Seminários de Bioestatística

Sala 6.4.31, FCUL, Lisboa

Seminários dos alunos de Mestrado em Bioestatística (disciplina Seminário de Bioestatística).


09h00 Estimating caribou abundance in West Greenland using distance sampling methods
Iúri Correia
Orientadores: Tiago Marques (DBA e CEAUL-FCUL, CREEM-Univ. St. Andrews) e Christine Cuyler (Greenland Institute of Natural Resources)

Resumo: Distance sampling is one of the more frequently used methods to estimate animal abundance. In this project the data from an aerial survey for caribou (Rangifer tarandus groenlandicus) conducted by the Greenland Institute of Natural Resources in late winter 2018 will be used to estimate abundance of caribou in the surveyed area. The idea is to start from a conventional distance sampling perspective, understanding the methods, and then if possible, use the data to create a spatial density model (SDM) for caribou, i.e. a model describing caribou density as a function of covariates, such as elevation, habitat, distance to shore, etc. An introduction about distance sampling and ecological statistics within and after an overview of the project will be provided and the analysis is expected to be performed in R and/or using dedicated distance sampling software. The survey data and the shapefiles with covariates to use in the DSM will be provided by GINR.


09h:30 Risk factors for Amyotrophic Lateral Sclerosis (ALS): The effect of high-intensity sport
Ana Rita Henriques
Orientadores: Marília Antunes (DEIO-FCUL) e Ruy Ribeiro (FMUL)

Resumo: Amyotrophic Lateral Sclerosis (ALS) is an infrequent neurodegenerative disease, which primarily involves the motor neurons (directly associated with voluntary movements). It is a progressive disease, meaning that functional impairment worsens over time. Currently, there is no cure for ALS (Ingre, C et al., 2015). Intense physical exercise has been associated with ALS. It is thought that it may be even a cause or triggering factor. This is supported by the higher incidence in soccer players, university students, who have practiced competitive sports, and in army people with past experience in war situations. However, other studies did not show evidence of this association. Such disparity may depend on the intensity of the exercise considered or the population studied. We aim to investigate a group of 1326 ALS patients and 925 controls (from a pan-European project on ALS), by building a logistic regression model, to test exercise as risk factor, considering as covariables (confounders), gender, age, clinical presentation (spinal vs bulbar-onset), predominant clinical signs of lower motor neuron involvement, smoking habits and the presence of a specific mutation (C9Orf). We will also analyze a sample from the Portuguese population, aiming to test the same association considering patients with previous federated sport activity.


10h00 Living on the edge in a changing world: modelling global changes effects on the distribution of red-backed shrike (Lanius collurio) in Iberia
Manuel Ribeiro
Orientadores: Salomé Cabral (DEIO-FCUL) e Luís Afonso Reino (CIBIO-InBIO, Univ. Porto)

Resumo: As alterações globais causadas, na sua grande maioria, por atividades antropológicas, têm vindo a ter um impacto brutal nos padrões ecológicos seres vivos, incluindo na sua área de distribuição. O estudo do efeito destas variáveis pode levar a uma consciencialização da evolução do nicho disponível para as espécies, e melhorar as práticas de conservação. Assim, neste trabalho pretende-se compreender quais as componentes das alterações globais, como alterações climáticas, uso do solo e tipo de habitat, mais relevantes na distribuição do picançode-dorso-ruivo (Lanius collurio) na Península Ibérica, assim como prever a sua distribuição com base em possíveis cenários futuros. Para tal, serão utilizados model ensembles, com base em quatro técnicas diferentes: GAMs, MAXENT, Gradient Boosting Machine e Random Forest. O conjunto de dados será formado através da junção de dois subconjuntos: quadrículas de 10x10 km obtidas para os Atlas de aves nidificantes em Portugal e Espanha; quadrículas mais pequenas para diversas regiões (e.g., 2x2 km) para Portugal.


