Data Science Seminars

Why analyze biomedical text if we have data?

Transmissão através de Videoconferência

Speaker: Francisco Couto (LASIGE/DI-FCUL).

Abstract: Our daily quest for knowledge usually starts in a search engine with a text query, not a SQL query. Text is still the main tool that we humans use to communicate and publish our findings and the context in where they were generated. Biomedical data repositories lack the flexibility to fully represent most of our hypotheses, theories, deductions, proofs, assumptions, observations and experimental evaluations that support the stored scientific facts. Moreover, absolute truth is not part of science, so biomedical text is crucial for enabling proper scientific inquiry and interpretation of facts for a particular context. However, text analysis is a tedious and time-consuming task for humans and a hard and prone to error task for machines. This talk will give a brief introduction to how text mining coupled with ontologies can address this challenge, using technologies that range from regular expressions to recent deep learning algorithms, and from natural language processing techniques to semantic similarity. The talk will end with an overview of the most recent contributions made by LASIGE researchers in this topic, namely in named-entity recognition and linking, relation extraction, question and answering, recommender systems, and multilingual international evaluations.

Bio: Francisco M. Couto is currently an associate professor with habilitation at Universidade de Lisboa (Faculty of Sciences) and a researcher at LASIGE. His main research contributions cover several key aspects of bioinformatics and knowledge management, namely in proposing and developing various text mining solutions that explore the semantics encoded in ontologies. Until November 2020, he published 2 books; was co-author of 8 chapters, 52 journal papers (41 Q1 Scimago), and 32 conference papers (10 core A and A*); and was the supervisor of 8 PhD theses and of 45 master theses. He received the Young Engineer Innovation Prize 2004 from the Portuguese Engineers Guild, and an honorable mention in 2017 and the prize in 2018 of the ULisboa/Caixa Geral de Depósitos (CGD) Scientific Prizes.


Zoom

14h30
Departamento de Informática

Ciclo de workshops de promoção do bem-estar, relaxamento e criatividade.

Logótipo do evento, sobre um fundo branco

A Física Fora da Academia está de volta!

Fotografia da cidade de Grenoble, acompanhada do título e data do evento

Um evento com a participação de professores, funcionários, estudantes e membros da administração das sete Instituições de Ensino Superior que integram a Unite!, uma aliança de universidades europeias da qual faz parte a Universidade de Lisboa.

Mathematical Logic Webinar, por Isabel Oitavem (FCT - Universidade Nova de Lisboa).

Mosaico de fotografias, a preto e branco, de mulheres cientistas

O livro reúne mais de uma centena de retratos de investigadoras captados pelas objetivas dos fotógrafos Clara Azevedo, José Carlos Carvalho, Luís Filipe Catarino e Rita Carmo

Logótipo do LASIGE

RSS Meetup, por Diogo Poças (LASIGE, DI-FCUL).

Ciclo de webinars dedicado as desafios na conciliação da conservação.

Seminário do Departamento de Física de Ciências ULisboa, por Pavel Kroupa (University of Bonn & Charles University, Prague).

Imagem ilustrativa do evento, acompanhada de várias informações (título, data e hora do evento; orador)

52.º PubhD de Lisboa, por Cédric Pereira (Ciências ULisboa / IA - Instituto de Astrofísica e Ciências do Espaço).

Representação de diagrama

Submissão de candidaturas até 10 de março de 2021.

The workshop series aims to contribute to a broader debate on the relation between science and policymaking.

Ciclo de workshops de promoção do bem-estar, relaxamento e criatividade.

Logótipo do Dia Internacional da Matemática, sobre um fundo branco

O Departamento de Matemática de Ciências ULisboa preparou um conjunto de atividades especiais para celebrar o Dia Internacional da Matemática (IDM).

Título do evento, acompanhado da data e dos logótipos das entidades organizadoras

Iniciativa no âmbito das celebrações do Dia Internacional da Matemática.

Imagem ilustrativa do Doutoramento em História e Filosofia das Ciências

Provas de 2.º ano do Doutoramento em História e Filosofia das Ciências, por Sima Krtalic.

Seminário no âmbito da Unidade Curricular de Desenvolvimento de Produtos Funcionais, por Ana Cristina Gonçalves Monteiro (FeedInov CoLab).

Geometry Webinar, por Ricardo Campos (CNRS/University of Montpellier).

Logótipo do ciclo de webinars, sobre um fundo branco

At AppEEL, we aim to advance the study of evolution from an inter- and transdisciplinary approach and to identify how biological evolutionary theories can be applied to the epistemological, sociocultural and linguistic domains.

Seminário no âmbito da Unidade Curricular de Desenvolvimento de Produtos Funcionais, por André Filipe Lagoa Costa (Mandara Labs).

Logótipo do programa HiTech, acompanhado de informações úteis (objetivos e prazo de candidatura)

Candidaturas ao programa, destinado a capacitar investigadores na valorização dos resultados de investigação científica, a decorrer até 26 de março de 2021.

Imagem ilustrativa do evento, acompanhada de várias informações úteis (data/hora/local)

Um debate aberto ao público, especialmente indicado a quem se interroga sobre a Matemática e o seu futuro.

This course aims at exploring how scientists can use social media as tools to enhance the communication of their research and the dialogue with society, and discussing the differences that exist in the work of scientists and journalists in terms of the methods and deadlines they meet and exploring how scientists and journalists can better articulate.

This course will teach how to apply the SWAT eco-hydrological model to assess the impacts of climate and associated changes on water-soil-plant interactions, and consequences to water resources, soil erosion and nutrient cycles.

Geometry Webinar, por Pierre Schapira (Professor emeritus Sorbonne University).

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