Data Science Seminars

Why analyze biomedical text if we have data?

Transmissão através de Videoconferência

Speaker: Francisco Couto (LASIGE/DI-FCUL).

Abstract: Our daily quest for knowledge usually starts in a search engine with a text query, not a SQL query. Text is still the main tool that we humans use to communicate and publish our findings and the context in where they were generated. Biomedical data repositories lack the flexibility to fully represent most of our hypotheses, theories, deductions, proofs, assumptions, observations and experimental evaluations that support the stored scientific facts. Moreover, absolute truth is not part of science, so biomedical text is crucial for enabling proper scientific inquiry and interpretation of facts for a particular context. However, text analysis is a tedious and time-consuming task for humans and a hard and prone to error task for machines. This talk will give a brief introduction to how text mining coupled with ontologies can address this challenge, using technologies that range from regular expressions to recent deep learning algorithms, and from natural language processing techniques to semantic similarity. The talk will end with an overview of the most recent contributions made by LASIGE researchers in this topic, namely in named-entity recognition and linking, relation extraction, question and answering, recommender systems, and multilingual international evaluations.

Bio: Francisco M. Couto is currently an associate professor with habilitation at Universidade de Lisboa (Faculty of Sciences) and a researcher at LASIGE. His main research contributions cover several key aspects of bioinformatics and knowledge management, namely in proposing and developing various text mining solutions that explore the semantics encoded in ontologies. Until November 2020, he published 2 books; was co-author of 8 chapters, 52 journal papers (41 Q1 Scimago), and 32 conference papers (10 core A and A*); and was the supervisor of 8 PhD theses and of 45 master theses. He received the Young Engineer Innovation Prize 2004 from the Portuguese Engineers Guild, and an honorable mention in 2017 and the prize in 2018 of the ULisboa/Caixa Geral de Depósitos (CGD) Scientific Prizes.


Zoom

14h30
Departamento de Informática
Título "Bolsas de Doutoramento Unite! ULisboa", logótipos das entidades promotoras e fotografia de jovem investigadora a utilizar um laptop na esplanada de um café

O 3.º concurso decorre de 29 de março a 30 de abril.

A atividade consiste numa caminhada pelo Lousal, passando por vários pontos importantes da história da Mina do Lousal.

BioISI Research Seminar, por Duarte Figueiredo (Max Planck Institute of Molecular Plant Physiology).

Alunos de Ciências

Uma iniciativa gratuita, dirigida aos estudantes do 1.º Ciclo de estudos de Ciências ULisboa.

Título/data/local do evento, logótipo da RedeMov e fotografia de autocarro

Evento no âmbito do Ciclo de Conferências "Conversas à 6.ª", promovido pela redeMOV da Universidade de Lisboa.

Logótipo do programa e pormenor de comboio

Pronto para embarcar numa mobilidade sustentável e numa aventura multicultural?

Geometry and Physics Seminar / Theory of Computing Seminar por Florian Pausinger (Queen's University Belfast).

Título do evento e representação de rosto humano

An interdisciplinary workshop that brings together world-leading scholars, junior researchers, artists, clinicians and more importantly people with lived experiences of Depersonalisation to address key questions around this widely spread yet under-acknowledged condition.

Composição do logótipo da ULisboa e de representação do rosto humano à base de relógios

Consegue comunicar eficazmente a sua investigação de doutoramento em 3 minutos?

Ao longo das 30 horas deste curso, serão abordados temas, tais como contornar as principais dificuldades na comunicação da Biodiversidade, como usar histórias, ou a importância dos conceitos científicos na hora de os comunicar.

Título/data/local do evento

O evento visa mobilizar atores nacionais nas missões europeias do Horizonte Europa que contribuem para o Pacto Ecológico Europeu.

Pormenor da exposição e data da visita guiada

Visita guiada pela autora da exposição, Inez Wijnhorst, e o seu curador, Pedro Freitas (CIUHCT), apresentando duas visões - a artística e a matemática - que se complementam.

Fotografia de participantes numa anterior edição da Jobshop Ciências

O maior evento de empregabilidade de Ciências, a decorrer nos dias 09 e 10 de abril.

Título do programa, sobre um fundo azul escuro

Candidaturas até 31 de março.

Título do evento e mosaico de imagens (feixe de luz e silhueta humana)

Estás pronto para alavancar o teu conhecimento e abrir novas oportunidades profissionais?

Título/data/local do evento

An advanced worshop organised by 3D-BioInfo-PT, the community of Portuguese scientific researchers working in fields connected to Structural Bioinformatics.

The conference aims to bring together students and young researchers working in Mathematics, Statistics, and Applications with a view to fostering discussions and collaborations amongst participants.

Logótipos do Concurso Nacional para Jovens Cientistas e Investigadores e da Fundação da Juventude

Candidaturas até 15 de abril.

Seminário Helena Avelar de Astronomia e Astrologia Antiga, por Levente László (Eötvös University).

Logótipo de Ciências ULisboa, título "Dia de Ciências 2024" e frase apelando à participação

23 de abril. Virgínia Dignum, especialista Nações Unidas para IA, é oradora convidada.

O encontro reúne cientistas, profissionais e estudantes de diferentes áreas e regiões do país focados em desenvolver a investigação marinha, em linha com a Década da Ciência Oceânica para o Desenvolvimento Sustentável, proclamada pelas Nações Unidas (2021-2030).

Logótipo da ação CLEANFOREST

Forests are exposed to multiple global change drivers, wich can constrain their ability to continue providing several ecosystem services (including climate change mitigation). Assessing responses - and underlined mechanisms -  at the whole ecosystem scale is paramount for a holistic understanding of forest response to global change.

Título e data do evento, inseridos em fotografia de cinco jovens em contexto de investigação

Pré-inscrições já disponíveis!

Título do curso

Curso Avançado CEAUL / Gades Solutions.

Logótipo do EVM 2024

Candidaturas até 15 de maio.

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