Maria Margarida Cruz integra o corpo docente da Universidade de Lisboa desde 1984, no Departamento da Faculdade de Ciências Física, sendo Professora Associada desde 2013. Durante este período, coordenou mais de 15 cursos diferentes e orientou 8 teses de mestrado e 3 estudantes de doutoramento. Foi coordenadora do 1º ciclo de Física entre 2009 e 2012, e é coordenadora do 2º ciclo em Física desde 2019.

É membro do grupo Bio-PhysNano (MagNano) do centro de investigação BioISI da Faculdade de Ciências Universidade de Lisboa.

Esteve directamente envolvida em doze projectos de investigação sendo coordenadora de dois deles. A sua investigação actual centra-se em materiais nano-estruturados magnéticos, estando actualmente a coordenar um projecto intitulado "Organized Magnetic Nanostructures". É co-autora de de 72 artigos em revistas científicas internacionais e 80 comunicações em conferências científicas.

Os seus interesses científicos centram-se no estudo experimental das propriedades electrónicas dos materiais, principalmente na interação entre a estrutura/composição e os estados electrónicos e a sua influência nas propriedades magnéticas e de transporte. Recentemente esteve envolvida no estudo de óxidos implantados com iões magnéticos (Co, Ni, Fe) e nitretos magnéticos visando a busca de propriedades magnetoresistivas ou comportamento semicondutor magnético. Actualmente, a sua investigação incide sobre nanoestruturas magnéticas e em particular no estudo de nanopartículas magnéticas para hipertermia magnética.

Her main interests are in the experimental study of the electronic properties of materials, mainly in the interplay between structure/composition and electronic states and its influence in magnetic and transport properties. Recently studies were carried out in oxides implanted with magnetic ions (Co,Ni,Fe) and magnetic nitrides aiming at the search for magnetoresistive properties or magnetic semiconducting behaviour. Presently research is carried out in magnetic nanostructures with emphasis on the study of magnetic nanoparticles for magnetic hyperthermia.