Talks @LASIGE

Information extraction from electronic health records

Sala 6.3.27, Ciências ULisboa

Por Fernando Gallego Donoso (University of Malaga, Computational Intelligence in Biomedicine - ICB).

Following the digitization of health reports into electronic health records (EHR), the need for techniques or algorithms to extract and leverage the information within these records has significantly increased. Natural language processing (NLP), specifically subfields such as named entity recognition (NER) and named entity linking (NEL) to different standards, is one of the main solutions. However, due to the nature of these records, which are often not shared due to privacy concerns, the available samples are scarce or virtually non-existent. In recent years, several shared tasks, mainly carried out by Barcelona Supercomputing Center (BSC), have emerged, providing researchers with new annotated records to improve the state of the art in NER and NEL. With this increase in data, NER has managed to accurately detect entities present in domain-specific texts. Despite this, knowledge bases (KBs) used as annotation standards, such as SNOMED-CT or the Unified Medical Language System (UMLS), are vast, with the latter encompassing over 3.5 million concepts in Spanish. This, combined with the diversity and heterogeneity of language, whether focusing on a single language or adding complexity by considering multiple languages, renders traditional approaches like classification ineffective. This has led me to explore alternative solutions that maximize performance in this series of tasks through the use of contrastive learning, the enrichment of knowledge bases, and their potential combinations with more traditional approaches. In this talk, I will explain the developments in natural language processing, mainly in named entity recognition and subsequent linking, with the latest advancements in the clinical domain. Furthermore, I'll delve into how these innovations are poised to revolutionize the accessibility and utility of health data, paving the way for more personalized and efficient healthcare solutions.

Bio: Fernando is a Ph.D. candidate at University of Malaga, and member of the Computational Intelligence in Biomedicine (ICB). His work focuses on extracting information present in electronic health records and leveraging it to improve decision-making in the medical sector. In this regard, natural language processing techniques such as named entity recognition or linking to different standards are essential.

16h00
LASIGE Computer Science and Engineering Research Centre
Astronauta, banhado pela luz solar, no meio de uma floresta

Candidaturas até 30 de julho - um evento único, que reunirá estudantes de mestrado e doutoramento com investigadores e líderes da indústria de toda a Europa para uma experiência inesquecível.

Lupa e caneta sobre página com texto e gráfico

O curso visa dar formação inicial a estudantes de pós-graduação sobre o processo de escrita, submissão e publicação de trabalhos científicos, focando principalmente a publicação de artigos científicos em revistas internacionais com revisão por pares.

Iconografia relacionada com a temática do curso

O curso fornece uma exploração aprofundada de isótopos estáveis como uma ferramenta valiosa em Ecologia, usando assinaturas isotópicas para rastrear processos ecológicos e revelando insights sobre o ciclo de nutrientes e água, interações de espécies e condições ambientais em diversos ecossistemas e comunidades.

Composição de três imagens relativas à área da deteção remota

2.ª edição do curso, com candidaturas até 18 de outubro.

O evento pretende reunir investigadores que trabalhem sobre temas ligados à indústria e sobre património técnico e industrial, para uma reflexão prospetiva sobre o património industrial e atuais vias de colaboração no seu estudo, salvaguarda e preservação.

Computador portátil a projetar imagem de sequência biológica

O curso visa a aquisição de conhecimentos sobre as ferramentas bioinformáticas disponíveis para efetuar análises de sequências de DNA e proteínas, bem como a autonomia e espírito crítico na utilização dessas ferramentas. Procura igualmente desenvolver competências na utilização de software de bioinformática disponível gratuitamente na Internet e na interpretação do significado biológico dos resultados.

Bola de cristal colocada no solo

O curso tem como objetivo apresentar aos participantes um estado da arte atualizado sobre a diversidade da biota do solo e os papéis funcionais desempenhados pelos organismos do solo nos principais processos ecológicos.

A conferência visa reunir os principais especialistas no domínio da Imagiologia Médica por Micro-ondas (MMWI) e incluirá palestras, apresentações e pósteres de resumos revistos por pares e artigos de conferências, bem como workshops em áreas satélite de investigação com interesse para a investigação em MMWI.

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