10h30 Effects of a Waste Water Treatment Plant on the benthic macroinvertebrate community in Almada
Pedro Oliveira
Orientadores: Patrícia de Zea Bermudez (FCUL) e José Lino Costa (DBA-FCUL e MARE)

Resumo: Environmental monitoring plays an important role in controlling the activity of infrastructures that release water on the environment, such as Waste Water Treatment Plants (Dauer et. al, 1980). In order to evaluate the ecological quality of those areas, bioindicators like benthic macroinvertebrates can be used. These organisms are substrate dependent, have short life cycles and have a wide range of sensibility to external disturbance, chiefly to inputs of organic matter. To evaluate aquatic systems ecological quality, abundance, species richness and/or biomass are parameters usually analysed (Dauer et. al, 1995). Besides the biological parameters of a community, there is a need to assess other characteristics of the sampling site, such as the grain size and organic matter content. Parameters related to biological communities can be compiled through a marine biotic index, in this project, the AZTI Marine Biotic Index (Borja et. al, 2000) will be used.
The main goal of this work is to characterize the benthic macroinvertebrate community and its surroundings at Almada’s Municipality. For that, data collected, between 2002 and 2011, at Portinho da Costa in the WWTP monitoring program, by the Oceanographic Center’s team (currently MARE - Marine and Environmental Science Center) will be used. The statistical tools to address this problem include trend analysis, generalized linear models and scenario simulations. In all the steps, a Bayesian methodology is applied.


11h00 Análise demográfica da população de Raja undulata da costa continental Portuguesa
Margarida Azevedo
Orientadores: Lisete Sousa (DEIO-FCUL) e Ivone Figueiredo (IPMA)

Resumo: Raja undulata é uma espécie de raia costeira comum na costa continental Portuguesa. O impacto da pesca sobre a população desta espécie, e em particular na taxa de crescimento intrínseco da população (Caswell, 1989) é desconhecido, e as informações sobre a biologia e dinâmica da espécie possuem lacunas. O trabalho tem como objetivo, com base na informação recolhida pelo Instituto Português do Mar e da Atmosfera (IPMA), melhorar este conhecimento. Pretende-se, inicialmente, avaliar as estimativas dos parâmetros biológicos tendo em conta o conhecimento disponível sobre a espécie ou espécies semelhantes. Após esta avaliação proceder-se-á à construção de matrizes demográficas por grupo de idade e por estado.  Recorrendo à metodologia de sampling importance resampling (SIR) como base para uma matriz inversa desenvolvida por Smart (2017), proceder-se-á à seleção das estimativas dos parâmetros vitais mais plausíveis no quadro de uma abordagem bayesiana (Smart et al., 2018). Finalmente avaliar-se-á o impacto de diferentes níveis de mortalidade por pesca na taxa intrínseca de crescimento da população. Salienta-se a contribuição deste trabalho para a gestão eficiente desta espécie, nomeadamente, através da análise do impacto sobre a população de diferentes medidas de gestão.


11h30 Análise da complexidade da pequena pesca da costa continental Portuguesa - Identificação de perfis
Teresa Gonçalves
Orientadores: Lisete Sousa (DEIO-FCUL) e Ivone Figueiredo (IPMA)

Resumo: A pequena pesca engloba a pesca local e a pesca costeira. No caso da pesca local as embarcações não excedem os 9 metros e atuam em águas oceânicas e em águas interiores não marítimas, tendo 75kW (100cv) como potência propulsora máxima. A pesca costeira envolve embarcações com dimensões superiores a 9 metros e inferiores ou iguais a 33 metros. A sua autonomia é estabelecida por embarcação, tendo em consideração a área onde vão atuar e a sua potência propulsora que é igual ou superior a 26 kW (35 cv).
Neste trabalho analisar-se-ão dados oficiais de desembarque disponibilizados pela DGRM complementada por informações recolhidas pelo Instituto Português do Mar e da Atmosfera (IPMA), com o objetivo de identificação de perfis de espécie desembarcadas. Esta identificação passa pela arte ou conjunto de artes de pesca utilizada tendo em atenção variáveis auxiliares, nomeadamente, características técnicas das embarcações, o período do ano e o porto de desembarque. Uma vez definidos os padrões de espécies desembarcadas proceder-se-á a análise de tendências espácio-temporais.
No quadro multivariado de dados disponíveis recorrer-se-á à utilização de metodologias multivariadas como redes neuronais, algoritmo xyf - SOM (self-organizing maps) e confidence inference trees.

