Seminário

Computational design of peptide-based architectures for protein recognition

Sala 1.4.14, FCUL, Lisboa

Por Sara Fortuna (University of Trieste, Italy).

Abstract: An ideal binder should be capable of capturing with high affinity, sensitivity, and specificity a target molecule. Examples include antibodies and nanobodies optimised in vivo, DNAs and RNAs based aptamers evolved in vitro, and small peptides optimised in silico by exploiting advances in computer power together with the development of new and powerful algorithms for protein folding, docking, and structure prediction. A recent algorithm based on replica exchange Monte Carlo [1] can optimize simultaneously the sequence and conformation of small peptides in order to reach a high binding affinity to a target organic molecule. The algorithm was recently adapted for the generation of peptides for protein recognition. The sequences have been tested by surface plasmon resonance and electrospray ionisation mass spectrometry showing how the computer-generated peptides pinpoints the binding site they have been designed for with high affinity [2]. Further developments allow generating peptides with an even higher affinity towards their targets or even picking a surface exposed non-druggable binding site and design ex novo a binder capable of immobilizing a protein on a surface [3]. This has been shown by nuclear magnetic resonance, and atomic force microscopy. The same algorithm has been further implemented for the design of antibody fragments for biomarker recognition [4].

References:
[1] R. P. Hong Enriquez, S.Pavan, F. Benedetti, A. Tossi, A. Savoini, F. Berti, and A. Laio, J. Chem. Theory Comput. 2012 8 (3), 1121-1128.
[2] A. Russo, P.L. Scognamiglio, R.P. Hong Enriquez, C. Santambrogio, R. Grandori, D. Marasco, A. Giordano, G. Scoles, and S. Fortuna, PLoS ONE, 2015, 10(8): e0133571.
[3] M.A. Soler, A. Rodriguez, A. Russo, A. Feyisara Adedeji, C.J. Dongmo Foumthuim, C. Cantarutti, E. Ambrosetti, L. Casalis, A. Corazza, G. Scoles, D. Marasco, A. Laio, and S. Fortuna, Phys. Chem. Chem. Phys., 2017, 19, 2740-2748.
[4] M.A. Soler,et al, in press.
 

Short bio: Sara Fortuna graduated in Chemistry in 2007 from the University of Trieste (Italy), has been awarded her PhD in Chemistry from Warwick University (UK) in 2010, and carried out postdoctoral activity in SISSA, Trieste (Italy). In 2013 she started her present activity first at the University of Udine (Italy), then Nova Gorica (Slovenia), and SISSA. Aim of her research is to provide novel theoretical solutions to problems of medical and biological interest through the multiscale modeling of molecular systems. In 2017 she moved to the University of Trieste (Italy) where she now coordinates a joint theoretical-experimental activity based on the computational design of antibody fragments for molecular recognition.

14h00-15h00
Departamento de Física

Carlos Eduardo Rodrigues Ferreira Mendes defende a dissertação "Transformação de Core Bancário".

João Santos Rebelo defende a dissertação "Modelling phenotypic resistance to ampicillin in a Petri dish".

Júri das provas:

Por Silvius Klein (Pontifícia Universidade Católica do Rio de Janeiro).

O evento destina-se a analisar e discutir o que foi o grande Projeto Biblioteca Cosmos.

Imagem ilustrativa dos cursos avançados cE3c 2019/2020

Natural history museums are privileged spaces for seminal research on different subjects of biological sciences such as biodiversity, evolution, ecology, biogeography and taxonomy.

Neste evento, que conta com apresentações por vários investigadores do cE3c e uma visita à Herdade, será dado a conhecer o trabalho que está a ser desenvolvido para promover a sua adaptação às alterações climáticas e aumentar a sua sustentabilidade.

Por Luís Trabucho (FCT-UNL).

Imagem ilustrativa do evento, acompanhada do respetivo título, sobre um fundo branco

Não há dúvidas que a ciência é preciosa... mas se fosse uma joia como seria? E que formas e padrões adotaria?

Cristina Isabel de Caré Picanço defende a tese "Observação e Descrição de Elementos Naturais ao Longo das Viagens dos Descobrimentos".

João Gonçalo Marques Oliveira defende a dissertação "EmoStatus - Estimating the Emotional State of People using Electrodermal Activity".

Jorge Miguel Gualter da Costa Alves defende a dissertação "Taxonomia, Ecologia e Conservação da Coruja das Torres de São Tomé (Tyto alba thomensis)".

Júri das provas:

Por Boris Zilber (Oxford University).

Ana Rita dos Santos Lopes Prada defende a dissertação "Studies on the Role of Calprotectin as a Mediator of Iron-induced Inflammation with Implications in Parkinson´s Disease".

Imagem ilustrativa do evento (aluna), acompanhada de várias informações (título, dia, hora, local) sobre um fundo azul

Vem conhecer as oportunidades internacionais que Ciências tem para oferecer!

Imagem ilustrativa do evento

As Conferências do CIUHCT são um ciclo de palestras organizado anualmente pelo CIUHCT acerca de assuntos de História das Ciências e da Tecnologia.

Daniela Saraiva Amaro defende a dissertação "Tabelas de mortalidade dinâmicas na mitigação do risco de longevidade".

Orientação: Carlos Manuel Ribeiro Albuquerque (DM).

Patrícia Andrea Bastião Rocha defende a dissertação "Characterization of bacteria isolated from Portuguese traditional cheeses".

Miguel Filipe Cecília Lança defende a dissertação "Functional studies of genetic variants of unknown significance".

Por Carlos Florentino (Departamento de Matemática, Faculdade de Ciências Universidade de Lisboa, CMAFcIO).

Imagem ilustrativa do evento, acompanhada de um cacho de uvas, sobre um fundo representando a calçada portuguesa

A tertúlia Vinho com Ciência é um evento promovido anualmente pelo Instituto de Biossistemas e Ciências Integrativas (BioISI) da Faculdade de Ciências de forma a celebrar a ciência e despertar o interesse do público em geral e assinalar o dia Nacional da Cultur

Filipe Nunes Rocha defende a dissertação "Biological effects of thoracic irradiation with low to moderate daily doses on rat lung".

A partir do final da Idade Média, surgem na Europa vários tratados de aritmética. Principalmente focados na aritmética comercial, tiveram grande relevância ao preparar as gerações seguintes para uma atividade económica nunca antes vista.

Filipa Alexandra Dias Martins defende a dissertação "Metabolic remodeling of endothelial cells upon hypoxia and β-Blockers as anti-angiogenic drugs".

Carolina Teles de Carvalho Caldas Xavier defende a dissertação "Joint management models of kidney exchange program and deceased donor waiting list".

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