As relações entre uns e outros são por vezes confusas, pois os grandes programas articulam-se por eixos, medidas, sub-programas, etc., com abrangências distintas consoante a sua origem. Por outro lado, existem inúmeros programas - designadamente comunitários - que financiam outros programas de I&D, os quais podem ser geridos nacionalmente por entidades gestoras (tais como a FCT, a Agência Nacional de Inovação ou o IAPMEI) e que aplicam regras (designadamente de justificação orçamental) distintas consoante as origens efetivas do financiamento.
Com o objetivo de sistematizar a informação, considera-se que os programas de financiamento podem ser agregados nos grandes grupos seguintes:
QCA II (1994-1999)
QCA III (2000-2006)
QREN (2007-2013)
PORTUGAL 2020 (COMPETE 2020, POISE, POCH, POSEUR, etc.)
6PQ / FP6 (6º PROGRAMA QUADRO)
7PQ / FP7 (7º PROGRAMA QUADRO)
HORIZON EUROPE
COMISSÃO EUROPEIA (LIFE+, ERASMUS+, etc.)
OUTROS INTERNACIONAIS (ESA, ESO, EDA, CERN, EEAGrants, NATO, CYTED, etc.)
OUTROS NACIONAIS (FCG, Ciência Viva, etc.)