Seminário

Computational design of peptide-based architectures for protein recognition

Sala 1.4.14, FCUL, Lisboa

Por Sara Fortuna (University of Trieste, Italy).

Abstract: An ideal binder should be capable of capturing with high affinity, sensitivity, and specificity a target molecule. Examples include antibodies and nanobodies optimised in vivo, DNAs and RNAs based aptamers evolved in vitro, and small peptides optimised in silico by exploiting advances in computer power together with the development of new and powerful algorithms for protein folding, docking, and structure prediction. A recent algorithm based on replica exchange Monte Carlo [1] can optimize simultaneously the sequence and conformation of small peptides in order to reach a high binding affinity to a target organic molecule. The algorithm was recently adapted for the generation of peptides for protein recognition. The sequences have been tested by surface plasmon resonance and electrospray ionisation mass spectrometry showing how the computer-generated peptides pinpoints the binding site they have been designed for with high affinity [2]. Further developments allow generating peptides with an even higher affinity towards their targets or even picking a surface exposed non-druggable binding site and design ex novo a binder capable of immobilizing a protein on a surface [3]. This has been shown by nuclear magnetic resonance, and atomic force microscopy. The same algorithm has been further implemented for the design of antibody fragments for biomarker recognition [4].

References:
[1] R. P. Hong Enriquez, S.Pavan, F. Benedetti, A. Tossi, A. Savoini, F. Berti, and A. Laio, J. Chem. Theory Comput. 2012 8 (3), 1121-1128.
[2] A. Russo, P.L. Scognamiglio, R.P. Hong Enriquez, C. Santambrogio, R. Grandori, D. Marasco, A. Giordano, G. Scoles, and S. Fortuna, PLoS ONE, 2015, 10(8): e0133571.
[3] M.A. Soler, A. Rodriguez, A. Russo, A. Feyisara Adedeji, C.J. Dongmo Foumthuim, C. Cantarutti, E. Ambrosetti, L. Casalis, A. Corazza, G. Scoles, D. Marasco, A. Laio, and S. Fortuna, Phys. Chem. Chem. Phys., 2017, 19, 2740-2748.
[4] M.A. Soler,et al, in press.
 

Short bio: Sara Fortuna graduated in Chemistry in 2007 from the University of Trieste (Italy), has been awarded her PhD in Chemistry from Warwick University (UK) in 2010, and carried out postdoctoral activity in SISSA, Trieste (Italy). In 2013 she started her present activity first at the University of Udine (Italy), then Nova Gorica (Slovenia), and SISSA. Aim of her research is to provide novel theoretical solutions to problems of medical and biological interest through the multiscale modeling of molecular systems. In 2017 she moved to the University of Trieste (Italy) where she now coordinates a joint theoretical-experimental activity based on the computational design of antibody fragments for molecular recognition.

14h00-15h00
Departamento de Física

Ana Margarida Pires Lavado de Sousa Modesto defende a dissertação "Micro and macroevolution of multidrug resistant Klebsiella pneumoniae plasmids".

Sara Vanessa Sanches Lima do Nascimento defende a dissertação "Robotização de tarefas repetitivas e críticas nos centros de operação de ciber segurança".

Bruno Henrique Batista Cruz da Silva defende a dissertação "O turismo Inteligente: validação e análise da deslocação de turistas".

Gonçalo João Vitorino de Jesus defende a tese "A dependability framework for WSN-based aquatic monitoring systems".

Ricardo Jorge Pinheiro Quiteres defende a dissertação "Developing new molecular tools to study and visualize the intermediate filament GFAP in living cells".

Imagem ilustrativa do evento

As Conferências do CIUHCT são um ciclo de palestras dedicadas a estudos na área da História das Ciências, da Tecnologia e da Medicina organizado anualmente pelo CIUHCT e no âmbito do qual os oradores convidados apresentam trabalhos originais da sua autoria, concluídos ou em cur

Na sequência da edição de 2018, realiza-se entre os dias 27 e 30 de novembro de 2019 a segunda edição do Encontro A Universidade de Lisboa e o Património, organizado pela Faculdade de Belas-Artes, em conjunto com a Reitoria e com a colaboração das Escolas da UL

Joana Isabel da Fonseca Canilho defende a dissertação "Análise da eficiência dos hospitais públicos portugueses com recurso à metodologia de data envelopment analysis".

Logótipo do evento, sobre uma fotografia de uma aurora

Nesta 1.ª edição, a decorrer de 27 de novembro a 06 de dezembro, estarão patentes ao público um vasto e diversificado acervo de qualidade de publicações da Universidade de Lisboa.

Entrada livre.

Luís Paulo Garcia Ferreira defende a dissertação "Evolução de Sistema de Análise de Trajetos com Rosas dos Ventos".

Catarina Sofia Guimarães Teixeira defende a dissertação "Epitranscriptomic deregulation in bladder cancer: implications for tumour aggressiveness".

Ana Patrícia Martins Gonçalves defende a dissertação "Recommendation systems and other analytic methods".

Orientação: Maria Teresa Alpuim

Catarina Isabel Nogueira Ribeiro defende a dissertação "Obesity genetic risk score".

Orientação: Lisete Ribeiro de Sousa, Miguel Brito (Escola Superior de Tecnologia da Saúde de Lisboa).

Heloísa Gabriela de Castro Vasconcelos Gonçalves Galante defende a dissertação "Resilience: statistical study of psychosocial and biological predictors at the workspace".

Teresa Ventura Vale Fernandes Dias defende a dissertação "Study of non-conventional Aspergilli and Penicillia Ochratoxin A producers".

Maria Inês Castanheira Rolo defende a dissertação "Transfer value: Cálculo para um indivíduo do Reino Unido".

Logótipo EIT Health, sobre um fundo branco

As of 1 October 2019, EIT Health has opened its call for proposed activities to be included in the Business Plan 2021.

Frase "O que existe no meu mundo?" sobre um fundo azul e amarelo

Em 2019 celebram-se os 150 anos da Tabela Periódica, pelo que a Organização das Nações Unidas (ONU) proclamou este ano como o Ano Internacional da Tabela Periódica dos Elementos Químicos (IYPT 2019).

Tiago Bruno Rodrigues Mesquita de Carvalho defende a tese "A medida e as coisas. Virtudes, responsabilidade e tecnologia".

Afonso Luís Moreira Dimas Martins defende a dissertação "Modelling Influenza Strain Competition Dynamics and Transmission Fitness".

Orientação: Maria Helena Mouriño Nunes, Erida Gjini (Instituto Gulbenkian de Ciência).

Inscrições até 2 de janeiro de 2020, mediante envio de formulário de inscrição preenchido e comprovativo de pagamento para

Imagem ilustrativa dos cursos avançados cE3c 2019/2020

This course introduces the field of island biogeography, a discipline that has long influenced other research areas such as macroecology, community ecology, evolution and conservation biology.

Imagem ilustrativa dos cursos avançados cE3c 2019/2020

The objective of this course is to introduce participants to the details of communication and writing scientific publications. The main emphasis is on the most common form, the “primary scientific paper”, but other forms will be covered.

Título do evento, sobre uma fotografia de uma aluna a utilizar binóculos

A Universidade de Lisboa preparou diversas atividades para te ajudar a perceber qual o teu futuro profissional. Vem descobrir a ULisboa!

Logótipo Portugal 2020, sobre um fundo branco

No âmbito do Portugal 2020 encontra-se a decorrer o prazo de candidatura ao Sistema de Incentivos à Investigação e Desenvolvimento Tecnológico (SI I&DT) para projetos a desenvolver em Copromoção no âmbito da I&D Empresarial.

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