A microbiota intestinal contém aproximadamente 100 vezes mais genes do que o genoma humano e desempenha um papel muito importante, influenciando desde o armazenamento de energia dos alimentos a doenças crónicas como a obesidade. 

Apesar da formação da microbiota mais próxima da configuração adulta ocorrer durante os primeiros anos de vida, as exposições ambientais desempenham um papel muito importante na sua determinação, sendo a alimentação uma delas.

A dieta ocidental, caracterizada pelo consumo de hidratos de carbono refinados e substitutos do açúcar provoca alterações na microbiota e consequentemente na saúde. A evidência sugere que a exposição contínua à frutose e aos substitutos do açúcar pode causar disbiose, inflamação intestinal e até contribuir para o desenvolvimento de muitas doenças metabólicas associadas à obesidade. A inflamação provoca uma maior permeabilidade do intestino, que assume como tóxicos determinados alimentos, cria anticorpos contra estes alimentos e provoca intolerâncias ou sensibilidades alimentares.  Por sua vez, o consumo de alimentos ricos em fibra, bem como de alimentos prebióticos e alimentos probióticos tem um efeito positivo sobre a microbiota intestinal, devido ao restabelecimento do seu equilíbrio.

O consumo de prebióticos é importante e traz bastantes benefícios entre os quais a promoção da saciedade e da perda de peso. Os prebióticos ocorrem naturalmente em alimentos como a chicória, a alcachofra, o alho-francês, os espargos, o alho, a cebola, entre outros.

Os probióticos são bactérias vivas que exercem efeitos benéficos no nosso organismo, quando administrados nas quantidades apropriadas. A evidência apoia a relação benéfica entre os alimentos que contêm bactérias vivas e o risco reduzido de doenças, bem como na prevenção e tratamento da obstipação funcional e redução dos sintomas relacionados com a intolerância à lactose.

Tanto os probióticos como os prebióticos têm demonstrado melhorar os biomarcadores associados ao cancro colon retal e, relativamente à Síndrome do Intestino Irritável, a evidência refere que os probióticos têm um papel importante no alivio dos sintomas e qualidade de vida dos doentes.