Departamento de Estatística e Investigação Operacional

Lisbon Workshop Series - AI Aesthetics and Philosophy of Technology.

Mathematical Logic Seminar, por António Marques Fernandes (IST - Universidade de Lisboa).

Data Science Seminar, por Daniel Gonçalves (LASIGE/DI-FCUL).

Geometry & Physics Seminar, por Davide Guzzetti (SISSA, Italy).

Talk @DI, por Luís Pinto (DI, Ciências ULisboa).

Banner do Ciclo de Palestras

Ciclo de Palestras de Outono do GAPsi.

Ação de formação para docentes.

Currently, climate changes or alterations are known to be reflected on the stable isotope ratios of Hydrogen, Nitrogen, Carbon, Oxygen and Sulphur present in atmospheric gas forms, fresh or ocean water, as well as in plants and animals and organic matter in the soil.

Banner do Ciclo de Palestras

Ciclo de Palestras de Outono do GAPsi.

Cartaz da campanha

A campanha visa recolher o maior número possível de pilhas, baterias, lâmpadas, tinteiros e equipamentos elétricos usados.

Pormenor de mapa do continente europeu

Candidaturas online de 1 a 31 de dezembro de 2022.

The objective of this course is to acquire knowledge regarding bioinformatic tools available to predict nucleic acid (RNA, DNA or Nucleic Acids Mimics) and protein three-dimensional structure, as well as autonomy and critical thinking in the use of those tools.

Science is increasingly more present in our everyday decisions, with a fundamental role in global problems. Scientists, as the main actors in the production of scientific knowledge, have the responsibility of having an active voice in communicating this knowledge.

The course aims at introducing attendants to an updated state of the art of diversity of the soil biota and the functional roles played by soil organisms in key ecological processes.

Symbiosis is a key strategy for life on Earth. Nevertheless, although many research groups have long been committed to the study of symbiosis, its definition and functioning are not fully understood, and its ecological role and relevance are still underestimated.

This 5-day course offers to the participants a light microscopy course focusing on fluorescence microscopy techniques applied to the detection of proteins and glycans in tissue samples and cell cultures.

Fotografia da Praça do Comércio, em Lisboa

Candidaturas ao prémio (versões preliminares dos artigos) até 28 de fevereiro de 2023.

This course aims to explore ways of communicating science to non-specialized audiences, such as policy makers, industry, general public (including students and teachers), through their engagement and participation in citizen science activities.

A 19 de abril de 2023 celebra-se o 112.º aniversário da Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa.

The objective of this course is to provide students with basic knowledge of R programming, allowing them to manipulate and visualize data with R.

The objective of this course is to provide students with statistical knowledge and tools to manipulate, analyze and visualize biological data with R. Introduction to modeling, simulations and Bayesian statistics.

Under the general framework of Global Change Ecology, the goal of this course is to provide the participants with the most recent and practical knowledge on the use of Functional Diversity. This includes the selection of functional traits and calculation of Functional Diversity Indexes.

Logótipo do evento

Abstract submission will close on 14 November 2022.

The course provides essential skills and knowledge that enable the participants to develop climate change adaptation strategies.

The objective of this course is to provide participants with basic knowledge on a) the fundamental aspects of experimental design and b) workflows, platforms and tools to increase reproducibility at all scientific levels.

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