PhD in Informatics Seminar

Evolving meaning for supervised learning in complex biomedical domains using knowledge graphs

Transmissão através de Videoconferência

Por Rita Sousa.

In recent years, the explosion in complexity and heterogeneity of data has motivated a new paradigm, where millions of semantically-described entities are available in knowledge graphs (KGs). Different KGs have been exploited in a wide variety of data mining and machine learning tasks, namely the prediction of specific relations between entities that correspond to KG instances but whose relationship is not encoded in the graph. This scenario has various bioinformatics applications, such as predicting protein-protein interactions, drug-drug interactions or gene-disease associations.

Many of the existing KG-based approaches for machine learning use KGs for generating static semantic representations, which are then used as features. These semantic representations can be considered static since they consider the full graph, blind to the fact that unnecessary information for representations can introduce noise. In applications where the target is encoded in the KG, this problem is mitigated. However, when the classification targets are not a part of the KG, representations cannot be trained on the targets. The problem is exacerbated in complex domains, such as the biomedical, where KGs represent multiple views (or semantic aspects) over the underlying data, some of which may be less relevant to train the model. This brings up the challenge of tailoring the semantic representation of the KGs entities to a specific goal.

This Ph.D. project aims to address this challenge by developing novel machine learning-based approaches to learn suitable semantic representations of data objects extracted from KGs to support specific supervised learning tasks in bioinformatics applications. The novel approaches are anchored in a framework that integrates semantic representation approaches and learning approaches, and allows a comparative evaluation using benchmarks. This framework was successfully applied to protein-protein interaction prediction with significant improvements over manually defined static semantic representations, and to learn similarity functions adapted to different biological perspectives.

More information: https://moodle.ciencias.ulisboa.pt/course/view.php?id=2964#section-2


Zoom

12h00

Seminário do Instituto de Astrofísica e Ciências do Espaço, por Pier-Stefano Corasaniti (Observatoire de Paris-Meudon, France).

Seminário de Lógica Matemática, por Antonio Piccolomini D'Aragona (University of Tübingen/University of Siena).

Seminário do Centro de Física Teórica e Computacional, por Hugo Terças (Departamento de Física do Instituto Superior de Engenharia de Lisboa, Instituto Politécnico de Lisboa / Instituto de Plasmas e Fusão Nuclear, Instituto Superior Técnico, Universidade de Lisboa, Portugal).

Um programa estruturado que combina discussões em grupo, exploração de carreira e workshops informativos, com inscrições até 23 de maio.

Uma oportunidade para fortalecer a cultura de segurança e bem-estar em CIÊNCIAS.

Logótipo do EVM 2025

O objetivo é proporcionar a estudantes de todo o país - que estejam a concluir o 2.º ou 3.º ano de licenciaturas em Matemática, Física ou áreas afins - a oportunidade de participar num projeto de investigação com a duração de duas semanas - candidaturas até 28 de maio.

Seminário no âmbito do Doutoramento em Biologia e Ecologia das Alterações Globais, por Pierina Jocelyn Mendoza Yengle.

Cartaz do filme "O Melhor dos Mundos"

A 29 de maio o filme "O Melhor dos Mundos” é exibido numa sessão especial em CIÊNCIAS, promovida pela FCiências.ID e o Instituto Dom Luiz. Após a projeção do filme, realiza-se uma mesa redonda com quatro especialistas em Sismologia, que responderão a perguntas do público.

Uma oportunidade única para interagir com a comunidade global de computação científica.

Logótipo Moodle

Ação de formação para docentes e investigadores de CIÊNCIAS.

Copilot Chat

Nesta sessão, serão exploradas as funcionalidades e benefícios do Microsoft 365 Copilot Chat de forma personalizada à comunidade académica de CIÊNCIAS.

Logótipo Mentimeter

Ação de formação para docentes e investigadores de CIÊNCIAS.

Luís Saraiva (Ciências ULisboa) é o coordenador nacional do evento.

Título/data/local do evento e iconografia representativa de energias renováveis

Junta-te a esta revolução energética e faz a diferença!

Comemoração do Dia Mundial da Segurança dos Alimentos em CIÊNCIAS.

Neste curso ficarás a saber como te podes tornar um permacultor eficiente, produtivo e consciente! O curso está preparado para iniciantes na prática de permacultura.

Formação - Cultivar em Permacultura.

Pessoas a interagirem em frente a um computador portátil

As inscrições para a edição de 2025 da formação decorrem até às 17h do dia 23 de maio.

Químico a escrever fórmulas num quadro

Curso acreditado para efeitos de progressão na carreira dos professores do Ensino Básico e Secundário do Grupo 510 (CCPFC/ACC-118288/22), com candidaturas até 18 de maio.

Curso destinado a estudantes de Mestrado e de Doutoramento, bem como a profissionais que desenvolvam investigação científica na área da saúde.

Título/data/local do evento e fotografia do mar

Quais são os conceitos-chave para enfrentar os atuais desafios marinhos e costeiros? 

Representação de programação R

This course aims at providing students with basic knowledge of R programming, allowing them to manipulate and visualize data with R.

The conference focuses on "Algebra and its role in Computer Science", with special emphasis on the areas of study related to the work of M. V. Volkov, such as semigroups and automata.

Logótipo do Verão na ULisboa, sobre um fundo azul

Candidaturas a partir de 07 de abril!

Título/data/local do evento e fotografia do espaço

How far will you go? The IA Summer Program 2025 is your launchpad to the Universe - apply until 26 May!

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