BioISI Research Seminar

In silico methods to capture the pH effects in drug binding to proteins and membranes

Auditório da FCiências.ID, Lisboa

Por Miguel Machuqueiro (BioISI - Ciências ULisboa).

Many biomolecules have their structure, stability, and reactivity properties significantly modulated by pH. The pKa values of common titratable sites in proteins, peptides, lipids, or other simple organic molecules are usually coupled with their conformation and the observed electrostatic environment. In inhomogeneous media, this coupling becomes harder to capture and sample correctly using our state-of-the-art computational methodologies, like constant-pH MD (CpHMD) [1]. This is particularly important to study protein-protein and protein-drug binding or membrane permeability values. I will show our most recent methodological developments where CpHMD, often coupled to an Umbrella Sampling scheme [2], was used to calculate the donepezil binding affinity to acetylcholinesterase and the membrane permeability coefficients of several chemotherapeutic drugs (tyrosine kinase inhibitors), including sunitinib and nintedanib. The results will showcase the effectiveness of our methodologies in predicting key attributes related to drug design, trafficking, and affinity toward the target.

We acknowledge financial support from FCT through grant CEECIND/02300/2017 and projects UIDB/04046/2020 and UIDP/04046/2020. We also acknowledge the funding by the European Union (TWIN2PIPSA, GA 101079147). Views and opinions expressed are however those of the author(s) only and do not necessarily reflect those of the European Union or the European Research Executive Agency (REA). Neither the European Union nor the granting authority can be held responsible for them.

[1] Gomes, A. M. M., Costa, P. J., Machuqueiro, M. (2023) "Recent Advances on Molecular Dynamics-Based Techniques to Address Drug Membrane Permeability with Atomistic Detail", BBA Advances, 4, 100099.
[2] Oliveira, N. F. B., Machuqueiro, M. (2022) "A novel US-CpHMD protocol to study the protonation-dependent mechanism of the ATP/ADP carrier", J. Chem. Inf. Model., 62, 2550.

11h30
BioISI - Instituto de Biossistemas e Ciências Integrativas
Título do prémio

As candidaturas decorrem até ao dia 31 de maio.

O objetivo deste workshop é juntar especialistas portugueses e espanhóis em história política, cultural, científica e marítima do século XVI que, num ambiente informal, irão debater a importância deste intercâmbio.

Título do programa e logótipos das entidades organizadoras, sobre fotografia do espaço

Candidaturas até 03 de junho.

Inscrições até 24 de maio.

Seminário de Sistemas Dinâmicos, por Wolfgang Förg-Rob (Universität Innsbruck).

Título/data/local/orador do evento e representação da mente humana

Minicurso por Fernando Moura (Universidade Federal do Rio de Janeiro, Brasil).

Pormenor de linguagem corporal (braços e mãos) de pessoa a dialogar

Ação de formação para docentes e investigadores de Ciências.

Criança a segurar num globo terrestre

A conferência é dedicada ao tema "Desafios em Saúde Planetária: Capacitar Comunidades para a Mudança".

Título/data/local do evento, sobre representação do cérebro humano

Quatro dos doze finalistas da competição são de Ciências ULisboa.

Seminário do Centro de Estatística e Aplicações da Universidade de Lisboa e do Centro de Matemática Computacional e Estocástica, por Fernando Moura (Universidade Federal do Rio de Janeiro, Brasil).

Neste evento, vários docentes do Departamento de Informática de Ciências irão falar sobre a sua investigação, particularmente sobre as teses de mestrado que irão disponibilizar no ano letivo de 2024/2025.

Lisbon Webinar in Analysis and Differential Equations, por Wladimir Neves (Universidade Federal do Rio de Janeiro).

Título/data/local do evento, logótipos da Rede MAR/ULisboa e fotografia de zona costeira

Candidaturas até 31 de maio.

Pormenor de duas pessoas a trabalharem em frente a um ecrã de computador

Inscrições de docentes e investigadores de Ciências até 02 de junho.

Feixes luminosos

Envio de propostas até 20 de junho.

An opportunity to get acquainted with some of the most promising contemporary topics in the exciting interdisciplinary area of scientific culture: the interactions of mathematics and music.

Título/data/local do evento e imagem representativa de pessoa a trabalhar num mundo tecnológico

As Jornadas Científicas 2024 da Universidade de Lisboa são dedicadas ao tema “Impacto Atual e Futuro da Inteligência Artificial no Trabalho”.

Pessoa ajoelhada no hall de edifício pejado de luzes

Ação de formação para docentes e investigadores de Ciências.

Título/data/local do evento, sobre a Tabela Periódica

This year's program will cover two plenary sessions hosted by Susete Pinteus and Hugo Miranda, complemented by oral presentations, flash talks, and poster communications. Finally, a round table discussion will take place at the end of our meeting.

Logótipo Moodle

Ação de formação para docentes e investigadores de Ciências.

Logótipo do prémio

As candidaturas à 11.ª edição decorrem até 28 de junho.

Vai realizar-se em Lisboa, nos dias 28 e 29 de junho de 2024, o 37.º Encontro do Seminário Nacional de História da Matemática.

Logótipo do Verão na ULisboa, sobre um fundo amarelo

Uma oportunidade única de conheceres e experimentares o ritmo e o espírito da vida académica!

Título/data/local do evento e representação do cérebro humano

O maior evento anual na área da ciência e da tecnologia em Portugal.

The topics of the conference include (but are not limited to) classical and quantum integrable systems, complex geometry of moduli spaces, automorphic forms and their applications to number theory.

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