PhD in Informatics Seminar

Evolving meaning for supervised learning in complex biomedical domains using knowledge graphs

Transmissão através de Videoconferência

Por Rita Sousa.

In recent years, the explosion in complexity and heterogeneity of data has motivated a new paradigm, where millions of semantically-described entities are available in knowledge graphs (KGs). Different KGs have been exploited in a wide variety of data mining and machine learning tasks, namely the prediction of specific relations between entities that correspond to KG instances but whose relationship is not encoded in the graph. This scenario has various bioinformatics applications, such as predicting protein-protein interactions, drug-drug interactions or gene-disease associations.

Many of the existing KG-based approaches for machine learning use KGs for generating static semantic representations, which are then used as features. These semantic representations can be considered static since they consider the full graph, blind to the fact that unnecessary information for representations can introduce noise. In applications where the target is encoded in the KG, this problem is mitigated. However, when the classification targets are not a part of the KG, representations cannot be trained on the targets. The problem is exacerbated in complex domains, such as the biomedical, where KGs represent multiple views (or semantic aspects) over the underlying data, some of which may be less relevant to train the model. This brings up the challenge of tailoring the semantic representation of the KGs entities to a specific goal.

This Ph.D. project aims to address this challenge by developing novel machine learning-based approaches to learn suitable semantic representations of data objects extracted from KGs to support specific supervised learning tasks in bioinformatics applications. The novel approaches are anchored in a framework that integrates semantic representation approaches and learning approaches, and allows a comparative evaluation using benchmarks. This framework was successfully applied to protein-protein interaction prediction with significant improvements over manually defined static semantic representations, and to learn similarity functions adapted to different biological perspectives.

More information: https://moodle.ciencias.ulisboa.pt/course/view.php?id=2964#section-2


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12h00
Pormenor de pintura representativa da cidade de Aden

O curso, com Jorge Flores (CIUHCT), oferece uma visão da história da Ásia a partir de cidades portuárias cruciais nas relações com o Ocidente.

Logótipo MindTec

5 de maio - lançamento do projeto de rebranding interno que pretende repensar e redesenhar, em conjunto com a nossa comunidade académica, a identidade do Tec Labs.

Logótipo C-Academy

O curso oferece uma base sólida sobre os fundamentos e práticas essenciais para proteger sistemas e dados num mundo cada vez mais digital - candidaturas até 13 de abril.

Fotografia de fábrica a emitir poluição para a atmosfera

The course aims at enabling the participants to use different methods to measure the impacts of pollutants on ecosystems.

Performance teatral

A apresentação pública do FATAL - Festival Anual de Teatro Académico de Lisboa contará com uma homenagem a Rogério de Carvalho, figura marcante do Teatro português, sendo igualmente apresentada a programação do festival.

Seminário do Centro de Física Teórica e Computacional, por Fábio Chalub (NOVA Math, Universidade NOVA de Lisboa, Portugal).

Curso destinado a todos que necessitem de realizar análise de dados com recurso ao R.

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Bem-vindos a Ciências ULisboa!

Um concurso de programação dirigido aos alunos do ensino secundário (11.º e 12.º anos), que visa promover a prática e o gosto pela programação.

Vista a partir de cima de pessoas a trabalharem sobre uma mesa de madeira

CIÊNCIAS desenvolve um conjunto de atividades de apoio aos Doutorandos, periodicamente enquadradas no âmbito do PhD Support Programme.

Logótipo do LIP Summer Internship Program

Um programa destinado a estudantes de Física e Engenharia com interesse em investigação científica e tecnológica, com candidaturas até 11 de maio.

O encontro tem como objetivo divulgar e promover os resultados da investigação produzidos nos dois pólos do Centro de Química Estrutural (CIÊNCIAS e IST), estimulando a criatividade, o trabalho interdisciplinar e o espírito científico.

Fotografia de Chapim-azul

The goal of this course is to provide the participants with the most recent and practical knowledge on the use of Functional Diversity.

O evento reunirá alunos de Ciências ULisboa e do ISCAL, proporcionando-lhes uma oportunidade única para apresentarem e defenderem os seus projetos empreendedores num formato de pitch.

Mão a segurar em globo de vidro

Curso acreditado pelo CCPFC para efeitos de progressão na carreira dos professores na dimensão cientifico-pedagógica dos grupos 230, 420, 510, 520 e 560, com candidaturas até 30 de abril.

Título/data/local do evento, logótipos das entidades organizadoras e fotografia de peixe

The event aims to facilitate the exchange of information and knowledge among professionals to advance the understanding, collaboration and capabilities of aquaculture to respond to the impact of climate change in a rapidly changing global environment.

Uma oportunidade única para interagir com a comunidade global de computação científica, com inscrições (preço reduzido) até 02 de maio.

Logótipo Moodle

Ação de formação para docentes e investigadores de CIÊNCIAS.

Título/data/local do evento e iconografia representativa de energias renováveis

Inscrições até 16 de maio! Junta-te a esta revolução energética e faz a diferença!

Químico a escrever fórmulas num quadro

Curso acreditado para efeitos de progressão na carreira dos professores do Ensino Básico e Secundário do Grupo 510 (CCPFC/ACC-118288/22), com candidaturas até 18 de maio.

Curso destinado a estudantes de Mestrado e de Doutoramento, bem como a profissionais que desenvolvam investigação científica na área da saúde.

Título/data/local do evento e fotografia do mar

Quais são os conceitos-chave para enfrentar os atuais desafios marinhos e costeiros? 

Representação de programação R

This course aims at providing students with basic knowledge of R programming, allowing them to manipulate and visualize data with R.

The conference focuses on "Algebra and its role in Computer Science", with special emphasis on the areas of study related to the work of M. V. Volkov, such as semigroups and automata.

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Candidaturas a partir de 07 de abril!

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