PhD in Informatics Seminar

Evolving meaning for supervised learning in complex biomedical domains using knowledge graphs

Transmissão através de Videoconferência

Por Rita Sousa.

In recent years, the explosion in complexity and heterogeneity of data has motivated a new paradigm, where millions of semantically-described entities are available in knowledge graphs (KGs). Different KGs have been exploited in a wide variety of data mining and machine learning tasks, namely the prediction of specific relations between entities that correspond to KG instances but whose relationship is not encoded in the graph. This scenario has various bioinformatics applications, such as predicting protein-protein interactions, drug-drug interactions or gene-disease associations.

Many of the existing KG-based approaches for machine learning use KGs for generating static semantic representations, which are then used as features. These semantic representations can be considered static since they consider the full graph, blind to the fact that unnecessary information for representations can introduce noise. In applications where the target is encoded in the KG, this problem is mitigated. However, when the classification targets are not a part of the KG, representations cannot be trained on the targets. The problem is exacerbated in complex domains, such as the biomedical, where KGs represent multiple views (or semantic aspects) over the underlying data, some of which may be less relevant to train the model. This brings up the challenge of tailoring the semantic representation of the KGs entities to a specific goal.

This Ph.D. project aims to address this challenge by developing novel machine learning-based approaches to learn suitable semantic representations of data objects extracted from KGs to support specific supervised learning tasks in bioinformatics applications. The novel approaches are anchored in a framework that integrates semantic representation approaches and learning approaches, and allows a comparative evaluation using benchmarks. This framework was successfully applied to protein-protein interaction prediction with significant improvements over manually defined static semantic representations, and to learn similarity functions adapted to different biological perspectives.

More information: https://moodle.ciencias.ulisboa.pt/course/view.php?id=2964#section-2


Zoom

12h00
Foto do logótipo da FCiências.ID

1 de julho, 14h00: CIÊNCIAS e a FCiências.ID convidam a sua comunidade científica a assistir à sessão de apresentação dos projetos de Investigação e Desenvolvimento (I&D) realizados no âmbito dos Concursos Internos de Projetos de Investigação e Inovação de CIÊNCIAS.

Estátua representativa da biodiversidade do planeta Terra

Seminário Doutoral III (Doutoramento em Biologia - Especialidade de Biologia Evolutiva), por João Miguel Moreno.

Seminário do Centro de Estatística e Aplicações da Universidade de Lisboa e do Centro de Matemática Computacional e Estocástica, por Alejandra Andrea Tapia Silva (Pontificia Universidad Católica de Chile).

Logótipo, data e local do evento

Com o tema “Ciência, Inovação e Sociedade”, o encontro será um palco de promoção e discussão do impacto científico, social, cultural e económico da investigação em Portugal.

Horta Solar

E se fosse possível experimentar um curso universitário antes de concorrer ao ensino superior? Agora já é!

Título/data do evento e vários objetos museológicos

Este curso visa fornecer uma visão atualizada do potencial das coleções museológicas para a investigação da biodiversidade. Mais especificamente, pretende apresentar estudos de caso sobre o valor dos museus e a utilização de coleções e espécimes no século XXI, utilizando novas tecnologias e métodos analíticos.

Título e local do evento

O evento visa promover o diálogo interdisciplinar sobre estruturas de proteínas, doenças conformacionais e tecnologias baseadas em proteínas.

Computabilidade na Europa (CiE) - uma série interdisciplinar de conferências internacionais organizada pela Associação Computabilidade na Europa (ACiE).

Título e datas do programa de estágios

Preparados para explorar a investigação de perto?

Águas subterrâneas

Curso acreditado para efeitos de progressão na carreira dos professores na dimensão cientifico-pedagógica dos grupos 420 e 520.

Um workshop com o objetivo de reunir académicos que abordam a história da ecologia - e a evolução da própria disciplina - a partir de uma variedade de perspetivas.

Orquestra

Concerto no âmbito do programa Música na Universidade de Lisboa,

A 10.ª edição do Ser Cientista realiza-se entre 21 e 25 de julho - vem investigar connosco!

Pormenor de lâmpada

Candidaturas a decorrer de 01 a 30 de setembro.

Microplásticos no ocerano

O curso procura dar formação sobre a problemática da contaminação por detritos de plástico dos nossos ecossistemas, bem como alertar para os potenciais efeitos deletérios nos organismos, utilizando uma abordagem de ensino científico, com um discurso adequado a formandos sem formação científica - candidaturas até 03 de agosto.

Logótipo do evento, sobre fotografia dos Açores

Um simpósio internacional que reúne investigadores especializados em várias disciplinas (taxonomia, ecologia da vegetação, biogeografia, filogeografia, paleoecologia ou conservação da biodiversidade), focados na flora e vegetação terrestre e marinha da região da Macaronésia (Açores, Madeira, Selvagens, Canárias e Cabo Verde).

Quatro investigadores num laboratório

O curso visa capacitar investigadores, docentes e técnicos para integrar os princípios da economia circular em ambientes laboratoriais académicos - candidaturas até 16 de setembro.

Três investigadores num laboratório

O curso visa capacitar profissionais para aplicar os princípios da economia circular em ambientes laboratoriais industriais, promovendo práticas sustentáveis e eficientes - candidaturas até 17 de setembro.

Composição de imagens relativas à área das ciências forenses

O curso visa dotar os formandos com os conhecimento necessários à integração de equipas profissionais multidisciplinares nas áreas Médico-Legais e Forenses, em Laboratórios ou Serviços Médico-Legais e Forenses - candidaturas até 27 de julho.

Logótipo do evento

Physics Day é um evento promovido pelo Departamento de Física da Faculdade de Ciências da ULisboa, com um duplo objetivo: valorizar a diversidade e excelência da formação dos doutorados e promover um espaço de diálogo direto entre empresas e estudantes.

Cientista a trabalhar com tubos de ensaio

Os participantes neste curso irão adquirir os conhecimentos essenciais à integração de equipas profissionais multidisciplinares na área das Análises Clínicas/Patologia Clínica, em laboratórios privados, públicos, hospitalares ou do Estado - candidaturas até 27 de julho.

Gotas de água

O curso visa capacitar os formandos para a aplicação dos índices de qualidade ecológica utilizados na avaliação da qualidade ambiental em sistemas de transição, no âmbito da Diretiva Quadro da Água (DQA) - candidaturas até 31 de agosto.

Saída de campo (Geologia)

O curso, com candidaturas até 20 de julho, convida os professores do Ensino Básico e Secundário a explorar a Geologia a partir das rochas que afloram nas imediações da sua escola.

Composição de três imagens relativas à área da deteção remota

2.ª edição do curso, com candidaturas até 18 de outubro.

A conferência visa reunir os principais especialistas no domínio da Imagiologia Médica por Micro-ondas (MMWI) e incluirá palestras, apresentações e pósteres de resumos revistos por pares e artigos de conferências, bem como workshops em áreas satélite de investigação com interesse para a investigação em MMWI.