TMT - Ten Minutes Talk with the PhD students in Informatics

Deep Learning System for Biomedical Relation Extraction Combining External Sources of Knowledge

Transmissão através de Videoconferência

Conversa com Diana Sousa (LASIGE, DI-FCUL).

Successful biomedical relation extraction can provide evidence to researchers about possible unknown associations between entities, advancing our current knowledge about those entities and their inherent processes. Multiple relation extraction approaches have been proposed to identify relations between literature concepts, namely using neural networks algorithms. However, most approaches do not use external sources of knowledge as added resources, such as domain-specific ontologies. Moreover, dataset availability is still limited to train reliable models. In this seminar, I will present the advantages of integrating multiple ontologies into a BI-LSTM deep learning system. Additionally, how to create high-quality biomedical training corpora by allying distant supervision with crowdsourcing. The ultimate goal of the thesis is to use external semantic sources of knowledge along with the latest state-of-the-art language representations to improve the current performance of biomedical relation extraction both in English and non-English languages.
 
Short Bio: Diana Sousa received the B.S. degree in biochemistry and the M.Sc. degree in bioinformatics and computational biology from the Faculty of Sciences, University of Lisbon, Lisbon, Portugal, in 2017 and 2019, respectively, where she is currently pursuing the Ph.D. degree in informatics. Since 2016, she has been a Researcher with the LASIGE, Department of Informatics, Faculty of Sciences, University of Lisbon. Her research interest includes the development of text mining systems that aim at extracting biomedical information from biomedical literature, mainly focusing on relations between biomedical entities and on using deep learning approaches that resort to external sources of knowledge.


Transmissão em direto via Zoom.

17h45
Astronauta, banhado pela luz solar, no meio de uma floresta

Candidaturas até 30 de julho - um evento único, que reunirá estudantes de mestrado e doutoramento com investigadores e líderes da indústria de toda a Europa para uma experiência inesquecível.

Lupa e caneta sobre página com texto e gráfico

O curso visa dar formação inicial a estudantes de pós-graduação sobre o processo de escrita, submissão e publicação de trabalhos científicos, focando principalmente a publicação de artigos científicos em revistas internacionais com revisão por pares.

Iconografia relacionada com a temática do curso

O curso fornece uma exploração aprofundada de isótopos estáveis como uma ferramenta valiosa em Ecologia, usando assinaturas isotópicas para rastrear processos ecológicos e revelando insights sobre o ciclo de nutrientes e água, interações de espécies e condições ambientais em diversos ecossistemas e comunidades.

Composição de três imagens relativas à área da deteção remota

2.ª edição do curso, com candidaturas até 18 de outubro.

O evento pretende reunir investigadores que trabalhem sobre temas ligados à indústria e sobre património técnico e industrial, para uma reflexão prospetiva sobre o património industrial e atuais vias de colaboração no seu estudo, salvaguarda e preservação.

Computador portátil a projetar imagem de sequência biológica

O curso visa a aquisição de conhecimentos sobre as ferramentas bioinformáticas disponíveis para efetuar análises de sequências de DNA e proteínas, bem como a autonomia e espírito crítico na utilização dessas ferramentas. Procura igualmente desenvolver competências na utilização de software de bioinformática disponível gratuitamente na Internet e na interpretação do significado biológico dos resultados.

Bola de cristal colocada no solo

O curso tem como objetivo apresentar aos participantes um estado da arte atualizado sobre a diversidade da biota do solo e os papéis funcionais desempenhados pelos organismos do solo nos principais processos ecológicos.

A conferência visa reunir os principais especialistas no domínio da Imagiologia Médica por Micro-ondas (MMWI) e incluirá palestras, apresentações e pósteres de resumos revistos por pares e artigos de conferências, bem como workshops em áreas satélite de investigação com interesse para a investigação em MMWI.

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