Seminário Doutoral

Explainable semantic similarity for biomedical supervised learning

Sala 6.3.27, Ciências ULisboa

Por Rita Sousa (orientadoras: Cátia Pesquita e Sara Silva).

Explainable artificial intelligence approaches ensure algorithmic fairness, identify potential bias in the data, ensure that the algorithms perform as expected, and bridge the gap between the machine learning community and other scientific disciplines. They are key to promoting the adoption of machine learning as a tool for scientific discovery. Explanations in the biomedical domain should be grounded in domain knowledge which can be achieved by using ontologies and knowledge graphs. However, the most popular way to explore knowledge graphs with machine learning is through embeddings, which are not explainable. In this work, the use of ontology-based semantic similarity that captures different semantic aspects represented in a knowledge graph as a tool to support both supervised learning and explainability is investigated. The underlying hypothesis is that using more semantic aspects to compute similarity and more interpretable models can make machine learning over ontologies more explainable with minimal losses in predictive performance. The experiments for protein-protein interaction prediction revealed that interpretable machine learning models coupled with semantic similarity, although performing worse than black-box ones, produce global models relevant to the biological phenomena and have a high prediction agreement with black-box models. This work represents a step towards demonstrating the potential of explainable artificial intelligence for scientific discovery.

12h00-13h00
Departamento de Informática | Ciências ULisboa

Mesa-redonda com a participação de João Neto (Museu da Farmácia), Marta Lourenço, Miquel Carandell Baruzzi (Universitat Autònoma de Barcelona) e Beatriz Medori (CIUHCT).

Lisbon AI Seminar, por Luís Correia (Ciências ULisboa).

Seminário Permanente de Filosofia das Ciências, por Mattia Petrolo (CFCUL/GI1).

Seminário do Centro de Física Teórica e Computacional, por Rui Santos (Instituto Superior de Engenharia de Lisboa, Instituto Politécnico de Lisboa; e Centro de Física Teórica e Computacional, Faculdade de Ciências, Universidade de Lisboa, Portugal).

Seminário de Pós-Graduação no âmbito do Doutoramento em Biologia (Especialidade de Ecologia), por Sara Raquel da Costa Bento.

NLX Journal Club, por António Branco.

Título, local e data do evento, acompanhados de logótipos do Horizon 2020 e União Europeia

TWIN2PIPSA Workshop - register now!

Título, local e data do evento, acompanhados da fotografia do orador

TWIN2PIPSA Expert Seminar, por Georgios Skretas (Institute for Bio-innovation, Biomedical Sciences Research Center "Alexander Fleming", Vari, Greece / Institute of Chemical Biology, National Hellenic Research Foundation, Athens, Greece).

Seminário no âmbito da unidade curricular "Desafios e Perspetivas Emergentes em Geologia", por António Mateus (DG-FCUL / IDL).

Seminário do Departamento de Física de Ciências ULisboa, por Daniela M. Godinho (IBEB, FCUL).

Título/data/local do evento, logótipos das entidades organizadoras e imagens de mapas antigos

Henrique Leitão (Ciências ULisboa) participa na mesa-redonda "Lugares da Globalização - Perspetivas de Futuro”.

As bicicletas serão reparadas pelos mecânicos da CiclOficina, sendo posteriormente oferecidas a uma instituição a designar.

Seminário no âmbito do Mestrado em Bioestatística, por Rita Gaio (Faculdade de Ciências da Universidade do Porto).

Seminário no âmbito do Mestrado em Bioestatística, por Rui Martins (CEAUL and Department of Statistics and Operations Research, University of Lisbon).

Seminário do Centro de Estatística e Aplicações da Universidade de Lisboa e do Centro de Matemática Computacional e Estocástica, por Andreas Bender (Department of Statistics at LMU Munich and Senior Consultant at the Statistical Consulting Unit - StaBLab).

Seminário E3GLOBAL, por Marta Macedo (IHC - NOVA FCSH/ IN2PAST).

Seminários em Recursos Naturais Vegetais, por Luís BonifácioJorge Faria (Instituto Nacional de Investigação Agrária e Veterinária).

Seminário por Salit Kark & Noam Levin (University of Queensland, AU).

Lisbon Webinar in Analysis and Differential Equations, por Andreas Seeger (University of Wisconsin-Madison).

Título/local/data do evento e logótipo do LIP e entidades associadas à iniciativa

Uma viagem em que os visitantes irão conhecer o LIP e os lugares para onde viajamos diariamente no nosso trabalho.

Oficina de Introdução à Estacaria.

Nesta mesa-redonda, Inez Wijnhorst (autora), Henrique Leitão e Pedro Freitas (curador) vão explorar a exposição "Cem Meias Medidas: desenhos e gravuras de Inez Wijnhorst".

Título/data do evento e fotografia da oradora

Masterclass com a presença de Teresa Vieira, que irá elucidar os vários passos de criar uma empresa.

Fotografia antiga de quatro ciclistas

Workshop no âmbito do projeto Hi-BicLab. Laboratório de História para as Mobilidades Urbanas Sustentáveis: Políticas Cicláveis de Lisboa.

Seminário Doutoral I no âmbito do Doutoramento em Biologia, por Celso José Miguel Paulo.

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