A Faculdade de Ciências interage com diversas organizações científicas internacionais (quase todas de natureza multigovernamental e fora do contexto da União Europeia) que, de alguma forma, financiam projetos de I&D em ciência e tecnologia, implementam grandes experiências e missões, gerem redes de colaboração, organizam conferências de referência internacional nos diversos domínios científicos e tecnológicos.

A cultura e formas de funcionamento dessas organizações passaram a ser conhecidas de grupos de investigadores de Ciências, e podem ser partilhadas com todos os que, de uma forma ou outra, queiram e se possam associar.

Cada organização tem tipicamente uma forma  institucional de relacionamento com Portugal, sem prejuízo de disponibilizar informação através de canais próprios e de estabelecer ligações diretas com os interessados.

Organizações internacionais com as quais a FCUL tem interagido mais intensamente

CERN - Centre Européan de Recherches Nucléares
ESA - European Space Agency
ESO - European Southern Observatory
EDA - European Defence Agency
NATO - North Atlantic Treaty Organization
IAEA - International Atomic Energy Agency
IEA - International Energy Agency
JRC - Joint Research Center
IMEKO - International Measurement Confederation
EUMETSAT - European Organisation for the Exploitation of Meteorological Satellites