Seminário

RNA Polymerase interactions and elongation rate

Transmissão através de Videoconferência

Por Gunter M. Schütz (Institute of Biological Information Processing and Institute for Advanced Simulation, Forschungszentrum Jülich, Germany).

We show that non-steric molecular interactions between RNA polymerase (RNAP) motors that move simultaneously on the same DNA track determine strongly the kinetics of transcription elongation. With a focus on the role of collisions and cooperation, we introduce a stochastic model that allows for the exact analytical computation of the stationary properties of transcription elongation as a function of RNAP density, their interaction strength, nucleoside triphosphate concentration, and rate of pyrophosphate release. We show that cooperative pushing, i.e., an enhancement of the average RNAP velocity and elongation rate, requires a molecular repulsion beyond steric hindrance and in excess of a critical strength. It disappears beyond a critical RNAP density, above which jamming due to collisions takes over. However, for strong repulsion and at the same time strong stochastic blocking, cooperative pushing at low RNAP densities is suppressed  and a reentrance regime at higher densities appears. For a simpler model we report density anticorrelations along the track that arise from slow transcription sites.


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Topic: CFTC weekly seminar

Time: Apr 8, 2021 10:00 AM Lisbon

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10h00
CFTC - Centro de Física Teórica e Computacional
Logótipos Ciências ULisboa e C-Academy, títulos dos cursos

Um programa de formação avançada em Cibersegurança para a administração pública e o setor privado desenvolvido pelo Centro Nacional de Cibersegurança, no âmbito do Plano de Recuperação e Resiliência.

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Logótipo do evento, sobre um fundo branco

Um evento de reunião da comunidade nacional nas diversas vertentes da informática, com a ambição de ser o fórum de eleição para a divulgação, discussão e reconhecimento de trabalhos científicos.

Imagem do evento

Extended enrolement date until July 12th.

Logótipo do Workshop

A participação na 3.ª edição do Workshop é gratuita, mediante inscrição prévia.

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