-13h00
Departamento de Informática | Ciências ULisboa
Logótipo da conferência

The 2024 Conjugate Margins Conference will be held in Lisbon, Portugal, following the successful event in Marrakesh, Morocco in 2022, and is espected to attract participants from a variety of countries, public and private institutions, students, researchers and professionals.

Seminário de Formação Avançada em Jardins, Paisagens e Ambiente, por André Murgia (Università degli Studi di Cagliari).

Seminário do Centro de Física Teórica e Computacional, por João Carvalho (Soft and Biological Matter - CFisUC, Department of Physics, University of Coimbra, Portugal).

Seminário por Pavel Dvořák (TIFR / Charles University).

Seminário Helena Avelar de Astronomia e Astrologia Antiga, por Francisco Malta Romeiras (Universidade de Lisboa).

Título/data/local do evento e pintura de casa na planta de um pé

Sessão inaugural do Ciclo de Debates "Pensar a Dois Tempos".

Título do prémio

As candidaturas decorrem até ao dia 31 de maio.

O objetivo deste workshop é juntar especialistas portugueses e espanhóis em história política, cultural, científica e marítima do século XVI que, num ambiente informal, irão debater a importância deste intercâmbio.

Título do programa e logótipos das entidades organizadoras, sobre fotografia do espaço

Candidaturas até 03 de junho.

Inscrições até 24 de maio.

Criança a segurar num globo terrestre

A conferência é dedicada ao tema "Desafios em Saúde Planetária: Capacitar Comunidades para a Mudança".

Pormenor de linguagem corporal (braços e mãos) de pessoa a dialogar

Ação de formação para docentes e investigadores de Ciências.

Seminário do Centro de Estatística e Aplicações da Universidade de Lisboa e do Centro de Matemática Computacional e Estocástica, por Fernando Moura (Universidade Federal do Rio de Janeiro, Brasil).

Título/data/local do evento, sobre representação do cérebro humano

Quatro dos doze finalistas da competição são de Ciências ULisboa.

Título/data/local do evento, logótipos da Rede MAR/ULisboa e fotografia de zona costeira

Candidaturas até 31 de maio.

Pormenor de duas pessoas a trabalharem em frente a um ecrã de computador

Inscrições de docentes e investigadores de Ciências até 02 de junho.

Feixes luminosos

Envio de propostas até 20 de junho.

An opportunity to get acquainted with some of the most promising contemporary topics in the exciting interdisciplinary area of scientific culture: the interactions of mathematics and music.

Título/data/local do evento e imagem representativa de pessoa a trabalhar num mundo tecnológico

As Jornadas Científicas 2024 da Universidade de Lisboa são dedicadas ao tema “Impacto Atual e Futuro da Inteligência Artificial no Trabalho”.

Pessoa ajoelhada no hall de edifício pejado de luzes

Ação de formação para docentes e investigadores de Ciências.

Título/data/local do evento, sobre a Tabela Periódica

This year's program will cover two plenary sessions hosted by Susete Pinteus and Hugo Miranda, complemented by oral presentations, flash talks, and poster communications. Finally, a round table discussion will take place at the end of our meeting.

Logótipo do prémio

As candidaturas à 11.ª edição decorrem até 28 de junho.

Logótipo Moodle

Ação de formação para docentes e investigadores de Ciências.

Vai realizar-se em Lisboa, nos dias 28 e 29 de junho de 2024, o 37.º Encontro do Seminário Nacional de História da Matemática.

Logótipo do Verão na ULisboa, sobre um fundo amarelo

Uma oportunidade única de conheceres e experimentares o ritmo e o espírito da vida académica!

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