Seminário Doutoral do Departamento de Informática

Biomedical Knowledge Graph Embeddings with Negative Statements

Sala 6.3.27, Ciências ULisboa

Por Rita Sousa (orientadoras: Cátia Pesquita e Sara Silva).

A knowledge graph is a powerful representation of real-world entities and their relations. The vast majority of these relations are defined as positive statements, but the importance of negative statements is increasingly recognized, especially under an Open World Assumption. Explicitly considering negative statements has been shown to improve performance on tasks such as entity summarization and question answering or domain-specific tasks such as protein function prediction.

However, no attention has been given to the exploration of negative statements by knowledge graph embedding approaches despite the potential of negative statements to produce more accurate representations of entities in a knowledge graph.

We propose a novel approach, TrueWalks, to incorporate negative statements into the knowledge graph representation learning process.

In particular, we present a novel walk-generation method that is able to not only differentiate between positive and negative statements but also take into account the semantic implications of negation in ontology-rich knowledge graphs. This is of particular importance for applications in the biomedical domain, where the inadequacy of embedding approaches regarding negative statements at the ontology level have been identified as a crucial limitation.

We evaluate TrueWalks in ontology-rich biomedical knowledge graphs in two different predictive tasks based on KG embeddings: protein-protein interaction prediction and gene-disease association prediction. We conduct an extensive analysis over established benchmarks and demonstrate that our method is able to improve the performance of knowledge graph embeddings on all tasks.

12h00-13h00
Departamento de Informática | Ciências ULisboa

Seminário do Laboratório de Instrumentação e Física Experimental de Partículas, por Pedro Cruz (Northeastern University).

Logótipo do EVM 2024

Por Giosuè Muratore (DM Ciências ULisboa e CMAFcIO).

Logótipo do EVM 2024

Por Pedro Duarte (DM Ciências ULisboa, CMAFcIO).

Título do programa, sobre mosaico de fotografias de jovens cientistas

As candidaturas encontram-se encerradas. Obrigada aos quase 80 candidatos/as!

Fotografia de ilha

Seminários Doutorais no âmbito da disciplina de Projeto de Investigação (Doutoramento em Ciências do Mar).

Logótipo do EVM 2024

Por Maria Manuel Torres (DM Ciências ULisboa e CMAFcIO).

Seminário do Centro de Matemática, Aplicações Fundamentais e Investigação Operacional, por Baptiste Claustre (aluno ENS Lyon, estagiário CMAFcIO).

Logótipo do EVM 2024

Por: Jorge Buescu (DM Ciências ULisboa e CMAFcIO).

Titulo e data do evento, com imagem de ponte sobre o tejo

Um evento organizado no âmbito da Ação COST EURO-MIC, de cujo Comitê de Gestão Elisabete Silva, líder do Bioactive and Multifunctional Materials Lab do BioISI, faz parte.

Logótipo do EVM 2024

Por Jean-Baptiste Casteras (DM Ciências ULisboa e CMAFcIO).

Chegou a hora: os participantes do Programa Ser Cientista vão apresentar os projetos que desenvolveram ao longo de uma semana, acompanhados por docentes e investigadores de CIÊNCIAS. E todos podem assistir!

Imagem do evento

Extended enrolement date until July 12th.

Logótipo do evento, sobre um fundo branco

Um evento de reunião da comunidade nacional nas diversas vertentes da informática, com a ambição de ser o fórum de eleição para a divulgação, discussão e reconhecimento de trabalhos científicos.

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Investigação Ecológica ao Serviço da Conservação

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