- BioISI | Instituto de Biossistemas e Ciências Integrativas
- CFTC | Centro de Física Teórica e Computacional
- IA | Instituto de Astrofísica e Ciências do Espaço
- IBEB | Instituto de Biofísica e Engenharia Biomédica
- LIP | Laboratório de Instrumentação e Física Experimental de Partículas
- CENTRA - Ciências | Centro de Astrofísica e Gravitação
Outros Centros de Investigação associados ao Departamento de Física
- CeFEMA | Centro de Física e Engenharia de Materiais Avançados