Data Science Seminars@Ciências

Biclustering in Biomedical Data Analysis: Algorithms and Applications

Sala 6.3.38, FCUL, Lisboa

Biclustering, the discovery of sets of objects with coherent values/patterns on subsets of features, was shown to be key to unravel and characterize informative regions (biclusters) within matricial, time series and network data, in a wide-set of applications in biomedical and social data analysis. Particularly in biomedical problems, where groups of genes or patients tend to be only meaningfully related on a subset of the sampled/monitored conditions. The challenging combinatorial nature of the biclustering problem led to the development of several approaches with variations on the allowed type, number, positioning and quality of biclusters. The state of the art relies on efficient string processing and mining techniques, in the case of biclustering temporal data, and pattern mining algorithms, in the general case of biclustering matricial and network data.

This talk introduces the biclustering problem comparing it to the traditional clustering problem, provides an overview on state of the art on biclustering  matricial and network data analysis, and then focus the problem of biclustering temporal data, tackling in particular the problem of biclustering gene expression time series obtained from transcriptomics. On going work on new triclustering algorithms to simultaneouly analyse multiple gene expression time series (three-way time series) and multiple multivariate time series collected at clinical follow-up, together with their applications in biomedical problems, such as the identification of disease progression patterns in the NEUROCLINOMICS2 project (PTDC/EEI-SII/1937/2014), are discussed.  

Short Bio: SARA C. MADEIRA is an Associate Professor at the Department of Informatics of the Faculty of Sciences, University of Lisbon (FCUL), since mid February 2017, where she teaches graduate courses on data mining, machine learning and foundations of data science and an under-graduate course on intelligent systems. She is also a senior researcher at LASIGE, where she is a member of the Data and Systems Intelligence, and Health and Biomedical Informatics research lines. Her research interests include data mining, machine learning, bioinformatics and medical informatics. In this context, she was the PI of "NEUROCLINOMICS - Understanding NEUROdegenerative diseases through CLINical and OMICS data" (PTDC/EIA-EIA/111239/2009), a research project embracing the challenges of studying complex diseases and developing efficient and effective mining algorithms for biomedical data, using Amyotrophic Lateral Sclerosis and Alzheimer's disease as case studies, which was followed by the ongoing project "NEUROCLINOMICS2 - Unravelling Prognostic Markers in NEUROdegenerative diseases through CLINical and OMICS data integration" (PTDC/EEI-SII/1937/2014). Her survey on "Biclustering Algorithms for Biological Data Analysis" was considered an ESI Hot Paper in Computer Science in November 2006. Biclustering algorithms and their applications in biomedical data analysis are still her main research topics.

14h00
Departamento de Informática

Geometry and Physics Seminar, por Ángel González Prieto (Univ. Complutense, Madrid).

Título/data/local/orador do evento e fotografia de arquivo de pessoas em S. Tomé e Príncipe

Seminário E3GLOBAL, por João Moreira da Silva (University of Cambridge).

Pormenor de duas pessoas a trabalharem em frente a um ecrã de computador

Ações de formação com o objetivo de desenvolver conhecimentos que permitam aos interessados a apresentação de candidaturas a oportunidades de financiamento disponibilizadas pelos programas European Innovation Council (EIC), European Research Council (ERC) e Horizon Europe (HE).

Seminário Permanente de Filosofia das Ciências, por Silvia Di Marco (CFCUL).

Geometry and Physics Seminar, por Sean Lawton (George Mason Univ.).

Título/data/local do evento, sobre representação histórica da cidade de Lisboa

Um projeto que torna acessível a um público alargado a investigação desenvolvida no Centro Interuniversitário da História da Ciência e da Tecnologia (CIUHCT).

Colóquio de Matemática, por Giulio Ruzza (Universidade de Lisboa).

Seminário do Laboratório de Instrumentação e Física Experimental de Partículas, por Rui Santos (ISEL / CFTC-UL / LIP).

Feixes luminosos

Envio de propostas até 20 de junho.

Seminário "Ásia-Europa, 1500-1800", por Ricardo Roque (ICS-ULisboa), Matheus Serva Pereira (ICS-ULisboa) e José Miguel Moura Ferreira (IHC-UNL).

Título/data/local do evento e pormenor de ilustração do livro

Um livro composto por um ensaio da historiadora e professora Ana Simões e uma banda desenhada da artista Ana Matilde Sousa, concebido como complemento à exposição E3 - Einstein, Eddington, e o Eclipse.

Título/data do evento e fotografia do orador

TWIN2PIPSA Expert Seminar, por Danny Hatters (The University of Melbourne).

An opportunity to get acquainted with some of the most promising contemporary topics in the exciting interdisciplinary area of scientific culture: the interactions of mathematics and music.

Título/data/local/orador do evento e representação da mente humana

Minicurso por Heliton Tavares (Universidade Federal do Pará, Brasil).

Título/data/local do evento e imagem representativa de pessoa a trabalhar num mundo tecnológico

As Jornadas Científicas 2024 da Universidade de Lisboa são dedicadas ao tema “Impacto Atual e Futuro da Inteligência Artificial no Trabalho”.

Pessoa ajoelhada no hall de edifício pejado de luzes

Ação de formação para docentes e investigadores de Ciências.

Título/data/local do evento, sobre a Tabela Periódica

This year's program will cover two plenary sessions hosted by Susete Pinteus and Hugo Miranda, complemented by oral presentations, flash talks, and poster communications. Finally, a round table discussion will take place at the end of our meeting.

Seminário Helena Avelar de Astronomia e Astrologia Antiga, por Stephen Johnston (History of Science Museum, University of Oxford).

Seminário do Laboratório de Instrumentação e Física Experimental de Partículas, por Paschal Coyle (Centre de Physique de Particules de Marseille).

Título/data do evento e fotografia da oradora

TWIN2PIPSA Expert Seminar, por Isabelle Landrieu (Lille University, Inserm, Institute Pasteur de Lille Research Department U1167).

Vai realizar-se em Lisboa, nos dias 28 e 29 de junho de 2024, o 37.º Encontro do Seminário Nacional de História da Matemática.

Logótipo Moodle

Ação de formação para docentes e investigadores de Ciências.

Logótipo do prémio

As candidaturas à 11.ª edição decorrem até 28 de junho.

Logótipo do Verão na ULisboa, sobre um fundo amarelo

Uma oportunidade única de conheceres e experimentares o ritmo e o espírito da vida académica!

Título/data/local do evento e representação do cérebro humano

O maior evento anual na área da ciência e da tecnologia em Portugal.

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