BioISI Research Seminar

In silico methods to capture the pH effects in drug binding to proteins and membranes

Auditório da FCiências.ID, Lisboa

Por Miguel Machuqueiro (BioISI - Ciências ULisboa).

Many biomolecules have their structure, stability, and reactivity properties significantly modulated by pH. The pKa values of common titratable sites in proteins, peptides, lipids, or other simple organic molecules are usually coupled with their conformation and the observed electrostatic environment. In inhomogeneous media, this coupling becomes harder to capture and sample correctly using our state-of-the-art computational methodologies, like constant-pH MD (CpHMD) [1]. This is particularly important to study protein-protein and protein-drug binding or membrane permeability values. I will show our most recent methodological developments where CpHMD, often coupled to an Umbrella Sampling scheme [2], was used to calculate the donepezil binding affinity to acetylcholinesterase and the membrane permeability coefficients of several chemotherapeutic drugs (tyrosine kinase inhibitors), including sunitinib and nintedanib. The results will showcase the effectiveness of our methodologies in predicting key attributes related to drug design, trafficking, and affinity toward the target.

We acknowledge financial support from FCT through grant CEECIND/02300/2017 and projects UIDB/04046/2020 and UIDP/04046/2020. We also acknowledge the funding by the European Union (TWIN2PIPSA, GA 101079147). Views and opinions expressed are however those of the author(s) only and do not necessarily reflect those of the European Union or the European Research Executive Agency (REA). Neither the European Union nor the granting authority can be held responsible for them.

[1] Gomes, A. M. M., Costa, P. J., Machuqueiro, M. (2023) "Recent Advances on Molecular Dynamics-Based Techniques to Address Drug Membrane Permeability with Atomistic Detail", BBA Advances, 4, 100099.
[2] Oliveira, N. F. B., Machuqueiro, M. (2022) "A novel US-CpHMD protocol to study the protonation-dependent mechanism of the ATP/ADP carrier", J. Chem. Inf. Model., 62, 2550.

11h30
BioISI - Instituto de Biossistemas e Ciências Integrativas
Logótipo e data do evento

O primeiro Tropical Summit visa reunir líderes de todo o mundo para abordar os desafios tropicais mais prementes.

Seminário do Centro de Física Teórica e Computacional, por Margarida Cruz (Centro de Física Teórica e Computacional e Departamento de Física, Faculdade de Ciências, Universidade de Lisboa, Portugal).

Cerimónia da Tomada de Posse dos Órgãos Eletivos da AEFCL 2024/2025.

Título "A Terra Treme", acompanhado da hora e data de realização do exercício

Exercício Público de Preparação para o Risco Sísmico.

Seminário de Lógica Matemática, por Laurentiu Leustean (University of Bucharest & Institute for Logic and Data Science & Simion Stoilow Institute of Mathematics of the Romanian Academy).

Título/data/local do evento e logótipo do INOV@U, sobre uma imagem abstrata

O INOV@U tem como objetivo central a promoção da inovação e modernização pedagógica no ensino superior, refletindo e explorando a sinergia e os valores comuns às instituições do consórcio, nomeadamente a Escola Superior de Enfermagem de Lisboa, o Instituto Politécnico de Lisboa e a Universidade de Lisboa.

Seminário em Biologia Humana e Ambiente, por Federico Herrera (BioISI - CIÊNCIAS ULisboa).

Seminário do Departamento de Física de Ciências ULisboa, por Tânia Ferreira Gonçalves (IBEB/FCUL and iMed/FFUL).

Título/data/local do evento e fotografia de orquestra

Concerto no âmbito da Temporada Darcos, integrando o programa Música na Universidade de Lisboa.

Título/data/local do evento e fotografia da oradora

Distinguished Talk @DI/LASIGE, por Kathrin Gerling.

Logótipos de Ciências ULisboa/GAPsi e calendarização das palestras

Palestra promovida pelo GAPSI - Gabinete de Apoio Psicológico de Ciências ULisboa, no âmbito do projeto Ciências em Harmonia.

Título dos prémios e representação de tronco humano

Submissão de trabalhos de Mestrado e de Doutoramento realizados na ULisboa, ligados à temática da saúde, até 30 de outubro.

No âmbito das atividades de encerramento deste ciclo, destaca-se a a apresentação pelo docente de CIÊNCIAS Miguel Miranda, intitulada "Relembrar o passado, Prevenir o Futuro", e a exibição do filme sobre o Terramoto de 1775: “O Melhor dos Mundos”, realizado por Rita Nunes e que contou com a participação de membros de CIÊNCIAS.

Título do curso e logótipo das entidades organizadoras, sobre representação de DNA

Curso online, de 6 sessões e com uma duração total de 16 horas, dirigido a estudantes de Mestrado/Doutoramento e a profissionais que desenvolvam investigação científica na área da saúde.

Este encontro é uma ocasião para dar visibilidade ao trabalho e à obra de Mary B. Hesse, apresentando o livro “Ensaios sobre o conhecimento Científico” (Edições Colibri, 2024) que oferece uma recolha de ensaios desta filosofia traduzidos para português.

Logótipo do projeto

O evento, no âmbito do Projeto VA|PREVENTION (com a participação de CIÊNCIAS), conta com a presença de diversos peritos na área da saúde pública, promovendo o debate sobre o estilo de vida na prevenção da diabetes tipo 2.

Logótipos de Ciências ULisboa/GAPsi e calendarização das palestras

Palestra promovida pelo GAPSI - Gabinete de Apoio Psicológico de Ciências ULisboa.

Título/data/local do evento, logótipos das entidades participantes e fotografia de céu nublado

A 3.ª edição do workshop, dedicada à modelação e validação de processos de alta resolução, pretende abordar a modelação de fogos florestais e de eventos extremos de temperatura, precipitação e vento, tais como ondas de calor, secas, inundações, ciclones pós-tropicais e agitação marítima.  

Imagem abstrata

Um evento pioneiro que marca o lançamento do Programa para a Promoção da Saúde Mental no Ensino Superior na ULisboa. Ao longo do evento, será apresentada uma plataforma inovadora que reunirá recursos e iniciativas destinadas a prevenir e abordar questões relacionadas com a saúde mental e o bem-estar.

A sessão de homenagem inclui o lançamento de uma nova edição do livro Estatística: Inferência e Decisão, anteriormente editado pela Imprensa Nacional-Casa da Moeda, e atualmente esgotado.

Título/data/local do evento, logótipos da entidade organizadora e fotografia de mãos na água

Encontro Alumni ULisboa 2024 - a inscrição é obrigatória, tendo um preço simbólico para apoiar o projeto Bolsas Alumni Solidário.

Logótipos de Ciências ULisboa/GAPsi e calendarização das palestras

Palestra promovida pelo GAPSI - Gabinete de Apoio Psicológico de Ciências ULisboa.

Título/data/local do evento e fotografia de profissional de saúde a interagir com um paciente, em tons sépia

Com foco na promoção de cuidados de saúde centrados no doente, a conferência pretende mobilizar a comunidade e o ecossistema da ULisboa para discutir estratégias e tendências na área, bem como atuais e futuras iniciativas de investigação clínica e de dados com vista à prestação de cuidados de elevado valor.

Imagem do evento - título, local e data do evento

Investigação Ecológica ao Serviço da Conservação

Logótipos de Ciências ULisboa/GAPsi e calendarização das palestras

Palestra promovida pelo GAPSI - Gabinete de Apoio Psicológico de Ciências ULisboa.

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